庆长六年（1601）八月十一日，一个噩耗从郡山城传出——智云院病逝了。
秀保执掌大和丰臣氏后，大力建设郡山、御东山两座山城，秀吉去世后，又将政治中心转移到了伏见城，加上在三城周边构建的防线和水寨，最终形成了“三都四线五寨”格局，同时，以郡山为经济中心、御东山为军事中心、伏见为政治中心的模式基本形成。
虽说秀保长期坐镇伏见处理政事，将家眷接往伏见更为妥帖，但智云院在毛利氏侵扰近畿时受到惊吓，加之丰臣秀长去世后一直气虚体弱，大多时间只能卧床，在菊姬的建议下，选择留在郡山养病，并由菊姬和持子陪护照顾。
遗憾的是，无微不至的照顾最终并没有过多延续智云院的寿命，秀保遵从她的遗愿，将其与丰臣秀长合葬，一并供奉在京都的丰国神社，使得这对阴阳相隔十年的夫妻最终得以团聚。
对于智云院，这位丰臣秀长遗孀、秀保养母的离世，全国大名都表现出了极大重视，纷纷派遣重臣前往伏见祭奠，伏见城一时间竟是车水马龙、人声鼎沸。也就在此时，时任太政大臣的菊亭晴季，也就是秀保侧室持子的兄长，和权大纳言、担任武家传奏的久我敦通上奏朝廷，请以秀保为左大臣，官阶也升至从一位。
菊亭晴季虽是清华家，但长期受到以近卫氏为首的摄关家的压制，一度郁郁不得志，在右大臣之位上徘徊多年。最终是在秀保的强力推荐下，才一步步升至公家的顶点太政大臣，虽说这早已成为虚职，但也算是扬眉吐气了一把。更重要的是，向世人展现了秀保对清华家的支持，使得摄关家不敢造次。
久我敦通与菊亭晴季同属清华前七家，此番跟进晴季，一方面是体现清华家内部的团结，另一方面是展现自己对秀保的态度，毕竟之前他可是站在高台院一边的，如今能有此良机，何乐而不为呢？
因此，那些刚悼念完智云院的大名家臣，还没动身，便又再次奔往秀保府上，对他的升迁表示祝贺。
担任左大臣，意味着离关白之位仅一步之遥，加之如今的关白九条兼孝不过是秀保扶植上去的一个傀儡，任由秀保摆布，随时可以一脚踢开。有人说这是为秀赖继任关白扫清障碍、铺平道路，可身在下总的石田三成心中却充满了忧虑：“这究竟是为了秀赖，还是为了他自己呢？”
庆长六年似乎是个不安稳的年份，智云院病逝不久，坐拥出云、伯耆两国三十二万石知行的小早川秀秋也因病去世，因为没有子嗣，且作为木下家定的儿子、高台院宁宁的侄子受到秀保的警惕，加之会津之战中首鼠两端表现，都让秀保决定将他的封地纳入藏入地，委派其附近的代官进行管理，小早川氏的家臣也大都得到很好的安置，其中不少人更是直接进入了秀保的麾下。
十一月十二日，久病不愈的前田利家终究没有撑过当年的寒冬，以六十三岁高龄病逝于位于伏见的屋敷。秀保大恸，恳请朝廷赠予从二位内大臣，为表尊敬，更是亲自护送其遗体返回金泽，这一举动着实让前田氏等丰臣氏旧臣感动不已。
转眼间便到了庆长七年（1602）的仲夏，离开近畿一年有余的石田三成基本将下总的事务处理妥当，眼瞅着丰臣秀赖的生辰日渐临近，他便有意向秀保提请前往大坂祝寿。
大名申请上洛觐见丰臣宗家，这属于秉礼司的职权范围，作为丰臣秀赖太傅的片桐且元正是秉礼司的司判，他当然希望石田三成尽早上洛，为淀姬母子出谋划策。可这事并不是秉礼司一家说的算，他还要将此事通过奏曹传达给秀保，由秀保定夺。
如今的奏曹曹掾乃是长束正家，虽说九曹是为秀保做事，但毕竟之前与石田三成同为五奉行，长束正家最终未将石田三成的申请留置或者驳回，而是提交秀保定夺。
秀保本欲答应石田三成的申请，让他率领少数家臣前往大坂祝寿，可就在这时事情发生了变化，也不知是片桐且元还是石田三成的拥趸，不知是故意造谣还是无意为之，大坂城内外开始传出石田三成即将上洛的消息，更有甚者，传闻他将接替尚在金泽守孝的前田利政担任布政司司判一职，重新主政大坂，为丰臣宗家继续效力。
鉴于此，秀保在征询了藤堂高虎等人的意见后，认定此事是有人制造纷乱以胁迫秀保准许石田三成上洛，进而煽动情绪为将其留在大坂创造条件。最终，秀保以关东路途遥远，仅需结城秀康一人代表关东大名上洛为由，婉拒了石田三成的请求。
得知此事，石田三成着实有些意外，加上片桐且元一直向其传递秀保在京畿压制丰臣宗家的讯息，终究按捺不住内心的不满，一方面委托片桐且元在大坂散播诋毁秀保的谣言进行造势，另一方面传书给分散各地大坂旧臣，希望能借此机会联合向秀保施压，以求返回大坂。
九月初三，前五奉行之一增田长盛，前七手组松浦秀任、速水守久、郡宗保、伊东长实等六人，联合石田三成一起向秀保上书，希望秀保对当前盛传的谣言作出解释，并且当着天下大名的面再度对秀赖宣誓效忠，此事件被后事称为“七臣上书”。
面对大坂旧臣的咄咄逼人，秀保愈发觉得当前的身份属实尴尬：于丰臣氏，他是毫无疑问的分家，在宗家尚在、权威尚存的情况下，即便自己当下权势滔天，注定（名义上）久居人下，这点秀保尚无不适，可那些旧臣的造谣和污蔑却让他难以忍受——即便自己这次宣誓效忠，他们就能信得过自己么？
更重要的是，但凡这次低头，自己树立的威信也将扫地。有此先例，接下来可能就会有“十臣上书”“百臣上书”，战后被打压的大名也会趁机挑拨丰臣氏内部关系，一旦矛盾不可调和、刀兵相向，必会给那些野心家可乘之机，如此一来，丰臣氏的末日也就不远了。
殷鉴不远，当务之急便是尽快巩固自己的地位和威信。