王锡爵的奏疏可谓是极为尖刻的，王锡爵认为现在的科道既没有监察户部的想法，更没有监察户部的能力，他们只会侈谈国家，而不能解决实际问题。
所以说，总结王锡爵的奏疏，就是户部的司官吏员不是东西，吏部的堂官们有意因循苟且，户科和都察院御史们是无能且无为，总之就是四个字，大明要完。
朱载坖听完了之后，笑着说道：“王锡爵此本，甚有意思，下内阁，令各官上疏自辩。”
王锡爵的奏疏直接在朝堂引起了轩然大波，涉事的官员们自然是纷纷上疏自辩，户部尚书马森直接上疏请辞，尽管朱载坖再三挽留， 但是马森去意已决，不愿再担任户部尚书，马森认为自己确实是年事已高，没有精力再处理户部这么繁杂的事情，请求朱载坖另选贤能。
对于王锡爵的奏疏，马森则是认为切中时弊，确实将户部现在存在的问题给说明白了，但是这些事情并不是一时半会就能形成，很多东西都是年深日久就形成的。
就如同部、科之间的关系，并非是一开始就是这样的，在大明刚刚建国的时候，六部的地位是极高的，但是随着时间的推移，科权越来越重，部权越来越轻，在强势的科道官面前，不仅仅是户部，六部几乎毫无立场。对于六科对以六部为首的内外诸司章奏的稽查、注销流于形式的原因，马森的看法和王锡爵是一样的，因为许多意见建议本就是给事中提出来的，六科又怎么去否决自己的建议呢？
哪怕明明是馊主意，六科都会按着六部的头将之执行下去。对于这种情况，并非一时一世而形成的，而是长久以来的形成的，想要纠正，也不是一时半会就能行的。
马森认为王锡爵的奏疏很有见地，一语道破了现在六科和六部的关系，虽然自己无法再为朱载坖效力了，但是希望朱载坖能够采纳王锡爵的相关建议，制定合理的办法，规范科权与部权。
朱载坖在收到马森的请辞奏疏之后，赶紧下旨挽留，但是马森还是坚持上疏求去，朱载坖于是召见马森，请这位老臣到文华殿面谈。
马森到了之后，朱载坖说道：“大司农，眼下国事方殷，卿岂可遽离？”
马森笑着说道：“陛下，老臣才具不足，实难胜任大司农之职，还请陛下另择贤能。”
朱载坖说道：“难道是因为王锡爵的奏疏？”
马森摇摇头说道：“陛下言重了，老臣早有去意，与王太仓无关也。”朱载坖向马森询问他对于科权、部权的看法。马森并没有正面回答朱载坖，而是讲了一些嘉靖年间的旧事。
马森说当年严嵩当首辅的时候，曾经向嘉靖上疏称：“言官论事皆无深虑，偶有臆见，任意陈奏。该部不 审可否，畏奉言官，一概题覆准行。”
而嘉靖的御批也很有意思，嘉靖御批道：“天下大政属之六部， 言官意见或有异同，部臣当执可否以为行止。尔等何每事辄与题覆，以致方行遽改，甚非政体。”
这君臣两位对于言官都不是很买账，严嵩自不待言，和言官几乎是势成水火，嘉靖也一向不待见他们。
朱载坖听完之后若有所思，说道：“严阁老之为政，亦与一般辅臣不同也。”
马森说道：“是与华亭（徐阶）、兴华（李春芳）不同也。”
朱载坖屏退一切闲杂人等，请马森明言，马森也就直言不讳的说道：“王太仓还是太年轻了，只知其一不知其二也。”
马森认为，现在的科权，其实并非科权，而是阁权的延伸罢了，六科凭什么能够压制六部，就是因为内阁支持六科，打击部权，六科的所谓科权，其实都是内阁的意志。
现在对于首辅大人们来说，最重要的就是控制科道，徐阶、李春芳为什么能够坐稳首辅的椅子，除了简在帝心之外，更重要的就是对于科道的把持，科道现在成了内阁的打手，所以从内阁的角度来说，科道的权力增加就是内阁的权力增加。
因为从本质上来说，科道和内阁一样，都是没有任何行政权力的，大明朝廷的行政权力都在六部手上，科道是监察，内阁只不过是皇帝的幕僚机关罢了，但是随着时间的变化，内阁权力的上升，使得阁部之争越来越激化，阁部之争爆发之后，内阁的办法就是用科道来制衡六部。
六科管住了六部，而内阁管住了六科，所以本质上不是六科的权力扩大，而是内阁的权力扩大，在嘉靖、严嵩时代，他们二位本就是极为强势的主，六科自然不在他们的眼中，他们要亲自掌握权力，而不是用其他人。
而轮到徐阶就不是这样了，徐阶能上位，清流言官就是出了大力的，所以徐阶对于言官是极为优容的，言官们也甘心为徐阁老当打手，李春芳也在言官队伍中有大量的拥趸，所以他们二位很大程度上就是用言官在治国。
马森极为忧虑的认为，祖宗设立六科，是为天子耳目，本是皇帝身边的近侍机构，应该是皇权的延伸，现在却成为了阁权的延伸，这才是最令人忧虑的。
所以马森想请朱载坖大振乾纲，以自己请辞为契机，恢复旧制，彻底整顿六科，使六科回到皇权延伸的合理位置上来。
对于这位老臣的看法，朱载坖说道：“卿也不必如此啊！”
马森说道：“陛下，事有取舍，方可为政，今陛下舍老朽一微末之臣，而为大明建百代之政，孰轻孰重，岂用臣言！”
朱载坖想了半天，才说道：“卿尚有何愿，朕可为卿处之。”
马森笑着说道：“陛下，老臣生归故里，乡音无改，已是侥天之幸了，尚复敢有他言。”
马森离开之后，朱载坖下旨，准允户部尚书马森致仕，加马森少师兼太子太师，赐双俸、驰驿，荫一孙国子监生，遣锦衣卫护送回乡。