除了在辽东设立布按二司和府州县衙门之外，朱载坖还调整了蓟镇和辽东镇的防区建制。
对于辽东镇来说，现在是大明爆发战事可能性最高的地区了，同时面对土蛮和女真的威胁，辽东镇的边防压力无疑是最为沉重的，而且随着王台的老迈，对于女真人的约束力恐怕会越来越低，朱载坖认为，对于朵颜三卫和土蛮，恐怕大明又要准备对土蛮用兵了。
不过这些都是后话了，在经过与提督蓟辽军务戚继光、蓟辽总督兵部尚书汪道昆等人商议之后，朱载坖决定调整了蓟镇与辽东镇的防区，将原属辽东镇的山海关划给蓟镇，而原驻防于此的山海关参将率本部兵马成为辽东镇机兵，同时将辽东总兵从广宁中卫移驻定辽中卫。
吏部很快选出了辽东布按二司和府州县的官员名单，经朱载坖圣裁之后下旨，同时由于辽东布政使司是新设的布政使司，所需要的吏员也参加考选，同时考虑到辽东苦寒，凡是愿意去辽东的，直接授予流外一等吏员，提升辽东吏员的待遇。
而直隶、山东等州府在经过统计之后，也向朱载坖上报了自己辖区内的流民数量，据北直隶上报，直隶诸州县，流民在十万之数，山东要稍微少一些，也有八万之数，在京师也有不少的流民。
于是朱载坖向河南、山东、直隶派出御史，招抚流民，准备正式开始移民。
朱载坖和内阁辅臣、六部堂官，还有辽东的方面之臣，经过商量之后认为，主要还是以大连府为中点，因为辽东半岛上气候温和，是整个辽东最湿润温暖的地方，对于这些的百姓来说相对好适应一些，同时也更加安全，朱载坖在和户部商议之后。
由于今年已经太晚，现在迁移百姓，这些百姓们就会面临辽东的寒冬，这是极为不利的，最好还是等到明年开春之后再动身相对比较合适。
同时朱载坖从内承运库拨银，与太仓一道给辽东的官府和辽东镇，命令辽东镇的官军士卒在今年修建房舍，为这些百姓提供起码的遮身之所，遵化铁厂也要准备相应的农具。
而衣物棉花之内，朱载坖尽管到处搜罗，布匹倒是能够给百姓支给一匹，但是棉花现在确实是不足，在朱载坖动用内库的储存并请在松江的徐阶帮忙之后，勉强能够保证每人二十两棉花。
还要支给百姓一年的口粮和种子，在种子方面，朱载坖主要是令户部准备的玉米和大豆、高粱等作物的种子，辽东现在还不适宜种植稻麦等粮食，但是种植玉米、大豆、高粱却是十分适合的，这些作物不但可以作为粮食，也可以战马的饲料，大豆还可以榨油、做豆腐，有很大的用处，而且他们都是比较耐寒的作物，能够在辽东生存的。
除了这些之外，朱载坖给愿意去辽东的百姓银一两，钱一贯，作为他们的启动资金，同时命令向辽东加大海运粮秣的力度，朝廷要做好多养这些百姓一年的准备，毕竟有备无患了。
愿意去辽东的百姓，成年男子给田五十亩，成年女子给三十亩，孩童给十五亩，同时举家迁移的，再多给布一匹。
朱载坖很清楚，百姓都是安土重迁，对于大明的百姓就更是如此了，这些愿意迁移到辽东去的，大多是真的在本地活不下去的流民，他们没有任何的家底，需要朝廷的帮助，其实可以算是朝廷的投资，一旦他们在开垦成功，就会为大明提供更多的赋税。
尤其是他们缴纳的粮食，可以支应整个辽东镇的军事行动，所节省的钱粮是十分庞大的，对于朱载坖来说，是稳赚不赔的生意。日后他可以利用辽东出产的粮食，辽东地下的煤炭、铁矿支撑他的大军征讨土蛮、女真，乃至于倭国，所以现在的投入朱载坖认为是接受的。
在朱载坖安排好了这些事情之后，礼部尚书高仪向朱载坖上奏，称经过礼部确认，这次红夷所遣使者，确系由其国王所派，并非冒名之辈，红夷国王向朱载坖进献了望远镜、火铳、火炮、战船模型等礼物。
请求和大明通商贸易，建立正式的外交关系，并允许他们的传教士在大明传教、设立教堂等。他们同时请求向朱载坖递交正式的国书。
对于他们的请求，朱载坖决定答应，正式在皇极殿召见红夷使节。现在这帮红夷使节，没有后来那么脑子不灵光，他们深谙入乡随俗的道理，对于礼部教授了行跪拜礼等并没有什么排斥。
为了显示大明国威，朱载坖下令辅臣、六部九卿和在京四品以上官员俱朝服上殿，同时命令京卫都指挥使陆绎和锦衣亲军都指挥使朱希孝严整军容，以壮国威。
在礼部官员的引导之下，红夷使者进入大殿，向着朱载坖行礼之后，递交国书。朱载坖翻阅了国书之后，对他们说道：“尔等所请，朕会召集重臣商议的，尔等还有什么要陈奏的吗？”
红夷使团中的翻译，传教士罗明坚说道：“大明皇帝陛下，我等请求皇帝陛下向天主打开国门，天主必会对皇帝陛下有所报答的。”
一听有所报答，朱载坖就来劲了，朱载坖这人就是这么不利不起早，鸡蛋一送,信仰启动,鸡蛋一停,信仰归零，这就是朱载坖对于什么天主的态度。
朱载坖问道：“朕富有四海，万方奉养，尔等偏居一隅，能有什么报答？”
对于他们所说的报答，在场的臣子也认为不太现实，这些蛮夷固然是有些奇技淫巧，但是朱载坖和群臣们都不认为他们能够可以拿出什么使得朱载坖心动的东西来，毕竟朱载坖好歹是大明的皇帝，什么没见过。
罗明坚向朱载坖介绍了他们此行带来的各色礼物，对于这些东西，朱载坖兴致缺缺，虽然这些军器、战舰模型很精巧，但是大明并非不能制造，所以朱载坖并不感兴趣。