对于朝廷官制，朱载坖主要是分为地方和中央两部分，对于地方的官职调整又分为官员和吏员，对于吏员的调整主要是针对吏员数量的调整，朱载坖和户部、吏部等商量之后，认为应该按照辖区的人口数量的多寡和经济的发展情况配置吏员。吏员改革的目的主要是为了加强朝廷对于吏员的管理和对于地方州县的管理，从而减少之前的胥吏苛待百姓，架空官员的事情。
而对于地方官员的改革则是对于权力的分割，现在地方正印的权力过大，使得他们疲于应付，大量的案件都要地方正印来审理，朱载坖认为其实完全没有必要，朱载坖认为将司法权从地方州县衙门正印的手中剥离开来，避免这些州县正印权力过于集中。
所以朱载坖朱载坖在和内阁辅臣、六部尚书、都御史等重臣商讨之后，认为从县到州府，都应该设置推官，用以管理地方的州县的司法案件，同时在州府，由通判负责管理这些推官们，专门负责管理地方州县的治安和司法，巡检司抓获的各类人犯，也要送推官处审断。
同时在省一级，一样设立复议审核机关，令大理寺在各布政使司设立分司，百姓将案件上告到按察使司之后，如果百姓对按察使司的结果不满的话，可以直接到大理寺分司要求复审，而和朝廷派往地方的巡按御史一样，大理分司属于钦差性质，分司长官由大理少卿兼任。
为此，朱载坖还和礼部、国子监商议，在科举中恢复明法科，在国子监亦设立明法科，明法科出身的进士给同进士出身，分配到各州县担任推官，升迁也主要在法司系统中完成。
朱载坖下达诏令，自隆庆十一年正月初一日起，各地府州县正印不再受理地方案件，改由推官负责，形成县尉负责治安、侦查，管理巡检司，县推官负责初审，府州由同知管理各县县尉及巡检司，通判管理推官，负责二审，而到了省一级，则是形成了由大理寺分司和按察使司分管复核和通省治安的局面。
当然，如果对于大理寺分司的结果还不满意，百姓就可以进行京控，也就是俗称的告御状，朱载坖取消了之前对于京控的种种限制措施，同时将顺天府受理京控的权限予以取消，朱载坖只规定，必要要经过大理寺分司审断或向巡按御史举报之后仍旧不服的，才能够进行京控，但是一旦百姓进行京控，各地方官不允许截拿，一经发现，正印立即罢官削籍，永不叙用。
同时，规定京控的接受衙门仅为刑部、大理寺和都察院，到其他衙门京控的，一律不予受理，将人员和诉状送三法司受理，对于京控案件，三法司必须单独处理、单独汇报，不允许混杂在其他案件中想朦胧过关，每月要将各衙门受理的京控案件、处理情况等整理成册上奏内阁，由朱载坖亲自查阅。
而张居正还建议，将地方推官单独设立官署，用以审判案件，这个建议也得到了朱载坖的认同，命令各州县要为推官单独设立官署，不与州县衙门在一起，以便推官的审断不受正印官的影响。
除此之外，对于地方官制的改革主要在于行政区划的调整，朱载坖和内阁商量之后认为现在大明的行政区划都是太祖时制定的，一些州县人口滋生，若仍旧按照原来的州县设置显然不妥，还有一些地方原本是卫所，但是日渐兴盛之后形成大的城市，再由原来卫所进行管理已经不合适了，所以朱载坖命令内阁、户部、吏部、兵部等详细商量，对大明的行政区划进行调整。
最明显的就是天津三卫了，原本这里只是因为成祖靖难时驻跸过，将此地更名为天津，即天子之渡口之意。在三岔河口西南的小直沽一带，设卫筑城。但是现在天津已经成为北方雄镇，再仍旧由卫所管理显然不合适，所以朱载坖在和内阁等商议之后，决定设立天津府，下辖天津、盐山、青县、庆云、南皮和静海六县和一个直隶州沧州。朱载坖决心以此为契机，重新厘定大明的行政区划。
在中央官制方面，朱载坖主要做的是将原本的由朱载坖设立的临时官署完全正规化，确定品级，明确下属单位的权力范围，主要是历代先帝和朱载坖即位以来设立的各个衙门，属于吏部的有吏部流外铨选院，属于户部的最多，总督仓场、总督粮储、总理盐政、提督钞关、提督海关，属于礼部的理藩院，属于刑部的提督巡检司，朱载坖命令将这些衙门全部正规化，职掌写入会典，不再是朝廷的临时衙门，而是朝廷的正式官署。
除此之外朱载坖今年的一个大动作就是准备恢复京操班军，京操班军原本是京营的主力，也是京营兵力的主要来源，班军者，卫所之军番上京师，总为三大营者也，永乐十三年，成祖下旨，河南、山东、山西、陕西各都司，中都留守司，江南、 北诸卫官，简所部卒赴京，以俟临阅。京操自此始。
按照成祖的规定，京操班军的员额是十六万，这些从地方拣选而来的卫所精壮之士，一方面在京营接受训练，准备出征，另一方面也是加强京师的实力，防止出现外重内轻的局面，同时使地方无事的内地都司卫所得以训练，能够保持一定的战斗力。
原本这是一个非常好的制度，但是实际执行中确实不断走样，首先就是卫所军士的大量逃亡，还有地方都司对于京操的抗拒，地方各都司卫所对于京操都是极为抗拒的，成祖在时，尚能够压制这些反对之声，强硬的将京操推行下去，等到成祖驾崩，各都司卫所就开始敷衍塞责，以种种理由抗拒京操。
同时朝廷对这些京操军士也是一言难尽，往往让他们役作苦工，使得军士们对于京操也十分抗拒。