皇帝南巡，可不是一件小事，要安排大量的护卫官军，随扈的大臣，沿途的保障，供给都是一个巨大的数字，肯定是要提前准备的。
现在朱载坖也不用伪装了，明牌自己要南巡的事情，当初自己老爹嘉靖不也南巡承天府了，自己这个做儿子的南巡南京有什么不行。
何况南京还是大明的留都，太祖皇帝陵寝之所在，朱载坖作为皇帝怎么能够不去祭拜孝陵呢？朱载坖作为大孝子肯定是要祭拜孝陵的，所以隆庆二年十月，朱载坖正式要求翰林院草拟诏书，准备南巡。
没想到此举招致了翰林院的反对，首先就是礼部左侍郎、翰林学士掌院事殷士儋反对朱载坖南巡，面对自己的老师，朱载坖只得亲自召见殷士儋，希望说服自己这位老师。
殷士儋不同意朱载坖去南京，还是担心朱载坖的安全，往返京师南京数千里的路程，路上可能会出现什么都不好说，还不要说水土不服等各种意外风险，这些都是不可测的，殷士儋认为东南有张居正足够应对局面了，朱载坖再去南京，意义不大。
但是朱载坖执意要去南京，他对于朝廷新政在东南推行的情况始终是不放心的，担心有所反复，还有新政是否有弊端，是否有残民、害民之处，这些事情朱载坖倒现在还不知道，朱载坖很清楚，张居正等人肯定是报喜不报忧，而朝堂上的臣子们只要看到新政给朝廷带来了巨大的赋税收入就好了，但是其中的利弊到底如何，朱载坖必须到东南实地看看。
殷士儋见无法劝说朱载坖，只得领命，朱载坖对殷士儋说道：“先生之忠，朕一日不敢往，太子在京师，先生还要多看顾一点！”
殷士儋赶紧说道：“陛下言重了，此臣分内之事也，臣敢不竭忠尽智！”
朱载坖笑笑，令殷士儋回去督促翰林院起草诏书，准备昭告天下。
殷士儋走后，朱载坖下达上谕，礼部左侍郎兼翰林学士掌院事殷士儋，加东阁大学士，入阁预机务。同时召集内阁和六部商量南巡的事情，虽然大臣们极不赞成朱载坖南巡，但是圣意已决，他们也只得同意。
南巡最主要的问题就是人员和钱粮，朱载坖不是一个人几个人出巡，随驾的文武官员，护驾的官军士卒，数以万计，需要大量的补给物资，这些东西的调集和运输都需要时间，尤其是数万大军的人吃马嚼，在长达数月的时间里就是数十万石的军粮。
朱载坖命令从东南府县所缴纳的本色中拨出六十万石，于南巡路上分批囤积，以供随驾大军支用，尽可能的避免滋扰地方，加重百姓的负担。
同时为了尽可能的减少耗费，朱载坖肯定是选择通过水路抵达南京，这样也舒适一些，同时也避免沿途建造、征用行宫，太过于劳民伤财，朱载坖还特地下旨，自己沿途驻跸之所，不许新建行宫，只暂时征用房舍数日即可，还要照价给付租金。
接下来就是时间的随行人员了，因为要走水路，所以肯定是在运河化冻之后，而且朱载坖也要等到武举之后，最早也是四月份才行了。这样地方州县和南京也有充分的时间准备。
接下来就是随行人员了，主要是随扈大臣和护卫官军，朱载坖的意思是马芳统帅的六千精骑加上新组建的亲军四卫，总兵力已经高达二万七千人了，再加上锦衣卫、御马监、勋卫等禁兵、宿卫，总人数肯定超过三万人了，朱载坖可以借机锻炼一下亲军四卫的战斗力。
但是杨博等人坚决反对朱载坖的方案，原因很简单，马芳部是外兵，从未担任过随扈护驾的任务，而且马芳部中有蒙古人，杨博认为马芳部中不一定完全可靠，亲军四卫就是新组建的新兵，来源复杂，将朱载坖的安全交付给他们实在是不放心，还是要从京营和御马监禁兵中选择忠诚可靠的士卒军官，承担护驾的重任。
经过一番讨价还价，朱载坖和内阁、六部商议，从马芳部中挑选三千可靠的精锐士卒，效仿戚继光的模式互相具保，充作护卫官军，然后调御马监勇士营精骑归马芳指挥，组成护驾骑兵。
新组建的亲军四卫，只调府军前卫参加随扈，剩余的护驾官军，从京营和御马监四卫营中挑选，同时委任公侯伯担任护卫诸营指挥，以英国公张溶提督护卫官军总兵官，丰州伯马芳为护卫官军副总兵，遣成国公朱希忠为前锋总兵，率军在为圣驾开路，定西侯蒋佑为左哨总兵，宁阳侯陈维藩为右掖总兵，武定侯郭大诚为后卫总兵，临淮侯世子李言恭统帅御前精骑，英国公世子张元功、定国公世子徐文壁管带勋卫。
锦衣卫指挥使掌北镇抚司事陆绎随驾护卫，管带红盔、明军、大汉将军及锦衣亲军。
处理完了这些护卫官军的事情，就是随扈的重臣们了，首辅李春芳自然是要留守京师，处理日常政务的，经过商量，内阁李春芳、郭朴、殷士儋三人留守，高拱、陈以勤两位随驾，六部尚书中吏部尚书杨博和户部尚书马森随驾，其余各部派出侍郎一人随驾，都察院右都御史李开先随驾，翰林院朱载坖钦点了王锡爵、申时行、许国三人随驾。
同时朱载坖还委任总督京营戎政临淮侯李庭竹守备京师，与协理京营戎政兵部左侍郎汪道昆一道掌握京营，定国公徐延德为中军都督府左都督佥书中军都督府，在朱载坖巡幸时，日常事务由首辅李春芳与留守的内阁成员会商决定，辅佐太子朱翊釴监国。
锦衣卫指挥使朱希孝留守京师，宿卫宫禁，御马监掌印兼提督东厂冯保掌握剩余的御马监禁兵，兵符由皇后和皇太子掌握，同时练兵总理大臣兼提督蓟辽军务总兵官戚继光也要加强戒备，派出精骑与圣驾保持联系，除朱载坖手诏中旨之外，概不得受。