张居正早就知道这些士绅们的套路，士绅们最擅长的就是利用士林清议给官员、朝廷施加压力，好达到自己的目的。
士绅们通过什么操纵士子们，就是书院。你当士绅们是做什么慈善啊，他们捐资助学，兴办书院都是有他们不可告人的目的的。当然，其中也不乏王守仁、湛若水、耿定向等人，他们创办书院的目的相对比较单纯，就是为了传播自己的学术思想。
但是士绅们的目的就不是那么单纯了，他们捐资助学，都是有目的的。第一就是通过捐资助学，资助一些有天赋的寒门子弟读书科举，可以提前与这些未来的官员们绑定，士绅们资助这些寒门子弟，就是施恩于他们，等到日后他们高中进士，步入官场，就已经与士绅们深度绑定了。
从人情上说，士绅们是这些寒门子弟的恩人，从这些寒门子弟来说，尽管他们高中进士，步入官场，但是官场势力盘根错节，岂是他们这些新科进士能够摆得平的，而这个时候这些士绅们就会再次对他们施以援手，士绅们在官场拥有庞大的关系，可以为这些新科进士们在官场上提供助力。
更有甚者，通过婚姻的方式与这些寒门子弟深度绑定，将他们纳入自己的家族中来，而受了士绅们这么多恩惠，他们也要对士绅们加以回报，在朝堂上为他们摇旗呐喊，为士绅们张目。
张居正很清楚这里面的关节，所以在张居正看来，这种书院就是祸乱的根源。
张居正在给朱载坖的奏疏中认为，本朝一天下尤以学校为先务，慎选举以崇教职，严条约以厉生徒。朝廷兴办了大量的学校，从社学一直到国子监，就是为了培养人才。
洪武元年，刚刚在应天府即位的太祖皇帝就颁布上谕：改天下山长为训导，田皆令入官，规定由官府办学。洪武朝新建书院有24所，永乐朝新建书院有11所，宣德朝新建书院有3所，全国总共也就三十多所新建的书院，官学大盛， 私学自然不振。
而从正统以来，法纪松弛，官学逐渐衰落，日削月骏，寝以倾圮，庭宇荒芜三十余年，不堪其敝陋，其中对于官靴冲击最大的就是捐纳制度，自从大明建立以来就有的监生制度，经过长期的发展，已经变成了一些官员买官、卖官，非法谋取私利的手段，严重阻碍了朝廷选拔人才和科举制度的顺利进行。
也使得官学根本不能为朝廷选拔人才。所以最开始是由朝廷对社学加以扩建兴办书院，但是这个口子一开，就给了士绅们机会，士绅借此机会大量的兴办书院，无论是数量还是学生人数都远远超过了官办的书院，所以张居正建议严厉整顿书院，将所有书院纳入官办，不允许私人办学。
对于私人书院，张居正认为应当严厉打击，凡是不奉明旨私自创建，令有司改毁，同时制定约束士子的规章，张居正在奏疏中称：毋及朝廷利害、边报差除，毋及官长贤否、政事得失，毋及各人家门私事与众人所作过失及词讼请托等事。
这样的话，让学校回归教书育人的本职，可以远离政治纷争，还书院一片净土。
张居正的奏疏到了朱载坖的案头之后，朱载坖是大为赞赏，认为张居正的奏疏极为合适，当即召集内阁和吏部尚书杨博、礼部尚书高仪，要求尽快将张居正的奏疏变成朝廷的法条实施。
对于张居正的奏疏，高拱等人是极为支持的，他们和张居正一样反感这些生员士子议论国事，甚至用所谓的士林清议干扰朝廷行政，但是徐阶和李春芳则是态度暧昧。
徐阶和李春芳很清楚，张居正对所谓的心学不感冒，甚至对于心学中的何心隐之辈极为鄙视，他们担心一旦朝廷将所有书院收归官办，会以朝廷的力量支持理学，打击心学，所以态度有些暧昧。
朱载坖当然知道徐阶和李春芳在犹豫什么，他对两位阁臣说道：“即便是官办书院，也可以讲学，但只不议论朝政，煽惑人心即可。”
此事有高拱、张居正和杨博的全力赞同，朱载坖也要力推此事，再加上朱载坖已经答应在官办书院中也可以传播心学，徐阶和李春芳也就答应下来，朱载坖随即下令礼部制定相关法令，而指令督师南京的张居正在将浙直等处的书院收归官办，从速办理。
张居正一直不见这些士子们，在无锡的严绍庭也就将华府围起来，和无锡县的士子们对峙，但是双方的矛盾是在不断地积累当中的。
终于，隆庆元年十二月二十一日，大寒，从京师来的急递送来了朱载坖的上谕，要求张居正将浙直等处书院收归官办，由学政加以管理，同时不准生员议论国事，这下无论是在督师行辕外想找张居正要个说法的士子们还是他们背后的士绅们都暴怒了。
没想到张居正和他们玩阴的，明里拖延时间，背地里却通过密疏向朱载坖请旨，给了东南士绅们后心一刀，将书院收归官办，严禁士子议论国事，这两条就是为东南的士绅们和士子们量身打造，就是为了收拾他们，张居正现在上谕在手，才不怕有人敢闹事呢。
随即张居正下令督师标营参将吴惟忠率兵进城，与南京守备恭顺侯吴继爵一道维持秩序，严防士子们作乱。吴继爵立刻指挥南京京营的官军加强文庙、督师行辕、孝陵的防护，孝陵卫也枕戈待旦，严防滋扰。
这些士子们一见张居正居然算到他们前面去了，将他们原本打算去的地方都提前派兵把守，不由得更加愤怒，大批士子们集中起来，准备冲击督师行辕，让张居正滚出东南。
张居正这个时候也不装了，既然你们要找死，也怪不得张某人心狠手辣了，张居正请出天子剑，令督师标营参将吴惟忠率兵将闹事的士子全部抓捕，送南京锦衣卫严审。