弗吉尼亚大学课程设置的基本原则主要体现在《弗吉尼亚大学筹备委员会报告》中。报告将开设的课程分为10大门类，分别是古代语言、现代语言、纯数学、物理数学、自然哲学、植物学和动物学、解剖学和医学、政治学、法学和道德哲学。除了正式规定的课程之外，还有三类非正式课程:身体锻炼和军事演习;手工训练;舞蹈、音乐和绘画。这些占据娱乐时间用来丰富生活的活动交给辅助的教师负责，由学生自费完成，大学可以提供场地。杰斐逊以\"实用\"为标准的课程选择原则影响了南部和西部一大批新兴州立大学的课程设置，代表了实用主义高等教育哲学在美国的最初发展。
1824年，弗吉尼亚大学董事会接受了选修制，在章程中明确规定\"每位学生都有且只有参加自己选择的学院的自由\"。与今天的选修制不同的是，这种选择自由是选择学院的自由而不是选择具体科目的自由。由于当时知识专业化程度较低，许多学科尚未分化，在实际意义上，这种选修是一种学科大类的选修，而且一旦选定就要跟随教授学习固定的课程。选修制度的实施是杰斐逊学术自由原则在学习自由上的具体体现。与此前教派学院中单一的必修课程截然不同，它给予学生选择学院和修学年限的自由，从而在整个美国高等教育中开创了一种新的课程管理制度。
在学生管理上，杰斐逊认为，建立在恐惧之上的管理不会带来良好的品行，相反，用荣誉和自尊引导充满生气的年轻人才不会使他们做出丧失体面的轻率举动。为此，他将维持纪律的责任更多地留给了学生，建立了由6人组成的学生自治团体，他们\"由教师从最正直的学生中选出，其职责是成自治团体、调查真相、提出惩罚建议。\"董事会建议，被指控犯有轻罪的学生由他们的同龄人来处理，让他们从中学会自我管理与合作;重罪则要受到教师的详细审查。
建筑成就
托马斯·杰斐逊不仅是政治家，更是一个建筑师。他亲自设计建造了蒙蒂塞洛庄园。这座庄园的主建筑兼具古希腊和罗马建筑风格，在采光、通风、节能、实用等方面多有创意，采用多利安式的门廊，白色的圆顶以及低矮的红砖为主体的搭配。
杰斐逊对弗吉尼亚州议会山庄的建筑设计亦有贡献，该建筑以法国南部尼姆(N?mes)的古罗马式庙宇--方堂(maison carrée)为原型。杰斐逊的建案开启了美国后续的联邦式建筑风潮。
杰斐逊还亲自规划了弗吉尼亚大学校园的建筑风格。他大量使用古罗马风格的建筑，并在其中有所革新，认为这才能体现美国人民主与创新的精神。与牛津、剑桥、哈佛等大学截然不同，弗吉尼亚大学拒绝哥特式的尖顶，而以雪白小巧的亭楼为主。楼与楼之间的间距很大，给人一种开放自由之感。亭楼之间大都有白色圆柱连成一条条走廊，与开阔的绿地相辅相成。校园主楼theRotunda模仿古罗马的万神庙，是整个学校的核心。1976年，美国建筑学会将其评为美国建国200年中最让人骄傲的建筑。
政治理念
1.威胁来自强权政府
杰斐逊认为自治是人的天赋权利。杰斐逊在信中写道:\"我确信，如果天意没有注定人永远不得自由(相信这点是亵渎上帝的)，秘诀就在于使他自己保管有关他自己的权力\"，而且世界上每一个人和每一个集体都有自治的权利。他们的这种权利是与生俱来的。什么样的政体可以让人民实现自治呢?杰斐逊在写给詹姆斯·麦迪逊的信中写道:
人类社会存在于三种大相径庭的形式下。1.存在于没有政府的状态下，例如在我们的印第安人中间。2.存在于有政府的状态下，其中每个人的意志都有一定影响，例如较小程度在英国，较大程度在我们的州。3.存在于强权政府下，例如在其他一切君主国以及大多数共和国。要了解生活在最后一种形式下的痛苦，就必须把它们予以揭露。这是狼对羊的统治。我不知道第一种形式是不是最好的，但是我认为它和较多的人口是不相容的。第二种形式有很多好处。在那种形式下，多数人享受很大程度的自由和幸福。它也有弊端，其中最大的弊端是容易发生骚乱。但是拿它来同君主国的压迫相比就微不足道了。我宁愿有危险的自由也不愿自由自在地做奴隶。就连这个弊病也有好处。它能防止政府蜕化堕落，促进人民对国家大事的关心。我认为时不时发生一次小规模的叛乱是件好事，它在政治界就像暴风雨在自然界一样地必不可少……造反是对于政府的健康必不可少的良药。
由此可见，杰斐逊非常痛恨君主政体、贵族制政体。
2.建立自下而上的共和政体
杰斐逊想要的政府是一个自下而上的共和政体。杰斐逊反对权力的集中。他说:\"破坏世界上曾经有过的每一个政府的人民的自由和权利的是什么?是把全部责任和权力合并起来，集中在一人或一批人手里……让全国政府处理国防以及对外关系和联邦关系;州政府处理公民权利、法律治安以及与州有关的事务;县政府处理县的地方性事务，区政府处理区的事务。把这些共和国从全国性的大共和国到其所有从属机构一分再分，直到每个人都管理自己的农场，每个人自己的眼睛能监督的都由他自己监督，这样一切事情就能办得最好……\"。在联邦政府与州政府之间，杰斐逊主张\"支持州政府的一切权利，把州政府当作管理内部事务最有效的行政机关以及抵制fangong和倾向的最牢靠保障\"。