徐敷奏对王业泰感激涕零，对王业泰接下来的动作自然全盘支持。而有了徐敷奏的支持，王业泰设立管理机构的举措再无任何阻碍。
经过仔细考虑之后，王业泰宣布在平辽总兵府下设立军械司、库大使、典农司、海务司、商务司等机构职位。
军械司顾名思义，负责全军一应军械维修管理制造事务。兵精粮足方能作战，军械司的作用不可谓不重要。王业泰任命陈玉阶为军械司主事，主管全军军械事宜。
陈玉阶原是工部军器局大使，正九品的文官，因得罪上司被发配到了旅顺军中听用，而徐敷奏陈有时等对陈玉阶这个犯官也并不重视，在这里陈玉阶过得一直不如意。王业泰知道陈玉阶的身份之后，派人把他找来聊过一次，发现陈玉阶对军械特别是火器方面的造诣很深，便决定把军械这一块交给他，旅顺城内工匠有一百多，这些工匠统归军械司管理，不仅负责军械打制维修，还要负责各种民用器具的制作。
库大使负责管理全军粮食以及各种物质的仓库，责任十分重大，经过慎重考虑之后，王业泰让心腹管事葛洪兼职库大使，负责管理全军一应物资。
典农司则负责农事，虽然旅顺所在的辽南半岛山地多平地少，但还是有些地方可以种植些粮食的。旅顺孤悬海外，粮食各种物质供应全靠朝廷，而要想发展壮大必须有自给自足的能力。辽南半岛现在荒无人烟，原有的土地全部荒芜，这些土地开垦一下还是能产些粮食弥补军需的。
而旅顺城中有好多老弱男丁和青壮妇女，这些人打仗不行，用以种田起码能够自己养活自己。经过考虑之后，王业泰便设立典农司，任命当过里长的常有田为主事，负责带领部分老弱进行耕种，现在已经进入春天，正好可以开垦播种，旅顺城外平地虽然不多，但全部开垦的话也有几千亩田地，一年至少能够产几千担粮食。王业泰已经下令军械司打制犁铧锄头各种农具，并派人往山东购买耕牛。
海务司顾名思义则和大海有关，旅顺三面都是大海，海中的各种资源丰富无比，海盐，海鱼，利用好的话光是大海养活数十万军民全无任何问题。毛文龙时的东江军如此困顿，就是身在宝山而不自知，不知道利用大海的缘故。
海务司的任务有两个，一是制盐，再就是打鱼。辽南海岸蜿蜒曲折，可以开辟出大量的盐田。当然，对现在的大明来说，最大的盐场还是在两淮，采用的却多是落后的煮盐工艺，所以盐民又称灶户。旅顺既然临海，为何不能制盐？采用晒盐法，只要开始挖好盐田，根本不需要太多人手，年产数十万斤海盐还是没有问题的。至于晒盐工艺，并不是多复杂，王业泰自然知道，而山东沿海也有好些盐场现在采用晒盐工艺。
海盐可以自己食用，多余的可以贩卖换取钱粮。而大海中除了盐以外，更是有着无穷无尽的鱼类资源。渤海是浅海，海中鱼类资源丰富无比，只要有人有船，光是打鱼养活旅顺这数千人便不成问题。
在王业泰的规划中，海务司将会是总兵府下辖最大一个部门，也是总兵府最重要的一个部门，而海务司主事的人选暂时由葛洪的副手，同样出身于新建伯府的王庆担任。王庆虽然才二十多岁，但却在伯爵府开设的商铺中当了近十年伙计并且已经出师，能写会算可塑性很强。其伯爵府家生子的身份，更让王业泰用着放心。
而商务司顾名思义负责经商事宜，负责和各地的商人联系，卖掉旅顺的特产，从各地换来各种旅顺急缺的物质。不过目前旅顺各项事务还未步上正规，也不需要什么贸易，所以商务司暂时还在筹划中，其主事赵直现在作为王庆的副手在海务司帮忙。
军械司、库大使、典农司、海务司、商务司这些民事部门设立以后，旅顺城管理部门的架子算是搭建了起来然后便是重中之重的军队设置了。
旅顺军队虽然有七千，却老弱病残都有，建制混乱无比。王业泰下令，从全军中挑选精锐组建战兵营。挑选的办法很简单，年龄在十八到三十五岁之间，身体强壮没有疾病，身高在五尺（一米六）以上。
经过挑选，七千军队中挑选出了四千五百人符合条件者，这些人全部编入战兵营，剩下的则为辅兵，划拨到各司从事各种生产事务。
四千五百战兵打散之后被编为三营，分别由周遇吉、张旭，徐敷奏统率，把总、总旗等中级军官则从王业泰家丁队中选派人手充任。
王业泰和周遇吉徐敷奏张旭等人商议后，制定了一套训练军队的办法，分练队列，练旗鼓，练武技，三合一循环训练。
练队列便是王业泰来自后世的军训知识，后世的人民军队新兵期训练办法。立定稍息齐步走左转右转这些看似没用，但对士兵的服从性配合性极为重要，只要能经过这种严格的队列训练，便能初步具备一支强军的素质。
然后便是练旗鼓，也就是让士兵听明白号令。古代的战斗，靠的是旗帜锣鼓进行指挥，将领的命令都是通过旗鼓这样的方式发布，士兵们只有识得旗鼓所代表的意思，在战场上方能做到配合娴熟如臂指使。
最后是练习武技，一个士兵自然需要具备杀敌的本事才行。长枪兵需要熟练使用长枪，火铳火炮兵需要熟练火铳火炮的装填发射。不管是哪个兵种，都必须经过长年累月的训练才能具备强悍的实力。
这四千五百战兵是专职作战的，他们会完全脱离生产专职训练一途，队列旗鼓武技三种训练以每样训练一个月，三个月为周期循环进行。
王业泰麾下暂设长枪兵、火铳兵、火炮兵和盾牌兵四个兵种。三个战兵营各有火铳兵三百，长枪兵五百，盾牌兵二百，兵种设施齐全。至于火炮兵则单独编制成营。
王业泰原本的家丁队两百人是火铳兵，在北京时又给北京军械局的工匠们下单制作了五百支火铳，再加上旅顺城内原有的火铳，加起来越有一千来支，能装备一千火铳手。当然这一千火铳手除了王业泰原先的两百火铳团家丁以外，其他八百火铳兵都是新手，需要进行长时间的训练才行。
一千火铳兵一营三百分配给三个营，还剩下一百老兵则作为王业泰亲卫。
王业泰家丁中有炮手二十余人，旅顺的东江军会使用火炮有也有二十多个，加起来有五十人。炮手少，拥有的火炮也少，除了王业泰带来的五门虎蹲炮外，剩下的只有一门佛郎机、几门碗口铳。王业泰仔细想过以后，拨出了三百人组建炮营，由原来的神机营把总杨小磊担任炮营都司。
王业泰已经给新任登莱巡抚孙元化写信，要求调拨一百门火炮来旅顺，据孙元化回信他已经上奏朝廷在登州铸炮。王业泰自己也想铸炮，但旅顺这里一穷二白，既没有煤铁资源，又没有铸炮人才，根本无法进行。
火炮短缺，长枪盾牌却是充足，经过编制之后，三营战兵除了盔甲不足以外，武器倒是齐全，王业泰便下令立刻进行练兵。