几十年以前的昭和时期，调差负能量而来到地球上的爱迪奥特曼，击败了神出鬼没的幽灵船巴拉克什部。
这看似是由爱迪奥特曼打败的巴拉克什部，真的已经死了吗？？这日，在渤海海域底部，又开始了一种结合各种强力机械地结合，逐渐合成了一种船只的形状……
某日，行驶在太平洋上的一艘运输船只正在往京都运输着货物。当行驶到某一区域时，突然，海面上翻起了大海浪，一艘巨型战舰正缓缓升起，稳定下来后，战舰上的各种舰炮朝着运输船射击而去，将运输船炸的片甲不留；之后，巨型战舰消失在了海平面上。接下来的一段时间里，时常发生着此类事件，前去调查的防卫军队员们一无所获；当再一次发生军舰袭击事件时，还在调查的小兰和周龙正巧在附近，火速赶了过去，终于使战舰露出了真正的面目，还救下了运输船队上的一干人等。
在防卫军作战室里，当在屏幕上放射出周龙、小兰拍到的战舰的样子时，无人能说出它是属于什么地方的舰种；这时候，岚君好像想到了什么，走进美琪：“美琪，你调查一下昭和时期，为了调差负能量而来地球的爱迪奥特曼那时候的资料吧。找到后输入‘幽灵船巴拉克什部’出来看看，我觉得两者很相似。”当把那时候的照片与这这时的照片连在一起一看，队员们吓了一跳：这也太像了吧。
这时，大艾走了进：“或许是别的什么原因使它又复活了呢。等下次出来，好好调查一下吧。”
在这件事情之后的一个月后，那艘神秘的战舰终于又出现了，在黄海海域正在袭击地面的防御设施。防卫军出动了，一面进攻军舰，另一面疏散群众们。这时，防卫军机库里，大艾的专机——RS战机出发了，在接近战舰后，大艾调将RS调为了自动操作后对其下令：“请自由进攻。”之后，跳出机舱变身了。在地面和军舰之间，风狄落了下来。见到军舰的那一刻，风狄终于知道了，这正是幽灵之船——巴拉克什部！！只是，这是它的另一个形态。只有将内部的灵魂完全销毁方才彻底将其消灭。正当风狄发射禁锢射线时，幽灵船传出一阵白雾笼罩着自己，消散后，幽灵船也跟着消失了，只留下了风狄在海面上。
出现在RS里的大艾还在思索着幽灵船消失的原因时想着：难道是仅仅想把现在的奥特曼先引出来吗？？若真是如此，接下来就比较麻烦了。
进入总监室后，然然问：“它走了？？”大艾点了点头，然然说：“走的原因我知道了，就是对你有了个初步判断，下次相遇就不好对付了哦。”大艾听后笑了笑：“下次一定会赢的，因为，无心的机器战舰，是永远无法战胜有心的人类的！！”
接下来的几天里，所有人员开始了对巴拉克什部进行了全方位的分析，以及研究出对付它的方法。一日之后，当早晨的阳光照进窗户之时，一阵欢呼从周龙、岚君的房里传了出来：“终于发现了巴拉克什部的弱点与躲在哪里了————”
把大家吓出了一身冷汗。作战室里，周龙走进屏幕，指着幽灵船后面那个一直在闪烁着红灯的区域说：“这个地方，就是巴拉克什部所有系统的中枢，就像我们基地的主控系统一样，只要破坏了这个，至少能够使它完全动不了了。不过，（他有些沮丧）没有三方相同的力量的同时击中的话，就是无效的。而我们防卫军就算加上所有的力量，也仅仅只能与风狄奥特曼的斯贝修姆特光线刚好持平罢了。”队长翔问了一句：“也就是说，在下一次幽灵船出现之前，必须要制造出另一个相同实力的武器，或是来一位帮手，才能制住它咯？？”周龙点了点头，又说：“不过，如果风狄奥特曼拥有更强的力量的话，至少是斯贝修姆特光线的两倍，三倍跟好，我们就绝对能打赢。”岚君发言了：“至于幽灵船的位置，就在北极的中心。现在只担心它移动去别的地方了。”队员们都沉默着的时候，一直在旁听的大艾看了看他们，哈哈大笑起来，站起来边走边对他们说：“队员们，你们是不是以为我们的风狄奥特曼只有两个绝招吗？？以往的奥特曼可不仅仅只有两招哦！我们要相信我们的奥特曼是一定会赢得，明白吗？？就算风狄没出现，我们也要靠自己的力量赢了怪兽才行。好了，我先走了。”
在总监室里，大艾准备独自前往北极战斗，交代然然帮忙看一下，等于是帮自己做决定，然后，使用圣士之光，消失了。
在北极正中心的位置，风狄奥特曼出现在上空了。
这时，小兰收到了从北极发来的讯息，一看吃了一惊，报告给了队长：“队长，风狄出现在了北极上空，准备进入海底了。”周龙：“队长，我们一起去吧。”队长正有此意：“好的，一起去看看。”一起坐上主战舰——神龙号出发了。这时，风狄对冰层使出了烈焰飞踢，一脚直踢海底，击穿后直直的冲击在了幽灵船边上的海底上，指着幽灵船说道：“巴拉克什部！做个了断吧！爱迪奥特曼没有彻底消灭你，我绝对使你消失的无影无踪！！”这时，巴拉克什部头上亮起了绿光，竟发出了声音：“没想到被你找到了啊，超人圣士风狄。就算是你，也没那么容易达到我吧。”浮出了水面，就在浮出的一瞬间，风狄发出了光之屏障将幽灵船关在中间并上升到空中，不给它任何说话机会，使出了新绝导光射线，一举将其消灭了，在刚抵达北极的龙神号里的队员面前；同时，这绝招也消耗了风狄一半的能量。回到总部后，周龙感叹说：“我们的风狄，变强了啊。”
傍晚，大艾在总部附近的小湖边对然然说：“希望以后不使用新绝导光射线就能赢啊。”然然微微一笑：“一定不会的，因为在此之前，我们一定会有更强的、正义绝招赢得。”难道风狄的新绝导光射线这个绝招，在使用不当之时，能将宇宙灭亡的绝招吗？