江东认为：“从古未闻假南兵扞北敌者。南兵之北，譬舟之陆也。”
原兵部尚书，现任吏部尚书杨博也认为燕、赵之地，士马强悍，渔阳战卒，自古称雄，东南民素柔脆，莫任远戍，任用朱载坖调南兵北上是违背常识的，戚继光虽然在东南打的不错，但是那是对于倭寇而言的，在大明朝臣的心目中，倭寇的战斗力是远远不如北虏的。
再说了，北方作战，马军为上，而南兵素不习弓马，怎么能够在北方作战呢？况且朱载坖希望将戚继光部的六千人从浙直调往蓟镇，千里跋涉，所费的钱粮不菲，虽然戚继光是朱载坖的心腹爱将，杨博等人也不希望将南兵北调。
对于杨博等人的意见，朱载坖并没有采纳，一方面杨博本来就不了解戚继光等人，二就是杨博的这个建议是包含私心的。现在九边的总兵等将官，多出自山西及宣大两镇，山西将门的影响力是很大的，九边所称名将，多是山西人，而朱载坖现在准备从南方调兵来，显然就会触动山西将门的利益，所以杨博肯定是不愿意的。
但是朱载坖显然并没有将杨博等人的话听进去，朱载坖下诏，调原浙直总兵官戚继光及麾下浙兵六千与蓟镇，充任提督蓟辽等处军务事兼蓟镇总兵，原宣府镇总兵、丰州伯马芳升任提督宣大山西等处军务事，原蓟镇总兵官李成梁调任宣府镇总兵官。
同时对于东南的防务，也作了调整，戚继光调走后，原浙直总兵官撤销，刘显任浙江总兵，汤克宽任南直隶总兵，俞大猷调任广东总兵，以应对在两广、福建日益猖獗的海盗。
对于朝中的非议，朱载坖予以了坚决的回应，朱载坖下诏称：太祖定鼎应天，削平天下，所用者淮泗之兵也，何言南兵不堪也！
在朱载坖的强硬推动下，戚继光部得以北上。除此之外，对于整个大明的边防，朱载坖也开始按照自己的思路进行整顿了，之前徐阶已经派遣御史清军，核实士卒人数，减少军费的浪费了，朱载坖还有进一步的整顿军务。
戎政莫急于马政，马匹是现在战事最重要的物资，没有战马，官军始终在战事中出于劣势，保障官军的战马是现在的当务之急。朱载坖决心从两个方面着手，首先是保障现有的战马，大量朝廷的战马从太仆寺拨给官军之后，官军饲养不善，或者根本没有足够的饲料饲养这些战马，导致战马死亡。朱载坖为此下令，统计各镇实有战马数量，照战马数量拨给豆料、马草，同时各级军官要是因为管理不善导致战马大量死亡的，都要受到严惩。
除此之外，就是马匹的收购了，大明原有的马户制度现在已经算是基本崩溃了，就算是马户交上来的马匹，也多是不堪乘骑的劣马，官军所需要的马匹，大多是够买而来的。
除了在辽东等处购买马匹之外，西南、西北的茶马贸易也是重头戏。尤其是河州，是大明获取西北优良战马的一个重要渠道，永乐年间，一年就可以河州卫各番马7714匹，上马每匹茶60斤，中马40斤，下马递减之，共给茶斤。
在茶马贸易兴盛的时候，甘青藏区河、洮、岷、西宁等地番族每三年应纳马匹，平均每年约4684匹，这个数字可算不少了，足够组建一支强大的骑兵，以供官军甘肃、延绥、宁夏三镇用了。
但是随着朝廷的财力不足，加之对于马政的不重视，通过茶马贸易来的战马数量逐年下降，到了嘉靖朝已经不足千匹了，这严重制约了三边官军的战力，宣德、正统以来，战争、灾异等造成民夫大量流失，运力严重不足，而官兵又以运粮为重。从四川、湖广向西北运输茶叶，交换战马被朝廷视为不急之务，边镇缺乏茶叶，自然就无法换取到足够的战马了。
杨一清就曾经上疏嘉靖称：“因边方多事，陕西军民转运军饷，无暇运茶， 腹里卫分官军又各调去甘凉宁夏等处征操，别无官军可调，茶马因是停止。”
朱载坖这次要将西北的茶马贸易重新振作起来，由内帑出银，雇用民夫和官军，向西北运输茶叶，换取战马。
除此之外，朱载坖也要加强太仆寺的养马，育种工作，这方面朱载坖将此事交给了驸马都尉李和，升他为中军都督府都督佥事，到辽东去收购辽东神骏，并且重建和恢复辽东的苑马寺，利用从女真等部购得的战马，在辽东繁育，朱载坖为此专门从内帑拨银十万两，以期能够振作大明的马政。
朱载坖还对马政做了规划，他命令李和，在辽东收购马匹的时候，要注意战马和驮马的良种，利用这些种马，繁育优良的战马和驮马，尤其是驮马，历来不为朝廷所重视，但是随着日后火器的普及，大量的重炮、辎重、弹药都需要驮马来牵引，没有优良的驮马，就没有强大的炮兵。
火器也是朱载坖的重视的方向，随着朱载坖的掌权，对于遵化铁厂、天津船厂、铸炮厂、宝源局等都加大了投入，在内官监少监陈矩的提督下，朱载坖加大对于这些工厂的投资，尤其是遵化铁厂和铸炮厂。
遵化铁厂之前熟铁和钢的产量不足，朱载坖这次专门拨款，扩建遵化铁厂，增加炼铁的大鉴炉，同时为了给遵化铁厂提供优良的焦炭，朱载坖还在直隶招募流民和工匠，在滦州开平兴建开平煤矿，在东南工匠的指导下，就地炼焦，将焦炭运往遵化，用以生铁、熟铁和钢的炼制。
有了优良的焦炭，才能够得到优质的钢铁，否则用煤炼铁，所得的生铁质地硬脆，不能作为火铳的铳管使用，而用焦炭炼制生铁和熟铁，所得的熟铁韧性好，才适合作为铳管的材料，朱载坖还下令内府工匠，主要是内官监兵仗局的工匠研究燧发装置，用于取代火绳。