自从大明开放海禁之后，无论是朝廷还是民间，对于船只的需求都是极大的，朝廷不仅需要大量的战船，也需要大量的运输船转运各种物资，民间的各种需求也是极为庞大的，百姓需要大量的船只用于贸易，大明之前对于民间造船的禁令已经过时了。
之前大明为了厉行海禁，禁止建造远洋船只，禁止保留超过两根以上桅杆的帆船。违者就要处以极刑，对于现在的大明来说，这显然已经不合适了。
大明现在要发展造船业，而不是限制造船业，故而朱载坖颁布诏书，解禁民间造船，只要向地方官府和当地的水师总兵报备之后，按照船只的大小向朝廷缴纳税银后，就可以在大明的各个港口航行了。
户部经过核算之后，决定以吨位收取税银，一料一两白银，只要向朝廷缴纳税银，就可以领取执照，在大明航行，没有执照的，一旦被大明各巡检司、海关缉私水师拿获，船只没官，首犯徒三年。
而水师各镇、缉私水师，按年拟定所缺少的船只，由朝廷统一安排制造，然后拨付各部使用。朱载坖还逼着户部出银，命令天津造船厂制造七艘两千料西洋战舰，分配给水师各镇，充作水师总兵的旗舰之用。
除了这些之外，朱载坖还调整了沿海的军事长官名号，和九边的提督对应，沿海地区也一样设立提督军务总兵官，但是名号和九边有所不同。
由北到南分别是提督南直隶、山东等处水陆军务事总兵官、提督闽浙水陆军务事总兵官和提督两广水陆军务事总兵官。
其中提督南直隶、山东等处水陆军务事总兵官下辖南直隶总兵、南直隶水师总兵、山东水师总兵三镇。
提督闽浙水陆军务事总兵官下辖福建总兵、浙江总兵、福建水师总兵、浙江水师总兵四镇。
提督两广水陆军务事总兵官下辖广东总兵、广西总兵、广东水师总兵、广西水师总兵。
随后朱载坖下达诏书，任命俞大猷为提督两广水陆军务事，加平蛮前锋将军，汤克宽为提督闽浙水陆军务事，加靖海将军，刘显为提督南直隶等处水陆军务事，加平海将军。
同时升原巡抚福建都御史涂泽民为闽浙总督，朱载坖交给涂泽民一个重任，就是经略夷洲，也就是台湾，之前因为海禁，撤销澎湖巡检司，并且将台湾的居民迁回大陆，嘉靖四十二年，考量沿海治安等因素，复设澎湖巡检司。
朱载坖认为夷洲孤悬海外，若大明不加以控制，恐怕外夷、倭寇就会控制，且夷洲为福建之屏障，岂可无备？朱载坖要求涂泽民督率官军，护送愿意移民到夷洲的百姓前往夷洲，福建总兵、福建水师总兵都要在夷洲专设一镇，加强朝廷对于夷洲的控制。
福建土地稀少，朱载坖特地下旨，愿意去福建开垦土地的百姓，给银五两，农具、种粮五石，十年起科，也就是免征田赋十年，用以刺激百姓前往夷洲开垦土地，同时对于夷洲当地的土着，愿意成为大明百姓的要给予优待，不愿的坚决予以打击。
朱载坖对于夷洲是很看重的，宁愿倒贴都要将夷洲牢牢的控制住，面对很多臣子的不解，朱载坖强硬的要求涂泽民加以执行，一定要把夷洲牢牢的控制在手中，绝对不容丢失。
同时朱载坖还要求大明水师除了日常的训练和出海巡逻之外，还还要尽可能的开展远洋航行，熟悉航路，同时悬赏民间，能够为官军提供可靠的海图的商人，可以获得从一千两到五千两的赏赐，以及冠带等荣誉称号。
同时朱载坖还命令水师和大明的这个属国要加强联系，现在主要是朝鲜、琉球等较近的国家，日后要向探明倭国的航路，还有去往南洋的航路，朱载坖要晓谕两广提督俞大猷，除了剿灭广西的韦银豹之乱外，还要时刻对西夷保持警惕。
总的来说，隆庆五年算是很平稳的过去了，财政实现了盈余，太仓的存银第一次长期保持有一百万两的储积，马森这个户部尚书终于算是能够过一个好年了。
朱载坖同时准备和内阁以及重臣们商量官员俸禄的问题，朱载坖认为，大明官员的俸禄确实有些过于低了，大明官府的法定俸禄之薄，确实是历代罕有的，内阁大学士的官俸，还不能达到五代北汉宰辅的一半，与唐代相较，更是相差甚远。内阁大学士的官俸尚且如此之薄，至于那些下层官员的俸薪就更显低薄。据吕坤《呻吟语》记载，仓官每月的俸粮，只有1石；驿丞的俸银，一年也只有7两银子。
但是大明官员的生活，却并不会因此贫困，因为他们的非法收入实在是太多了，州县官员有陋规常例，京官有冰敬、碳敬，这些其实都已经算是比较明白的潜规则收入了。
至于其他的贪赃枉法之事，那就是更加平常了，现在的大明，只收各种常例、陋规的官员，那就已经算是清官了，官员们疯狂地营私舞弊，大肆贪污受贿，利用权力捞取银子，败坏社会风气，激化官民矛盾，甚至激起民变。与此同时，清官则凤毛麟角，而且往往因为不识时务而穷困潦倒， 成为其他官员的笑柄和被孤立的异类，甚至劣币驱良币，为贪污腐败的潮流所淘汰，虽然朝廷也表彰清官，但是对于官员们来说，根本无济于事。
所以朱载坖认为，一方面要提高官员的俸禄，另一方面要严厉的整饬吏治，对于贪官污吏决不留情。
朱载坖将自己的想法告知阁臣们之后，得到了高拱等人的支持，高拱早就想整饬吏治了，现在朱载坖主动提起，高拱自然是极为赞成的。
但是李春芳则是有些忧虑，毕竟朝廷的财政状况，才刚刚开始好转，这个时候就大幅度增加官俸，有些不太合适，而且官俸是太祖皇帝钦定的，朱载坖作为子孙后代，随意变动，在舆论上也说不过去。