现在的情况就是，有关藩属、朝贡的相关事务，分散在朝廷的各个衙门中，对于处理藩属事务是极为不利的，就以对于藩属的赏赐为例，就需要主客司与户部、内府等其他机构一起办理才行。
户部与内府是给赐物品的颁发机构，主客司是给赐的执行机构。在这些机构合作顺利的时候尚且无事，一旦大明的这些官僚机构扯起皮来，那就是旷日持久了，这种情况并不是没有出现过，所以朱载坖认为，要在朝廷专门设立一个部院机构，负责管理这些藩属事务。
对于朱载坖的意思，礼部表示反对，礼部反对的原因很简单，就是认为这样对侵夺礼部的权力，在礼部看来，一旦按照朱载坖的想法，设立专司负责管理藩属事务，那就等于实际剥夺了礼部管理外交的权力。
但是朱载坖认为并非如此，外交是外交，藩属是藩属，两码事情，礼部仍旧负责外交事务，但是将藩属的管理单独设立一个机构，朱载坖连名字都想好了，就叫理藩院，专门负责对这些藩属的管理。
就像朝鲜人自己说的，能做大明的狗就是最大的荣幸啊，不像有的狗跑来跑去都不知道他的主人是谁。既然是有主的狗，就得拴上链子，要不然万一被人家给当野狗打了怎么说理去。
朱载坖认为，管理藩属，事关重大，理藩院的品级也不能太低，与六部都察院一样为正二品衙门，关键的就是理藩院的执掌问题，主要是理藩院和礼部的职权区分问题。
朱载坖召集阁部重臣商量此事，礼部尚书赵贞吉对此是有些不满的，虽然朱载坖已经下达决心要设立理藩院了，但是赵贞吉还是认为可以争取一下，将理藩院变成礼部的一个下属机构，赵贞吉认为，理藩院所执掌的，本来就是之前礼部主客司的部分职能，即便是成立了理藩院，理藩院的很多事务也是和礼部分不开的。
这点倒是获得了朱载坖的部分赞同，理藩院和礼部确实是有密不可分的关系，但是朱载坖和赵贞吉的想法并不一样，朱载坖的意思是逐渐将礼部的外交职能向理藩院转移，最终将理藩院变成专门的外事衙门，所以朱载坖说道：“大宗伯的话确实是有些道理，理藩院和礼部，在很多事务上是有重合之处，两个衙门很多时候是要协同办公的，但是事涉藩属，还是要重其体例以示朝廷之重视。”
朱载坖认为，理藩院的长官以礼部尚书衔掌院事，同时和其他六部一样，下设两位侍郎协助掌院处理政务，其下是各司，负责处理具体政务，这才是重点，涉及到理藩院的具体执掌。
首先就是从其他衙门划转理藩院的部门，原属礼部的会同馆、还有主客司的部分人员、鸿胪寺等都要转隶理藩院，除此之外，就是理藩院本衙下设的各司，经过朱载坖和重臣们商量，理藩院下设稽勋司、宾客司、柔远司、理刑司，稽勋司负责颁授印信，管理这些藩属的王位、服色等。
宾客司负责接待藩属的使者的，柔远司负责制定对这些藩属的赏赐，理刑司负责处理这些藩属对大明不恭顺或者说背叛大明等行为。
除此之外，朱载坖还下令在理藩院下设同文馆，负责负责翻译人才的培养，同时管理国书、诏书和藩属奏疏的翻译。
其中最重要的就是理刑司了，对于藩属的各种违制、违法行为，都要由理刑司郎中召集理刑司官员们会商之后，根据情节的轻重，上呈掌院，情节较轻的，直接由理藩院报请皇帝之后处分，可以予以申斥、暂停朝贡、减少贡使、加征关税等惩处措施。
而如果说事涉谋反、谋逆、谋叛等情节严重的不法事，甚至是需要用兵征讨的，那就要由理藩院掌院尚书和礼部尚书一起具折上奏，在经内阁召集兵部等衙门，会商之后，上呈皇帝惩处。
现在关键的就是谁来担任这个礼部尚书掌理藩院事了，赵贞吉、高拱推荐的是南京刑部左侍郎洪朝选，洪朝选是嘉靖二十年进士，在现在的官场也算是老资格了，历任户部主事、郎中，吏部郎中，四川按察副使，广西右参政，山西左参政，太仆寺少卿，都察院右佥都御史、右到都御史，刑部右侍郎、南京刑部左侍郎，履历丰富，洪朝选的官声很好，生平有学行政事之称，居官清廉，以名节自砥砺，致身卿贰，而家贫如故。
而杨博则是举荐原广西兵备佥事茅坤为理藩院尚书，茅坤的资历比之洪朝选要深厚一些，是嘉靖十七年进士，而且茅坤曾经是胡宗宪幕府中的核心成员，精通军务，也处理过这些藩属蛮夷之事，态度强硬，是处理这些藩属的合适人选，但是茅坤原任官职太低，即便是起复，也没有直接起复礼部尚书的道理，这是很多人反对的原因。
但是朱载坖认为，朝廷选官，首先考虑的是能否胜任，而不是资历是否合适，朱载坖于是决定，起复茅坤为吏部左侍郎兼理藩院左侍郎，署院事，赵贞吉以礼部尚书兼掌院事。
处理了此事之后，朱载坖和臣子们开始讨论朝鲜的事情，朱载坖已经派人对于朝鲜予以申斥了，但是朝廷的大军巡边还需要些时候，朝鲜也上疏辩解了。
朱载坖将朝鲜的上疏给诸位重臣们看，朝鲜主要是解释朝鲜军队跨过鸭绿江的事情，朝鲜人认为是女真人挑衅在先，朝鲜军队奋起反击，只是由于主将立功心切所以才导致越江征讨，希望大明予以原谅，而对于大明所指责的和倭国往来的事情，朝鲜人矢口否认，声称断无此事。
朱载坖说道：“朕看朝鲜，是不知道天威为何物了！”
朝鲜的这种辩解显然不能令朱载坖满意，尤其是跨过鸭绿江这种人，朝鲜必须要给大明一个交代。