战斗中被烧毁了十多艘漕船，它们的残骸沉入了河底，夜袭时刘良佐派出船只堵塞了南北的航道，也必须把沉船打捞出来，船队才能继续前行。
河面上浮尸数千，河底里到处都是掉落的刀枪武器以及各种物质。浮尸需要打捞上来掩埋，刀枪物质捞起还能使用。
整个战斗中，受伤的士兵一千多，轻伤的需要包扎救治，重伤不能继续行军作战的则派人送回淮安养伤。
最麻烦的是俘虏的处理，一万五千余的俘虏，这个人数太过庞大。
第一步要做的就是淘汰老弱病残，这些不能打仗的一律发放二两银子放其还乡，无家可归者可到淮安，有官府负责安置。
高杰军中士兵都是从陕北一路逃亡过来，老弱病残大都死在行军途中，活下来的都是强壮年。不过刘良佐军中就有些良莠不齐，为了扩充军队，携裹了很多百姓从军。最后，刷下去的老弱约有一千多，这些人都发放了一笔安家银子让其还乡。
然后，陈越再次下令，所有不愿继续从军的降军也可以领取二两银子还乡，当下里又走了一批，剩下的却依然有一万二千多。
因为对于大多数士兵来说，他们已经习惯了当兵吃饷从军打仗，让他们放下武器反倒不知道干什么。而且对于很多人来说，他们之所以当兵基本上是活不下去，即使回到家乡也无法谋生。特别是高杰的属下，他们的家乡远在数千里外，根本是无家可归。
当然，也有愿意领银子回乡者，比如李本深和高进库。
路振飞答应高杰不会株连，所以李本深和高进库并没有因为是高杰的亲信而受到牵连。不过这两人自知无法在平南军混下去，便带着高杰的妻子刑氏和幼子离开了。陈越也没有为难他们，给了一笔银子放行，当然只是他们本人离开，不允许他们带走武器和军队。
对这些降军的使用，陈越很是为难，最省事的办法当然是还让原来的军官领兵，一切都如以前，这些降军不需要怎么训练就可以拉上战场。可那样自己也就丧失了对军队的控制力，而这些军队说不定什么时候还会再次背叛自己。就像投降李自成的明朝军队，当李自成败了之后，又纷纷投降了满清，就是因为李自成根本没有对这些军队进行改编。
所以，必须对这些降军进行整编，然后才能使用，当然这很麻烦，也需要时间。
明末的军队，从来都是兵为将有，士兵几乎是将领的私产。为了打破这种模式，为了割裂降军中军官和以前的家丁亲卫的联系，陈越下令，所有总旗以上的军官都跟从大军攻打南京，当然，这些军官不许带任何亲卫。
这批军官人数有四百余人，陈越把他们和六百平南军步兵编制成一个营，号称教导营，由陈越自己亲自担任统领，调陈平为副将。
不管是降军中的副将还是参将游击，入了教导营都从小兵做起，学习平南军的军制以及军规戒律。
陈越告诉他们，平南军和其他明军不同，想要在平南军任职，就必须先适应平南军的各种条例。陈越许诺他们，等他们适应了平南军之后，依然会在新整编的军队中任职，至于官的大小要看他们的能力，以及是否立下战功，当然他们从前的官职也会被参考。
当然，不肯从小兵做起也行，也可以离开军队，拿着银子走人。对怀有野心很难驾驭的人，陈越不愿迁就他们。
出乎陈越意料的是，大多数军官都选择留了下来，哪怕现在只是当个小兵。这让陈越很是不解。
其实也没什么不能理解的，因为对这些军官来说，拿钱离开后他们将会一无所有，失去了军队想活下去都难。而留在军中，好歹还有重新当官希望，而且这希望非常之大，因为整编过后的降军肯定需要大量的军官，而以陈越被崇祯信任的程度和崛起的势头，以后的军队肯定会越来越多，跟着陈越，他们的前途还是很光明。
不过再想像以前那样把军队看作自己的私产，侵吞军饷欺压士卒的事情就不能再想。
离开则一无所有，留下来还有希望，这选择不难做。
把降军中所有军官掌控在手里，接下来就可以放心大胆的整编降军了。陈越下令，从降军中挑出两千面相老实者编入军队，补充各部损失。把步兵又恢复了左右两营，分别由李奕金鑫任指挥，其中李奕营基本是原来的西山军老营，共一千五百人，以保证战斗力。金鑫营则有五百老兵一千降兵。
剩下的一千降兵一半补充入吕泰的水营，在运河里的战斗中，他的水营损失很大，两千士兵损失将近一半。另一半降兵则补入了金声桓的团练营，现在团练营的规模达到了一千五百余人。
剩下的降兵还有一万，命令杨正平为新编军总兵，带领五百平南军老兵负责对这些降兵进行编制训练。等训练数月改造好后，会对这些降军重新编制，那时也是平南军急剧扩张之时。
杨正平带着一万降军去了淮安，在那里进行整训，这些未经整编的降军，陈越不愿也不敢带他们直接上战场，索性打发回淮安。崇祯下旨，命令淮安知府徐庸全力配合杨正平，一应军饷粮草暂时由淮安府拨付。
淮安是重镇大邑，又是盐粮集散之地，其富庶不下扬州，养一万军队应该没有问题。为了整编的顺利进行，陈越又私下里交给杨正平二十万两银子，只这些银子就够军队半年所用。西山军历年的积攒，一路经海上陆运的辛苦，好不容易带到南方的五十多万两银子，现在终于派上了用场。
现在，军中的兵力有两营步兵三千人，一营骑兵一千二百，金声桓的团练营和吕泰的水营各一千五，再加上由副将王燮带领的淮扬巡抚的标营一千五百余人，以及陈平带领的教导营，总兵力九千多人不到一万，这就是用来攻打黄得功，夺取南京的全部兵力。
尽管兵力远少于敌人，可是一场胜利之后，全军士气高涨，根本没有把前面的敌人放在眼中。