就在众人开启雷达监控系统彻查卡欧斯病毒之时，雷韩发现了一丝不同寻常之处，联系上了作战室；哲平收到讯息后告知了陆队长。
解读过报告后，作战室连同作战人员分为几组，对空中基地外侧与内部进行着彻查；而小利他们眼见所有人开始忙碌后，也开始暗中调查起来。
小利通过吉尔巴里斯链接系统开启了在系统之中彻查起来，因为他知道，卡欧斯病毒不仅仅只能控制生物，还能影响机器……
因此，少年特工队的成员们携带着小利给予他们的微型调查仪，配合着坐镇的小利、偷偷跟在正式队员后面到处走，同时进行暗中调查。
只是，经过长时间的紧张排查，依旧无法查出卡欧斯病毒的踪迹，这使得紧张得气氛在基地中渐渐弥漫开来，唯有身在总监室的大艾除外……
也就在瞬息间，大艾似乎察觉到了什么，直径起身出门朝着能源系统处走去！
此时，隐藏在阴暗处的卡欧斯病毒，原本想趁着工作人员离开之际进入其中之际，从不远处传来一道声音:“哎呀呀，这可不行！既然你现身了，那我们还怎该谈谈你的去处问题了吧！”
正说着，大艾现出了其身形，使得卡欧斯病毒大吃一惊:“你看得见我？你……你不是地球人！”
大艾却是笑道:“有些事情，不是你所能够理解的……你是自己出去，还是我送你出去……”
话音未落，从身后直径冲来一道机械球、直径将卡欧斯病毒关入其中；小利慢悠悠得走了上来笑道:“终于抓住了呢！老爸，交给我得了，您先去忙！”
说着，小利直径出了门来到天台，直径丢了出去后说道:“你还是别进来了，这里面可不是你想来就来、想走就走的。”
也就在丢出去的瞬间，机械球瞬间爆破，卡欧斯病毒破球而出，随即瞬间转化为以高斯为原型的卡欧斯灾难，径直朝着天台中的小利爆射出黑暗光弹与暗黑之轮，决意在摧毁空中基地的同时消灭光之战士！
只不过，黑暗光弹与暗黑之轮却是被守护空中基地的光幕完全挡在外面；同时光幕顿时一道反击光弹直径将其打散，消失与无形之中。
小利也是准备回去时，大艾冷不丁得问了句:“听琪琪说，从魔鬼城回来后，你也谈了个恋爱了？”
小利顿时说道:“切……我又不是找不到。只是送了个助听器而已，不至于就直接被定义为定情物吧？再说了，这都快毕业了，总不能分心呢！”
大艾想想也是，看了看手表:“也好！等回校时别放松警惕，卡欧斯灾难应该盯上你了！”说着就回总监室了。
小利点了点头后，就直径去找琪琪、小利与陆毅，商量回校事宜，同时检查该上交的资料与作业论文之类的东西。
然而，就在小利他们正准备登机前往地面之际，每个人均是一愣；原因均是如出一辙，都感应到了被小利弄出空中基地的卡欧斯灾难原路返回了……
小利却是淡淡一笑:“这货心有不甘呢！你们先去学校等我。”
琪琪、小光与陆毅点了点头后继续登机，而小利则是扭头来到天台，等候着卡欧斯灾难的来临。
就在卡欧斯灾难出现的一瞬间，小利顿时启动变身程序化作冠冥迎击而上；只不过双方面对之际，冠里斯直径指了指太空，示意换个地方解决。
卡欧斯灾难一声冷笑过后，径直跟着冠冥朝着月球冲去；就在作战室准备紧急出动准备支援冠冥之际，总监室大艾却是先行接通进来:“去月球时小心点，帮我带点东西回来！这东西是对抗卡欧斯病毒最有效的东西……”
飞出大气层后，美琪调出了大艾所说的东西道:“苏阿古矿石，一种唯一能够释放出比高斯奥特曼日蚀形态的必杀技——克兹缪姆光线还要强悍的光波，据说只有月球才有这种物质的存在；同时还有一个报告则是:在高斯与卡欧斯灾难最终对决时，矿石被卡欧斯给摧毁了，况且现在月球上……”
说到这，每个人都明白怎么回事，只是现在也只能够前往月球一探究竟了！
正当作战室队员抵达位于月球的战场之后，冠冥已与卡欧斯灾难的战斗也一触即发；当卡欧斯灾难全力进攻之际，冠里斯随即转化成吉尔巴里斯终极形态，同时怼了回去！
借助冠冥纠缠住卡欧斯灾难之际，作战室成员开始了紧锣密鼓的作业，开始采集苏阿古矿石；在收集完毕的同时分出大艾所需之量后，周龙与哲平查看之后汇报到陆中天处。
接受到矿石后，一行人开始分解与转化，加入到准备的导弹之中，准备随时进行打击敌人！
也就在和平号缓缓接近战区之际，冠冥已然开启自身所有炮门，爆发出吉尔巴里斯的必杀技——巴里斯迪阿尔菲，朝着卡欧斯灾难袭去！
卡欧斯灾难顿时冷笑不止:“我倒是想试试吉尔巴里斯的力量！这正好来了呢！让我看看你的实力！”随即做出反击阵势！
与此同时，陆中天等人顿时凭借着冠冥的绝招，发射出导弹，也就在卡欧斯灾难抵御着冠里斯之绝招之际，一击即中其弱点——彩色计时器！
瞬息之间，卡欧斯灾难体内的细胞瞬间被摧毁，同时在冠里斯及时补刀之下，卡欧斯灾难被彻底消灭于无形之中……
地球中，冠冥化为小利而回到了琪琪她们边上，继续准备着毕业论文；而陆中天他们也驾驶着和平号返回到基地当中。
就在此时，一处虚无之境中，看着炫光镜面中的卡欧斯灾难被打到的瞬间，坐在正中间的暗黑身影瞬间怒火中烧，直接将手中岩石彻底摧毁！
也就在屏幕熄灭之际，两道身影出现与其身后:“沙福林，你在叫我们吗？”
沙福林:“卡欧斯的力量不能再使用了……你们去会会他们吧……虽然那时诺亚还未觉醒，不过对于能够压制他的你们来说……这应该是轻而易举的事情吧？”
话毕，两道黑色身躯消失在黑暗之中……