杨继盛这次改变了调查的方向，既然朱载坖是对冯恩的所谓四铁御史不满，那就就这个方向去查实就行了，其实这个也很好查，毕竟这是过去还没有多久，当时经历此事的人物还都在，很多事情都还是很清楚的。
其实冯恩这个四铁御史的形象是谁来塑造的呢？此事和王世贞有极大的关系，王世贞与冯恩家族的交情也很深厚，他与冯恩之孙、行可之子冯大受系好友，冯大受为了借助王世贞的名人身份炒红祖、父两人，他就邀请了王世贞为冯恩、冯行可撰写传记。王世贞是现在的文坛领袖，有王世贞为他扬名，冯恩的四铁御史形象当然就名扬四海了。
这些事情很容易就查清楚的，杨继盛将相关信息收集好之后，随即上奏朱载坖，请求圣裁。
而在胡宗宪和谭纶两人的威慑之下，苏松两府的清丈田亩和清退投献进展还是比较顺利的，以苏州府为例，洪武二十四年清丈田亩，苏州府田亩总数是770万亩，而到了弘治十年，苏州府的提低反而下降到了不足六百万亩，这是极为不符合规律的。
随着时间的推移，人口滋生，对于土地的开垦肯定是越来越多，而苏州府的土地却是越来越少，这显然不符合常规。不过田地减少了，更蹊跷的是人口也减少了，洪武二十四年昆山县有人口三十九万，而到了弘治十年，昆山县的人口反而下降到了十六万五千。
这种情况自然就会导致朝廷赋税的下降，洪武二十四年，苏州府秋粮是三百零五万六千五百石本色，而到了弘治十年，苏州府的税粮已经下降到了一百九十九万石，就这二百万石的税粮还经常被拖欠，这都不是人！
这一轮清丈田亩和清理投献之后，苏州府该税田额为八百三十万亩，秋粮本色应当为三百三十五万余石，松江府的情况的也和苏州府差不多，仅此一项，朝廷每年就增加赋税近三百万石，张居正的奏疏抵达京师之后，满朝哗然，虽然他们知道苏松士绅们隐没的土地数量是非常巨大的，但是没有想到这个数字如此之巨大。
数以百万土地没隐没，对于朝廷的损失有多大，这是不言而喻的，尤其是在先朝，南倭北虏，交相侵逼的情况下，朝廷左右支绌，穷搜百姓的时候，这些士绅们隐没占有的田产以百万亩计算的同时，还拖欠朝廷巨额的税粮，这让之前上疏朱载坖，称朱载坖在东南的举措是残害士绅的那帮科道言官们无地自容。
朱载坖心眼本来就不大，当即下令将之前凡是上疏劝阻朝廷清丈田亩的科道言官给予严惩，降职黜出科道，不得再担任言官，同时指令左都御史葛守礼会同吏部尚书杨博等人再次补选科道言官，着重从考绩优良的举人出身知县中选取科道言官。
隆庆元年本来就这样过去了，没想到，隆庆二年一开年，海瑞就给朱载坖上了一疏，搞得朱载坖有些措手不及，顺天海瑞上疏称，顺天等府的土地兼并情况同样严重，请求朱载坖依南直隶事，清丈顺天等直隶府县。
海瑞的想法当然是好的，但是直隶和南直隶的情况不一样，南直隶土地兼并多是士绅，而直隶的土地兼并，多是勋臣、宗室和权贵，要清理起来还真是有些难度。
但是海瑞既然已经上疏，朱载坖就不能置之不理，朱载坖将海瑞的奏疏下内阁及六部商议，内阁收到海瑞的奏疏之后也是极为头疼，从道理讲，确实应该清丈直隶的田亩，现在北方的流民日益增加，再不解决确实是大问题了。
但是北方的土地兼并又和南方的土地兼并行止有所不同，再北方大量侵占田产的，主要是朝廷的权贵和宗室亲王们，还有皇庄等皇室的资产，钦赐给公主、宦官、功臣、亲王的土地也是数量极为庞大的，这个清理起来，不得不极为慎重。
尤其是有关王庄，和宗禄问题有息息相关，这个问题极为敏感，一方面这些亲王们占有了极为庞大的田产，又不向朝廷纳税，另一方面就是底层宗室的生计艰难和宗禄的短缺，这个问题朱载坖也不得不慎重处理。
朱载坖将海瑞的奏疏下部议之后，如石沉大海，毫无回音，朱载坖还没有催促此事，海瑞就继续上疏，要求在北直隶清丈田亩，言辞比上一次等价激烈，朱载坖很清楚海瑞的性格，此事不给他一个说法，恐怕是很难善了的，况且不管是宗室问题还是流民问题，也都是必须要解决的问题。
朱载坖于是召集内阁，就海瑞的奏疏的问题商量起来，海瑞的奏疏所言，确实是正当的，清丈田亩，还田于民，才是防止出现流民的根本办法，朱载坖对于海瑞的请求是支持的，但是到底应该怎么操作，这才是个问题。
徐阶说道：“此张文忠（张璁）之故事也。”
徐阶认为，可以就按照张璁当年推行嘉靖新政时的措施来，当年张璁任首辅，查勘京畿勋戚庄田528处，计余顷，其中余顷分别还给业主等。撤回管庄军校，严定禁革事例，不许再侵占或投献民田，违者问罪充军，勋戚大臣亦参究定罪。
对于皇庄等事项，朱载坖也认为应当清理，将弘治以来的皇庄全部裁撤，还有就是寺院、道观的庄田也要严格清理，发还给百姓耕种。
高拱则是坚决支持海瑞，要求清丈田亩，高拱对朱载坖说道：“陛下，惟是近年以来，皇亲侯伯凭籍宠昵，奏讨无厌，而朝廷眷顾优隆赐予无节，其所赐地土所是受人投献，将民间产业夺而有之，宜加以清丈，使百姓有恒产。”
对于高拱的话，朱载坖当然是支持的，在北直隶清丈田亩，此事没什么说的，朱载坖想说的问题就是宗禄问题和亲王的庄田问题，这个问题不妥善解决，流民永远无法解决。