被欺骗过一次的警方不会再轻易相信这种将自己推的一干二净的说辞，但是关于其他人的内容也是有可信度的。
本美佑一是被四井敏也杀害的，之后凶器不知道是怎么被三露知子拿到，这和凶器上面检测的指纹对的上。转交给秘书的凶器又被送到三露知子的家中，之后发现凶器的地点对的上。
有秘书这个中间人参与凶器转运的话，从本美佑一家到奥穗町树林的路程仅需一个小时，不需要拐到三露知子家会让两个小时的时间比较宽裕，这样时间也对的上。
这番说辞除了不能解释三露知子和四井敏也的死亡，别的都对的上。那这个秘书是不是死亡现场的第三个人？
目暮十三很快想起死掉的两个人手机里的东西都被删除掉了，其中就包括三露知子让秘书捎带凶器、销毁重要文件的记录，这些东西被删有利于她逃脱罪责的。
但是，在本美佑一死后一个小时尸体就被房东发现，目暮十三接到报案很快就去到他租住的公寓，又赶到本美佑一工作的大田制药会社。
没有给秘书留有充足的从公寓赶到大田制药会社，再从会社赶到奥穗町，然后返回会社的时间。
柯南一看目暮老哥又不行了，再次拿工藤新一的手机帮他理清思路。
“目暮警官，是我，工藤新一。请着重调查秘书与三露知子的关系。
到底是什么样的关系能让三露知子放心地把作为凶器的手枪、自己房间的钥匙、会社里的重要文件在紧凑的时间内都交给她。
我有一个不完善的猜测，还需要一件东西佐证。警视厅现在有dNA追踪系统……”
特事特办的目暮十三很快从九系那里拿到检测结果，“新一啊，她们两个并不是姐妹或者母女之类的亲缘关系，而且怎么想也不可能吧，中间差了十几岁呢。”
新一：“目暮警官，你说那位三露知子她是多大年龄？”
目暮十三被问迷糊了，“树林里死的30多岁的啊，难道还有第二个三露知子？”
新一：“是吗？我怎么觉得那个还活着的，20多岁的才是三露知子呢？”
目暮：“什么？”
新一：“当初警方是根据什么来确定死者就是三露知子的？”
“是从秘书那里要的电话，打过去却是搜查九系的同事，那死者自然就是三露知子没错……”目暮十三的声音越说越小，他也意识到了其中的问题。
“没错，案件调查前期几乎所有关于死者的信息都是从这位秘书口中知道的，她想让警方知道什么，警方就会将调查点放在那个方向。”
工藤新一继续推理。
“她在交谈中多次提到三露知子是掌权的前辈，而她是没有权利的小秘书，让警方对于死者是她年长前辈的事深信不疑。而事实却是，她这个20多岁的年轻人才是社长任人唯亲的掌权秘书，三露知子。
至于为什么要对调她自己与真正的小秘书的身份，那是因为警方找到大田制药会社的时候，她还没有来得及处理收尾工作，能够作为证物的凶器还堂而皇之的摆在她三露知子的家里。
警方查到了大田制药会社，那就迟早会查出整个会社都在从事违法交易危险药品的事情，三露知子这个身份不安全。
但年长的小秘书这个角色并没有参与会社的违法交易，只要她率先撇清关系，警方就不会找各个接头人让他们认脸。她及时换成小秘书的身份就安全了。”
之前调查的误区就在于对于被害人的身份认定。大田制药会社并不是只有岸川英二在违法买卖医用危险药品，全员都是恶人。
把单个的谋杀联系成犯罪团伙内部的斗争就很容易理解。本美佑一的死亡是因为他变得“不合群”，知道团伙犯罪事实的他必须要被清理掉，那么“行刑”的就是四井敏也，能拿到凶器的三露知子大概率也在案发地点附近，是一个“监督者”的角色。
而“刽子手”为什么需要“监督者”，可能是因为挥刀也不是他的意愿，只是屈服于团伙领导的权威，或者是更大利益的驱使。
抛去真正的三露知子影响来看，四井敏也和原本的“小”秘书出现的地点是一处情侣的约会圣地，两个人的年龄都是30多岁，搜查九系接到电话之前没有查出死者身份，还以为死的两个人是情侣而不是同事。
死的那个秘书入职没有多久，不清楚会社里面的肮脏勾当，进入了一个不属于她的圈子，爱上了一个她不该爱的人。
四井敏也在行凶之后，迫不及待的跑到奥穗町找自己的恋人诉说内心。
两人遇害应该就是三露知子意料之外的突发情况，真正的凶手在行凶后用死者的手机通知了三露知子。然后凶手先后删除两部手机的通话短信记录并关机，制造抢劫杀人的假象后离开。
三露知子这边则是得到凶手的指示，销毁重要文件。但是警方找上门的速度太快，她灵机一动谎称自己只是个不知情的小秘书，并在警方面前给所谓的“三露知子”打去电话，将所有的事情都给推走。
“两人的身份想要区分还是很简单的，dNA、照片、指纹、熟人都能佐证，实在不行从柯南找到的交易名单上随便拉个见过她的“客户”辨认也可以。毕竟只是她慌忙中产生的想法，只能临时糊弄。”
目暮十三用手托着下巴，“原来如此，那真正的凶手又是谁呢？”
“在这家由犯罪团伙构成的制药会社，有地位能指使三露知子的人可不多，而且他直到现在还没有露面。”
目暮十三非常惊讶，“社长？”他办过的案子中，社长被下属以下克上干掉的居多，倒是头一回出现社长干掉下属。
“也只有他有这个时间，也有这个能力做到这一切。”人在奥穗町的柯南挂断了电话，案发地点的小林子中有可提供人躲藏的位置。如果两个人不是同时到达的话，一个快步入中年的女人和一个惊慌未定的瘾君子，战斗能力并不强。