随着策略的调整，兵力也开始调整，叶可亮改任东南军区司令，由硬攻苏门答腊岛改为攻略几内亚岛和苏拉威西岛，这些地区很大，但军队不多，用不着这么多主力部队，抽调了骑兵师的一半部队改归汤正指挥。
同时由辛格指挥的雇佣兵也抽调归汤正指挥，辛格的雇佣兵师名为师级单位，却是拥兵超二万，这些南洋军本地人参军，只可以先参加雇佣兵，表现良好之后，才转往其它各支部队，从某种角度来看，辛格部算是他们的南洋土蕃兵的训练基地，他们是在实战之中训练。
如此一来，爪哇军区拥兵近五万，成为了南洋军中最大的作战集团，司令汤正炙手可热，跃升为南洋军第一重将。
军区参谋长戚青听闻吕宋女王李暮声称一个月攻下巴达维亚，他道：“我们也可以，保证完成任务！”
汤正大喜：“参谋长肯定有妙计，快快道出，哥我请你喝老酒。”
戚青，外号鬼谋，与鬼狐扶汉明号称总参谋部双杰，未来的总参谋长。
戚青道：“没有！只能强攻！”
汤正道：“那你还吹牛？”
荷兰人对东印度公司大本营的恰当地点的最终选择上，取决于两个方面的考虑：其一，它必须接近东西交通的两条海道马六甲海峡与巽他海峡之一；其二，它必须是大明帆船能方便抵达的她方，因为大明帆船在群岛内的贸易中发挥重大作用，荷兰人东来不是建立新的贸易网络，而是利用印度洋、南大明海已有的海上贸易网，而这个已有的海上贸易网已为大明商人、印度商人和东南亚商人经营了至少一千年了。
这项考虑使荷兰人于四年在雅加达土酋居住区的废墟附近建立了巴达维亚城，雅加达土酋及其属民则被赶出雅加达而去了万丹，科恩采取了尽可能吸引大量华人与荷兰人移民巴城的政策，次年以后来自大明的大帆船开始运来移民劳工，巴城建设得以开始，而吸引荷兰自由民的移民计划终成泡影。
巴达维亚城市的主要建设工程，如运河的挖掘、城墙与房屋的建造，全部由着名的华人承包商杨昆和潘明岩等承包和实施，荷兰当局规定华人每人每月须交纳1.5里尔的人头税方可免去为修筑城墙运土的义务。
结果，他们为巴城防御工事所支付的资金，是其他市民的五倍。在市政厅的建造中，他们支付的资金三倍于其他种族集团的总和，这说明在巴达维亚城市最初建设上，大明移民从资金到工程承包都做出了最重要的贡献。
一开始荷兰人计划将这城市建设成为一个大型贸易城市，有巨大的码头和港口区，但随着南洋军势力的迅速崛起，他们开始改变战略，将这里打造成为军事中心，以支撑他们在东方的军事力量，遂改造成为城堡。
该城为典型之近代欧洲棱堡，壕沟围绕四周，斜坡土堤为台基。墙面乃红砖砌成，用糖水、糯米、蚵壳灰、砂捣和黏之。内城为方型，有上下两层。长宽皆为五百一十五公尺，城壁高约十五公尺，厚一点二公尺，四角棱堡厚一点八公尺。
地下室为仓库，为储存弹药、粮食及杂物之用，上层设有长官公署、教堂、了望台、士兵营房等设施。外城(四角附城)为长方型，长一百六十公尺宽，七十七公尺，较内城稍低，内有长官及职员宿舍、办公室、会议厅、医院、仓库等公共建筑。
在防卫上，外城有两个棱堡，一个半月堡，西北角的称为荷兰地亚堡、西南角的称为黑德尔兰堡。内城有四个棱堡，三个半月堡。
四个棱堡名为菲力辛根堡(东北角)、安纳麦顿堡(西北角)、密特堡(西南角)与甘博菲尔堡(东南角)。棱堡与半月堡各有三十门大大炮；共三百门大炮，可沿墙侧面与面对开扩地发扬火力。
自从远征军惨败，他们开始加大改造的力度，因为南洋军的海上封锁，商船不来，他们干脆完全的军事化改造，他们将在这里抵抗南洋军，坚持到本舰队的到来。
现在他们加大了改造的力道，让巴城的大炮增加至上六百门，所有荷兰人征召入伍，接受军事训练，任何一个试图正面强攻该城的人都会被打得头破额流，死伤惨重。
他们就是因为正面强攻会死伤惨重，所以才会觉得这活儿不好干，现在他们还是决定强攻？
现在的巴达维亚，早己没有前两年的威风，他们的海军己被南洋军干掉得差不多。他们原本还有几十般战船逃回了巴达维亚，但是海军属于进攻型力量，他们急于获得补充，退回了港口，谁知让颜思齐在外面一堵，撒下了大量的水雷，成功的将他们封锁死在了港口里。
水雷是南洋军的又一大杀器，由水底龙王炮改造而来，荷兰人的水手悍不畏死的驾着船冲出来，试图与南洋军决战，争夺制海权。
谁知让水雷炸得死伤惨重，伤得怀疑人生，他们无法在南洋军封锁之下完成排雷，只好退守港口，彻底失去制海权。
米柱提出了海权论，他的海权论指出以贸易(指商品输出)立国的国家，必须控制海洋。夺取并保持制海权，特别是与国家利益和海外贸易有关的主要交通线上的制海权，是国家强盛和繁荣的主要因素。
要夺取和保持制海权，必须具有占优势的海上实力，即强大的舰队和商船队以及发达的基地网。他从战略角度分析了一国的地理位置、自然环境、领土范围、人口数量、民族性格和政府政策（包括发展海上实力的政策）等因素对海权的影响，提出海军战略就是在平时和战时建立并加强海上实力，以实现国家的战略目标。
他认为，取制海权的方法是舰队决战和海上封锁，而要完全夺得制海权，只有通过舰队决战。他强调集中兵力，把集中兵力视为基本的作战原则和贯彻海军战略的主要手段。他主张南洋应建立强大的远洋舰队，先控制马六甲海峡，然后控制印度洋，从而完成了对东西方贸易的垄断。
米柱雄心勃勃，计划打造一支不比西班牙无敌舰队逊色的超级舰队。
基于这一理论，南洋军必须拥有一支强大的海军，他们计划将主力战舰升至二百艘，十万水手的水平，这让他们从北暹罗搜刮到的金银全部用光了，别人以为南洋军国库金山银山，其实他们的国库空空如也。
订购军舰、招募水手、日常的消耗，各种训练消耗光了他们的国库，若非控制了马六甲海峡，近乎控制了东西方海上贸易，他们将会运营不下去而破产。
但米柱不惜血本的投入，让他们的海军异乎寻常的强大，才控制马六甲海峡及北暹罗地区，就差不多夺取整个东南亚地区的制海权，打得荷兰人、葡萄牙人、西班牙人这些以海洋立国的小强们跪下了唱征服。
这绝对强大的背后，是海量金银的支出，米柱的日子是省吃俭用，一日三餐，都是三菜一汤，连娶七公主，也只是拉了几船玻璃去作为聘礼，但是人家文莱王地方虽小，架子不小，拉回来了几大船金银和特产，明面上的市价，就不比那几船玻璃逊色。
只有米柱知道，他那所谓的几船玻璃奢侈品，其实是沙子……。
不过米柱倾力的投入，确是让他们拥有了一支地区最强大海军，他一声令下，就完成了对苏门答腊岛和爪哇岛南边海岸的封锁，并将对方的水师摧毁，至于李暮献计，让苏门答腊岛的阿罗科与爪哇的伯夷自相残杀，米柱也否决了，因为这将旷日持久，另有者，他们的水师都让南洋军水师灭了，他们分占两岛，怎么打？游水过去打呀？
米柱改而决定使用封锁打击的方式，一样可以灭掉了对方。
马六甲海峡和爪哇地区，是他必控之地，这里将会成为他统治的核心区域，米柱不会招降他们，不会结盟，像是柔佛马拉高那样都不行。
荷兰人等西方小强无法统治和融合南洋，但是米柱可以，他的南洋军可以，所以这些当地的强势力量，必须消灭，杀个干净，才可以方便以后的统治。
他要学米帝在美洲那一套，这是成功的，不能学西洋人在南洋那一套，二战之后，这些殖民地纷纷独立，最终还是落入了这些土着之手。
有了这些政策，米柱决定，以军事征服为主。
他的特战队在短暂的休息以后，又乘船返回了巴达维亚城郊，继续对该城进行封锁，这次同来的还有汤正的警卫师。
因为荷兰人的舰队被封锁在万丹湾，失去了制海权，警卫师在舰队的掩护，特战营的接应之下，堂而皇之在巴达维亚附近登陆，成立了前线司令部，南洋军主力，正式登陆爪哇岛。