尤其是蜀王，他是最反对这次宗室改革的了，他认为就应该实行太祖朝的祖制，不能更易，当代蜀王朱宣圻甚至上疏朱载坖，认为朱载坖此举没有亲亲之仁，朱载坖当即大怒，既然你朱宣圻敢跳出来，那朱载坖就要收拾你。
其实朱载坖也能够理解蜀王反对实行宗室新政的原因，蜀王府人丁一直不多，又封在四川这个天府之国，日子是相对比较好过的，蜀王府只有亲王一位，在省内江等王六位，省外华阳王一位，镇、辅、奉国将军四十六位，中尉七十二位，郡县主君五十六位，庶人无，一共一百二十八人。
和晋王、代王等动辄数以千计甚至上万人的宗室相比，蜀王府的人口就很少了，所以蜀王府不存在宗禄问题，但是蜀王府的宗禄数量依然是不小的，按照四川布政使司的记录，蜀府岁支禄米一万石，内江、庆符、石泉、德阳、南川等府各禄米一千石，每郡主岁支实米五百石，每县主岁支实米四百石，成都广丰、广宁二仓岁拨收米二十六万七千八百九千余石。
而整个四川省的留存钱粮不过八十七万石，也就是说蜀王府的的宗禄就占据四川全省留存钱粮的三分之一了，还有规模浩大的蜀王府、郡王府以及陵寝，因为太祖皇帝曾经有言：蜀之为邦，在西南一隅，弟戎所瞻仰，非世丽无示威仪。所以历代蜀王在营建上都是不惜物力。
蜀王府北起东西御河，南到红照壁东至东华口，西达西华口，周长2500多米，面积38公顷多，其建筑可与北京故宫媲美。是天下王府中规模最宏大的，此外还有大量的庄田，可以收取租税，不仅有历代皇帝赐予还有他们奏讨的，更有通过各种方式巧取豪夺的。
最多的一次就是在靖难之后成祖削藩，蜀府请裁减二护卫时，那两个护卫的军屯的土地完全归了该府，因此蜀府拥有广大的田庄，还不要说普通百姓投献而来的土地，蜀王府肯定不愿意将自己的庄田交出来一换取宗禄，毕竟宗禄远远不及他们在土地上收的租子多。
现在朝廷要改革宗室，对于蜀王、靖江王等南方的王府而言，显然是使他们的利益受损了，所以蜀王不愿意进行改革也是正常的。
面对蜀王等人的阻挠，朱载坖的态度是异常坚决的，就是坚决收拾这些敢于跳出的藩王，朱载坖随即决定，调谭纶以兵部右侍郎、右副都御史巡抚四川，杨继盛升任南直隶巡抚，同时以黔国公、平蛮将军镇守云南总兵官沐昌祚移镇成都，兼任镇守四川总兵官，清丈蜀王府田亩。
你蜀王敢跳出来，朱载坖就敢收拾你，对于靖江王，朱载坖就更不可以，蜀王好歹是太祖亲自册封的亲王，朱载坖毕竟是要给些脸面的，而你靖江王算什么东西，不过是太祖的侄子罢了，虽然也是太祖亲封的王爵，但是靖江王本质上只是特殊一些的郡王罢了。
而且靖江王府人口之多, 盘剥民脂之巨, 地方财政负担之重，也是出了名了，靖江王府宗室两千余人，仅靠广西一省，实在是难以供给。
朱载坖直接通过上谕警告靖江王：勿蹈洪武九年之故事也！
朱载坖说的是洪武九年靖江王朱守谦,因\"淫虐于市\"激起\"粤人怨咨\"而被削爵，朱载坖这是在提醒靖江王，不要跳的太高，否则就废了你，现在大明的藩王，虽然在经济上极为富有，但是在政治上和军事上是没有任何权力的，经过武宗朝宁王和安化王两场叛乱，大明对于这些藩王们更加严厉的管束，他们根本没有能力造反作乱。
朱载坖也不怕他们造反，造反正好废一个亲王，可以为朝廷节省多少钱粮啊。
经过礼部的拟定，内阁审阅之后，隆庆二年的宗藩则例正式发布，相比与之前的宗藩则例，隆庆二年的宗藩则例简直是天翻地覆的变化，首先就是将军、中尉等都可以自谋生计，不再受各种禁令的约束，而且亲王、郡王也不再是可以世世代代承袭的，除了太祖亲封的诸位亲王和靖江王之外，其余的亲王们出了五服之后就要降等承袭。
也就是说，非太祖册封的亲王，可以承袭五代，五代之后就要降等承袭，一直到奉国中尉，而且现在朝廷对于中尉是没有宗禄可言的，仅仅只是个名头罢了，但是对于将军、中尉的各种限制也不复存在了，他们可以四处走动，从事各种职业，也可以参加科举考试，而且为了照顾这个宗室。
朝廷不仅在各地开设宗学，而且为了照顾这些宗人，朱载坖和礼部商议之后，命令各省按照宗室人口数量，自隆庆二年起的十五年内，每年增加专门的宗人秀才额度，由各省学政用于录取宗人，宗人只要考上秀才，就自动成为禀膳生员，每年都可以领取禀饩，相当于奖学金，算是朝廷对他们的支持。
同时朱载坖在隆庆二年的宗藩条例中规定将宗禄的发放纳入地方官的考成中，若是地方官员无法完成宗禄的发放，自巡抚以下全部要受到处罚，若是地方实在是无力支付宗禄时，应当及时告知朝廷，由太仓和内承运库给宗藩足额发放。
在新的宗藩则例颁布之后，朱载坖随即宣布清丈宗藩田亩，第一步是首先令各藩王自查，将自己侵占或者接受投献的田地退还原主，原主已经无法找到的，没入官田，朝廷会派遣官员逐省核查。
同时朱载坖宣布，自成化二十三年以来设立的皇庄，全部予以清退，还田于民，用于安置流民，同时指令顺天巡抚海瑞办理皇庄清退事宜兼清丈直隶田亩。
朱载坖主动将弘治、正德、嘉靖三朝的皇庄全部清退，也显示了自己这次清丈田亩的决心。用实际行动支持海瑞的清丈田亩。