半个月后，朝廷宣诏的太监到了苏州城，却没有急着宣旨，而是要求方原，朱慈炤、朱慈焕两个亲王，还有王承恩共同前来接旨。
若朝廷的诏书里是册封朱慈焕为主政南京城的亲王，召朱慈炤来做什么？
方原一探宣旨太监的口风便知其中的猫腻，绝不是简简单单的册封了事。但朝廷的诏书总不能不接，朱慈炤已去了金华府，方原立刻令人快马去金华府接朱慈炤回苏州城来接旨。
半个月后，朱慈炤快马加鞭的回了苏州城，方原又召来了安置在太湖基地的王承恩。
朝廷的太监当众宣读了册封朱慈炤为南京城主政亲王，王承恩为南京城守备太监的圣旨。
能成为主政南京城的亲王，朱慈炤是大喜过望，忙满脸堆笑的跪拜谢恩。
方原则是微微一怔，朝廷突然使出这么一记偏招，确实是打乱了他之前的算计。相比朱慈焕，朱慈炤确实是个不小的变数。令朱慈炤主政南京城，方原也是心中没底。
宣旨的太监见方原既不作声，也不接旨，尖声尖气的质问，“驸马爷，朝廷还有口谕，令老奴问你，是不是准备抗旨不接了？”
朝廷顺着方原的说法，册封了亲王朱慈炤主政南京，方原再不满，也无法反驳。总不能再向朝廷上书要求不册封朱慈炤，必须册封朱慈焕，这就与谋逆无异。毕竟朝廷不是方原家的后院，册封谁还要由他来指定。
方原无奈的接过了诏书，令人给宣旨的公公送了一百两银子，“请公公禀报朝廷，本督绝无抗旨之心，定会遵旨而行。”
宣旨的太监得了银子，这才满意的笑了笑，回京城去复旨了。
今时今日，在江南做主的是方原，而不是京城朝廷。遵不遵朝廷的圣旨，只在方原的一念之间。
朱慈炤强压着内心的狂喜，试探的瞧着方原，“老师，这道诏书，还是老师来定夺吧！”
方原一眼就看穿了他的小心思，但面对权力的诱惑，在官场混迹了数十年的老鸟都很难保持冷静，何况朱慈炤还是十六、七岁，未成年的王爷，受不了权力的诱惑也是情理之中。
他也在暗中估算，如今南京城面临的局面相当复杂，换做他也是头疼，何况是两个没有多少从政经验的小王爷。出于对朱慈焕的保护，还是令他远离南京城这个漩涡，专心积累内阁的从政经验为好。
方原望向了失去了主政机会的朱慈焕，问道，“吴越王，你是什么想法？”
朱慈焕谦逊的冲他拱手说，“老师，学生见识粗鄙，哪里能担任南京的主政？一切听从朝廷、老师的安排。”
方原对朱慈焕谦恭的态度甚是满意，呵呵一笑说，“吴越王还是留在内阁，继续撰写票拟！”
朱慈焕对他的这个安排并不排斥，忙轻声应了。
方原侧头看着权力欲望甚为强烈的朱慈炤，语重心长的劝说，“永王，南京乃是整个南方的中心，主政南京就要与各方势力周旋，你并无与这些势力打交道的眼光，见识，如今怕是难以胜任主政亲王之职。为师的想法，你还是先去浙江历练历练处治军政事务的能力，再去南京主政如何？”
朱慈炤显然是初生牛犊不怕虎，哪里知道权力场里的水深水浅，怎肯放过这么个一举成名的天赐良机，忙故作为难的说，“老师，我也自知见识浅薄，但监国太子的诏命就如同圣旨，若是不遵就是抗旨，怕是朝廷会怪罪啊！”
他既然抬出了朝廷的诏书来掩饰自己的野心，可见入主南京的心切，方原作为托孤的老师，该尽的提点职责已尽到了，只能叹声说道，“既然朝廷要永王执意要去主政南京城，就去南京城上任吧！”
朱慈炤得了他的应允，欣喜若狂的应了，“好！”
方原又和颜悦色的望向了王承恩，笑一笑说，“王公公，你如今是南京城的守备太监，你是什么想法？”
王承恩看了看方原，朝廷临时撤换了主政亲王的人选，也不知他是什么想法。无论朱慈炤还是朱慈焕，都是王承恩看着长大的，在两个亲王间，他其实并不占立场，“老奴在陛下被软禁之时，就该殉国了。既然陛下令老奴来江南侍候驸马、公主、两个小王爷，老奴全都听从驸马两个小王爷的。”
方原冲王承恩说，“王公公，永王年纪尚小，就拜托你多加照看了。我在南京城里安排了三百锦衣卫，在龙江码头，采石矶还各安排了五千军士，大量水师作为南京城的护卫。若南京城一旦有变故，王公公可以联系两地的玄甲军应付。”
王承恩来江南之后，见坤兴公主被关押在太湖基地，两个小王爷都被看押在沧浪亭，本也起了疑心，方原是不是另有狼子野心，将崇祯的公主、小皇子们全当成了傀儡。
但此时此刻，王承恩却见到方原对两个小王爷全委以重任，一个调去南京城主政，一个调在内阁熟悉政务，哪里有半点谋逆，架空两个小皇子的举动？
王承恩生出深深的愧疚，之前确实是误会方原了，“驸马爷果真是忠心耿耿，陛下果然没看错人，老奴愿辅助小王爷鞠躬尽瘁，死而后已。”
十日之后，朱慈炤携带朝廷的诏书动身前去南京城上任主政的亲王，成了南京城的新主人。王承恩也一同前往南京城，以守备太监之职辅助朱慈炤。
至此，南京城的风波算是告了一段落。
消除了来自南京城的隐患，之前因马士英禁止砍伐南京辖内的巨树而停工的龙江造船厂，又恢复了打造工期，继续开始红红火火的打造铁甲巨舰。
经过大半年的打造，铁甲巨舰船身的木质结构已完工。负责铁甲巨舰打造的总工程师沈茂，特地邀请方原，正室坤兴公主，侧室的小苑，三个内阁成员，玄甲军主帅景杰，玄甲军各营统领，水师大统领施琅，水师副统领施福，常熟兵工厂的汤若望、毕懋康前去造船厂，甚至还有负责舆论宣传的柳如是，一同亲自检验这艘初具规模的铁甲巨舰。
这一次既是巨舰的验收仪式，也是启航仪式。
按照沈茂的建议，方原一行人并未从造船厂登船，而是采用了由江面登船的方案。在江上远观，可以从最佳的视角感受一下这艘巨舰的雄伟壮观。
造船厂的船务之前，是一个护卫的大水寨，施福率领着五十艘战舰在水寨内护卫这艘铁甲巨舰的顺利建造。水寨的水门常年关闭，有十艘战舰轮流在江心来回的巡逻预警，以免被敌军的偷袭有机可趁。
方原一行人驶近水寨，停泊在江心观赏巨舰起航仪式的船只至少有上百艘，整个长江江面也显得十分的拥挤。平民百姓远观的船只到水寨大门，就不能再行靠近。
无须驶进水寨便能清清楚楚的见到，耸立在江边的巨舰，远远望去，就不像一艘战舰，而是一座海上宫殿。