传教士在明朝的传教分为了三个阶段，这三个阶段都跟一个人有关系，这个人就是利玛窦。
利玛窦之前，便有教士在大明传教，传来传去根本没几个人新。
至于原因也很简单，按照天主教的教义，不允许偶像崇拜，家里不能贴灶王爷的画像、不能供奉祖宗灵位，不能行叩拜礼，不能败孔子，一夫一妻等等一系列与大明国情不符合的教义。
可这个时候大明的百姓，什么神都信，什么送子观音、三清门神、龙王城隍，总之什么都信，但凡你说出这个神对你有什么好处，都是可以信的，突出的就是一个实用主义。
可这都是天主教不允许的，因此没人愿意信奉天主教也是正常的。
利玛窦来到中国之后，研究了这个情况，根据大明的国情，修改了传教方式。
比如他一开始假扮西洋僧侣，可发现僧侣在大明地位不高。
于是乎走起了高端路线，在大明要走高端路线自然要跟文人士大夫打交道，于是他潜心学习四书五经，开始以儒生的装扮示人，着力打造西洋大儒的人设。
这成功让他与一些文人士大夫搭上了线，他也不可以的传教，采取的是润物细无声的方式，比如时不时说出一些圣经的语录，等到对方感兴趣了，再慢慢的和对方聊这些。
他还用汉文着书立说，阐明天主教义，并尽量援引孔子的话驳斥释、道两教，证明天主教道理与中国古儒所讲道理正相符合。
他认为在未得到皇帝明文准许宣扬天主教之前，不能轻率从事，以免前功尽弃。
徐光启、李之藻等人便是他用这种方式拉入教的，而且他知道大明奉行实用主义，于是就开始宣传西方的一些科学技术，总之先让自己变得有用，保证自己的安全，再慢慢传教。
这就是天主教传播的第二个阶段，这个阶段除了一些地方的传教士过于激进，总体来说天主教传播的还不错，吸纳的也都是一些上层人士。
自从利玛窦六年前去世，事情又发生了变化。
继任他的是龙华民，字精华，他觉得利玛窦太保守了，我们是来传教的，不是教大明科学技术的。
他虽然在尊重中国习俗方面做了一些让步，可总体来说比利玛窦时期激进的多。
最突出的表现便是大肆向底层传教，比如奏疏中说道的王丰肃。
他四处活动，宣传教义，发展教徒，不仅有上层的士大夫，而且还有书童、烧饭、卖糕、种园、挑脚、担水、木匠等各行各业的人信教，以致原来旧的经堂容纳不下。
这个时候，他还兴修了新的大教堂。
“商于教众，莫不赞成，慷慨解囊，不数日，凑成巨款。所奇者，教外之人亦乐于捐输，人心踊跃，指日兴工，不数月堂工告竣，壮丽宏敞，顶上高竖白玉十字架，阖城望见，中国前此未有也。”
后来有人觉得正是此举引起了本就对天主教看不顺眼的官员的警惕，当然他们没敢明说，而是说“孰意此举，大惹僧徒妒嫉，而万历四十四年之教难，即因是而起。”
这个僧徒指的大概就是沈紘，他本人是个佛教徒。
南京教案之后，西方传教士活动瞬间陷入低谷，之前颇为活跃的传教士有的被押解出境，有的则潜伏了起来。
比如北京的龙华民和毕方济，隐居在徐光启家中，杭州西子湖畔的杨廷筠住宅里，也躲藏着郭居静、艾儒略、金尼阁等人。
朱由校这边思考了南京教案的前因后果，徐光启也来到了。
“这封奏疏徐师傅先看看吧。”
朱由校将奏疏教给了徐光启。
徐光启一看沈紘这个名字，心里就咯噔一声，再看标题再参远夷疏，就知道大事不妙了。
“今年五月，沈紘便上了一本参远夷疏，不过当时只是笼统的说了天主教的一些问题，皇爷爷便留中不发。”
“今天看了这本奏疏，皇爷爷大怒，表示若是不加管制，只怕是与白莲教无异。”
“我建议先调查清楚，皇爷爷表示人已经被拒捕想来沈紘不敢欺君罔上。”
“在我的恳求之下，皇爷爷答应只办此案，不扩展到所有的传教士，不过也说要各地严加管束，不得出现此类情况。”
“为免徐师傅受到影响，皇爷爷准备将你调往陕西担任陕西巡抚，推广高产作物。”
奏疏很短，徐光启很快看完，就在他想着要如何说的时候，朱由校率先说道。
“臣多谢殿下维护之意，臣不为王丰肃辩驳，他做的的确太过分了。”
徐光启听了朱由校的话，稍稍放下心来，只要不是一棍子打死就行。
“之前我想让新科进士跟徐师傅学农学，便是不想让徐师傅离开，只是没想到这个时候出了这种事情。”
“皇爷爷答应我，过些日子高产作物推广见到成效，此事风波平息，便再调你回来。”
“陕西的情况，徐师傅也都知道，除了高产作物之外，关于陕西宗室的一些事情，也希望徐师傅能多多留意。”
其实这会子朱由校也想开了，让徐光启去陕西也不是什么坏事，至少他去了之后，能改善不少陕西的情况。
“蒙陛下不弃，殿下信任，臣到了陕西一定好好推广高产作物，也会做好自己本职内的工作。”
徐光启开口说道。
“如此便好，我也相信徐师傅此去陕西能施展毕生所学，造福陕西百姓。只是徐师傅身体一向不怎么好，也千万要保重身体。”
听到他这么说，朱由校知道徐光启是下定决心要在陕西干出一番事业的。
要知道巡抚是一省军政长官，若是他能在军事上搞出一些不一样的东西，那就再好不过了。
“殿下放心，臣还等着辅佐殿下呢。”
徐光启笑着说道。
“回去之后，你也别忘了告诉龙华民，想在大明传教，需要遵守大明的律法，懂得大明的忌讳，尊重大明的习俗，否则的话，南京教案只是开始，不会是结束。”
朱由校还不忘提醒徐光启。
“多谢殿下提醒，臣一定一字不落的告诉他。殿下也要千万保重，臣告退！”
徐光启说着便退出了迎禧宫。