毛文龙有没有异心？也许真有。
据御史奏报，毛文龙曾发出狂妄之言，说据皮岛下登州，攻下南京易如反掌。可见其狂妄和大逆不道。
以文御武是大明传统，可自从登莱巡抚袁可立去职后，再无人能御毛文龙，对朝廷的命令，毛文龙开始阴奉阳违，满足于割据皮岛，再没了攻取辽东之志。所以若说毛文龙会割据皮岛自立，是谁也说不准的事。
所以孙传庭不杀毛文龙，但必须把毛文龙带走，不使他再回东江，不让其再和手下将领军队汇合。
蛇无头不走，没了毛文龙，皮岛诸将自然也闹不出什么幺蛾子，孙传庭便可以以皮岛总兵位置和钱粮为诱饵，使皮岛诸将老实听话。
东江军诸将能为了利禄抛弃姓氏拜毛文龙为干爹干爷爷，也不是什么忠义之辈，根本不可能为了毛文龙和朝廷作对。更何况毛文龙并没死，而是去浙江当总兵。相对于荒凉的皮岛，浙江可谓繁华富裕之地，又不用打仗，在大部分人看来，去浙江当总兵当然比皮岛好上很多倍。
所以东江军诸将，毛文龙的那些干儿子干孙子们，只会对毛文龙的去职表示羡慕，又岂会因此作乱？除非这些人一开始就有反心。
而另一个时空，袁崇焕督师辽东，却采取直接杀了毛文龙的办法，手段更加强硬，后患更多。
袁崇焕当时手握蓟州、辽西、东江、登莱四镇，挂兵部尚书衔督师辽东，手握尚方宝剑，就权势来说，绝对是第一封疆大吏。他完全可以采用温和的办法处置毛文龙，却偏偏直接把毛文龙杀死。
当然，杀了就杀了吧，也不算什么，只需要一段时间，慢慢整顿东江即可，凭借袁崇焕的权力和朝廷的威严，做到这些还是很容易的。而毛文龙的被杀，一开始在皮岛也没掀起什么风浪，皮岛诸将，毛文龙的干儿子干孙子们也没有谁说为毛文龙报仇，反而一个个盯着皮岛总兵的位置。
但老天爷没有给袁崇焕整顿东江的时间，建奴很快绕道蒙古入侵，打到了北京城外，崇祯帝一怒之下，把袁崇焕收监处死，而袁崇焕整顿东江的计划再也无法施行。
接下来时间，朝廷既要面对穷凶极恶的建奴，又要派兵围剿造反的陕北流民军，哪有精力去管远在千里之外的皮岛，只能让皮岛数万军队、十多万百姓自生自灭。
当然，有人说建奴之所以会绕道蓟北入侵，是因为毛文龙被杀，建奴再无后顾之忧，若是毛文龙不死，建奴不敢绕道蒙古。
其实，毛文龙的作用真没那么大。去看看皮岛的位置就知道了，皮岛位于鸭绿江外，从皮岛出兵，顶多威胁一下镇江堡宽甸等地，而镇江宽甸距离建州还隔着数百里长白山，距离辽阳沈阳更是有一两千里的山路，东江军根本对建奴老巢没有任何威胁。
相反，能真正威胁到建奴老巢的反而是辽西兵，从锦州出兵，渡过辽河，便是辽沈平原，中间并未险关阻碍。从锦州出兵，只需要半月时间，便能杀到辽阳城下。
辽西兵的强大是东江兵的数倍，并且有数量庞大的骑兵部队，建奴不畏惧近在咫尺的辽西兵抄其老巢，又怎么可能害怕东江军袭扰侧后？根本没有道理嘛！
东江军对建奴有没有牵制作用，自然是有的。从皮岛出兵可以攻打镇江，斩断建奴和朝鲜之间的联系。从广鹿岛出兵，可以攻占旅顺金州复州，占据辽南山区，从南面威胁建奴腹地。这样的话，建奴将会面临明军从东西南三面的威胁。这便是东江军的牵制作用。
扯得有点远了，回归正题。
现在孙传庭没有选择杀毛文龙，但为防万一，也不能再让毛文龙返回皮岛，必须从现在起隔绝毛文龙及其手下。
所以孙传庭再次召集毛文龙手下将领，宣布了自己对东江镇的布置，暂时把东江镇分为四协，把东江兵一分为四份，分别由副将陈继盛、参将毛承祚、毛承禄，和游击将军刘兴祚统领一协军队，因为陈继盛官职品级最高，代掌毛文龙总兵将印。
四个将领中，陈继盛是毛文龙的副将，也算是嫡系心腹。毛承祚平素里并不怎么领兵，也没有什么能力，但他是毛文龙之子，管理一协自然没有问题。而毛承禄则是毛文龙养子，也是最受器重的养子，管着毛文龙手中最强大的养子养孙和女真兵组成的亲军，做这个协将自然也没有问题。
而刘兴祚则是降将，万历二十三年被建奴掠去为奴，在建奴那里呆了十八年之久，才干出众，深受努尔哈赤器重，以宗女嫁之，人称刘爱塔。刘兴祚在建奴那里做到了副将，受命管辖金州、复州、海州、盖州，南四卫之地。然而刘兴祚身在奴营，却心系大明，在天启三年时，便暗中组织复州辽人逃亡，并和当时的登莱巡抚袁可立屡屡通信，表示归明之心，约定里应外合，共逐辽南奴兵，却被汉奸王丙觉察告知奴酋。
努尔哈赤下令将爱塔并李永芳长子抓捕，屠戮复州百姓，并迁金州盖州等百姓入内地，建奴直接放弃了辽南四百里海疆，才有了当时的东江军反攻趁机占据辽南。
刘兴祚策划的这次反金事件被努尔哈赤迅速镇压下去，致使复州两万辽民被杀，使得辽南为之一空。刘兴祚矢口否认自己和这次事件关系，努尔哈赤对刘兴祚还是很信任的，不相信他会背叛自己，故杀了告密的王丙和刘兴祚的弟弟刘兴仁，只是把刘兴祚降为参将。
刘兴祚又在建奴那里呆了数年，终于在去年，也就是崇祯元年，以自焚之计，逃离了建奴归明。
刘兴祚在建奴阵营呆了近二十年，对建奴情形很是熟悉，孙传庭对其自然要重用，不过在辽西不太好安排他的位置，贸然让其统兵又怕辽西将领不服。现在既然拿下毛文龙，重整东江镇，便升其为副将，让其掌管一协东江兵。