果然，在秀保的暗示下，不少谱代大名率先行动，并借此机会名正言顺进入朝廷中枢。如藤堂高虎版籍奉还后成为右大臣，岛清兴之子岛秀胜版籍奉还后成为左近卫大将，秀保为其在京都兴建豪华宅邸，俸禄与在藩时收入相当，且因两家封地较大，还特准许保留居城世代居住。
此外，秀保还规定，郡侯或享有郡侯待遇以上的大名可与皇室联姻，大名间联姻需则要奏明朝廷，否则当解除婚约并严惩。
最先尝到甜头的是原小浜藩主木下胜俊。
这位醉心和歌、流连京都繁华地的大名，家中财政相当困难，早就到了寅吃卯粮的地步。加之子嗣众多，为了避免《推恩令》的影响，索性主动提出若狭一国八万五千石（当时已并入敦州，缩并为远敷、三方二郡）版籍奉还。
朝廷晋其为大饭伯（居城大饭城）后不久，很快又实封远敷侯，位同辅郡侯，不仅可以与皇室联姻，还获得了宫内大辅的官职，协助管理宫内之事。不用为家中琐事发愁，生活过得逍遥自在。
有此典型，此后十余年间，数十家大名选择版籍奉还，全国地方大名数量也急速削减到了五十余家，且实力已难与开幕之前同日而语，朝廷已经取得了绝对优势。
此外，历代天皇都在皇统诸制度基础上进行修改，力图稳定统治的同时又能择优治国，“皇统革新”可谓影响深远。
皇统二十年（1653年）二月，孝明天皇东巡途中感染风寒，久病未愈，回京途中崩于江户城，享年五十六岁。
本就病重的菊姬也因白发人送黑发人悲痛不已，终究药石无用，于次月病逝，追号孝慈皇太后。
秀保年届七十四，虽然在他心中，菊姬相对没有驹姬那么感情深厚，但他明白，这主要是她太为大局着想了，以至于有什么烦心事、什么委屈全都憋在心里，以至于让人“忽视”了她的感受和存在。
可她甘心情愿做秀保背后那个女人，为秀保、为这个家，乃至为天下付出了全部，“孝慈”名副其实。她的离去给秀保的打击不亚于驹姬的病逝，但更多地是对皇室内部的冲击。举个不甚恰当的例子，就如同明太祖痛失马皇后一般，影响的绝非皇帝一人。
至于孝明天皇，秀保心情更为复杂，他一直觉得自己的这个嫡子太过老实，可以做守成之君，但难以驾驭那些桀骜的势力。
因此，早早就开始替他谋划，通过一系列明暗计谋，将他面前的障碍扫清。即便后来送他登上皇位，仍抓紧时间推进“皇统革新”，为的就是在自己走之前，为他创造一个太平盛世。
但也因为他的老实，让父子的关系相比历代帝王出奇的融洽。试想一下，有哪位皇帝，甘愿即位后仍被父母操控？诸如吕后和汉惠帝、武后和诸子、乾隆和嘉庆，历代强势父母和弱势子女间的矛盾都难以弥合，直到一方离去。
可孝明天皇不一样，不仅是老实，他对秀保更多的是崇拜，亲眼目睹、亲身感受着秀保披荆斩棘、险象环生，斩钉截铁、大刀阔斧，这种崇拜早已转化为了绝对的信任，以致于他常说的一句话便是“听父亲的”，秀保制定的政策，他全盘接受。
不过，秀保每每希望他发表自己的看法时，也总是能切中要领，这也让秀保稍稍放心，看来，他只是太依赖自己了，并非没有能力。
确实，在菊姬悉心关心照顾下成长起来的孝明天皇，感受着父主外、母主内带来的轻松和愉悦，在他看来，只要沿着秀保的路走下去，便不会出大错，秀保现在做的，不是对权力的恋栈，而是真心实意地为自己和后代铺路。试问历史上真正这么想的皇帝和储君有多少呢？
只是天不遂人愿，不到一年时间，秀保身边最重要、天下苍生甚为仰赖的两人先后离去，这不仅对秀保，对皇室、朝廷、黎明百姓更是巨大打击。
现在天下需要的是什么？是稳定，是尽快从这种悲怆带来的扰乱中镇定下来，从皇室下一步动作中看到希望。
因此，秀保强忍着丧子丧妻的悲痛，支持嫡长孙佑仁（二十七岁，后花山天皇外孙）践祚，史称“孝严天皇”，明年改元“明和”。
孝严天皇时期，延续着皇统年间的政策，地方大名势力进一步削弱，至明和二十五年（1678年）松州通判、石川郡守、松国公蒲生秀明奉还版籍，除亲藩外，日本全国已无知行五万石以上势力，此时距离庆长三年（1598年）秀保颁布《知行奉还书》已经过去整整八十年。
期间，为巩固少年天子的权威，确保百年之后的长治久安，秀保还支持孝严天皇削减亲藩的封地。
论封地大小，几个亲藩和准亲藩中，坂本宫江亲王以三十六万石位居榜首，但论重要程度，却是以坐镇江户、监控关东和东北的江户宫藏亲王为首。
但藏王一系身体羸弱且人丁单薄，如高仁亲王于明和元年（1654年）薨逝，时年五十三岁，为秀保诸子中最先逝去；仅仅六年，也就是明和七年（1660年），其子光仁亲王也久病不治，留下了年仅七岁的穆仁继位。
由于事发突然，江户宫内部隐藏的矛盾开始浮出水面，太王太后、王太后背后的家族势力互相倾轧，家臣也开始互相站队攻讦，发展到后期更是刀兵相向，更有家臣软禁穆仁于宫中，借机发号施令。
此时，别说是震慑东国势力，能不让他们看笑话已是万幸，朝廷已然威严扫地。
这一变故被称为“江户骚乱”。在秀保的授意下，孝严天皇果断处置，先是派遣大臣进行调和并乘机接管了江户军势，局势稍定后，详细调查审理，严惩挑唆是非、欺主罔上之徒。
事后，一方面，以穆仁年幼无法秉政为由，宣布江户宫封地纳入天皇直辖（即“天领”），安排流官治理，高仁亲王一脉全部召回京都居住；另一方面，借机打压背后势力，致使纪伊、尾张、大和丰臣氏和福岛、结城等势力大受波及，其中以纪伊丰臣氏受罚最重，从三十五万直接削减至十六万石，总计收回土地石高近七十万石。
明和九年（1662），秀保病重之际，贤仁亲王之子、“三护国”之一的晃仁亲王借口对江户处置不满，决定先发制人，主动出兵攻打京畿，是为“壬寅之乱”。
经孝严天皇御驾亲征及清仁、兴仁亲王大力支持，仅十余天平定，晃仁亲王自尽，封地全部没收，全族流放八丈岛。
和泉丰臣氏当主丰臣秀晴受波及免去官职且封地削减至一万石，纪伊丰臣氏当主丰臣秀达封地再遭削减至四万石，清仁、兴仁亲王自请纳土归京，孝严天皇不允，仍维持原有封地，但当主需常年留京，亲藩势力大幅削弱。