朱载坖之前对于卫所一向是采取姑息的态度，因为朱载坖很清楚，卫所的干系太大，积弊太深，短时间内事很难见效的，同时一旦处理的不佳，就会造成大事，所以朱载坖认为必须等到朝廷有足够的实力，同时内外环境相对比较安定的时候才对卫所进行整顿。
朱载坖也很清楚，卫所到了现在，已经是百足之虫死而不僵罢了，但是大量的军官、士卒、军屯都依赖卫所制度，朱载坖只能徐徐图之。
这次朱载坖就准备以京操班军为抓手，对卫所进行一番整顿。
朱载坖首先命令马芳等人核实各都司向京师派遣京操班军的数量，根据成祖的规定，京操班军的总员额为十六万人，其中驻凤阳的中都留守司名，河南都司名，山东都司名，驻保定的大宁都司名，这个员额，在当时确实是合理的，但是对于现在来说，显然已经不合理了。
大宁都司已经被朱载坖调回大宁，承担这遮蔽蓟辽的边防任务，再从大宁都司抽调京操班军已经不太合适了，所以朱载坖认为，将大宁都司的班操京军予以免除，同时班操京军的主要对象是内地没有战事的各都司，目的是为了将他们集中到京营训练，使得地方上有一支可用之兵，能够临机应变，才是班操京军的用意。
所以朱载坖和诸位参赞军务大臣们商量了之后，决定以河南、山东、湖广、直隶等地都司卫所于京师班操，南直、浙江、福建、广东、江西等地的都司卫所于南京京营班操，从各都司卫所中选拔精壮之士，分春秋两班，轮班赴京师、南京操练，不赴京师南京班操的时候，剩余的一半班操京军也不解散回归各卫，而是作为本都司的机兵，分屯于本都司的要害之处，以备不测。
说白了，按照朱载坖的意图，就是将班操京军变为从卫所中选练出来的一支脱产武装力量，除了军事训练之外，不负责任何生产，朱载坖和兵部、练兵军务处商量了之后，认为南北直隶一共抽调八万人，其余每都司，抽调班操京军二万人，分为两班，一班屯驻当地，一班赴两京操练。
同时西南的三个都司，四川、云南、贵州，由于路途遥远，暂免京操，但是这三个都司同样也组建每个都司两万人的备操军，一半分屯本都司，另一半调往缅甸备操，加强朝廷对于缅甸的控制。
同时，对于备操军的管理，朱载坖也做了明确的规定，虽然这些卫所士卒们是从各卫所选拔出来的，但是朱载坖规定，一旦选入备操军，其户籍等事项就从地方的都司卫所转为归镇守总兵官管理了，与地方都司卫所无涉，其粮饷由朝廷直接保障。
同时将原本各地设立的团练等民间武装，一律解散，不允许有地方武装的出现。
为了保障士卒们的收入，使得士卒们有体力训练，朱载坖和一帮老臣们商量之后，决定在班操京军和京营、亲军诸卫当中实施的新的的军饷制度，将原本的实物军饷变为士卒的实物供给，同时发给货币军饷。
按照朱载坖和参赞军务大臣们商量的，每名士卒每日的伙食由米一升、盐一钱、菜二两构成，副食的话，由每月三斤咸鱼，两斤大豆，油一斤负责，这些都是实物拨出的，为了防止官员们贪墨，朱载坖和重臣们商量之后规定，千户以下军官，必须与士卒同吃同住，不准单独回营。
除了食物之外，还要保障士卒们的四季衣物，防寒棉袄等必须的装备。
同时在京班操期间，都察院派出御史与卫尉寺每五日巡营一次，对于贪墨行为，士卒可以直接向御史和卫尉寺官员举报伙食克扣，兵部、总督京营戎政、朱载坖都会不定期的派出官员赴班操京军、京营、亲军诸位巡营，士卒们对于伙食不足额，可以直接向御史、锦衣亲军等举报，朱载坖甚至下令在军中恢复太祖之法，朱载坖在诏书中明确规定，贪墨士卒口粮，达六十两的，剥皮实草，三族流放缅甸。
所有军队所需要的物资，由朝廷统一调拨给军中，按照军中实有人数给予实物。而至于银两军饷，朱载坖和参赞军务大臣们商量之后认为，应当分为两部分，第一是基准军饷，士卒每人一两一月，然后是各种加饷，参加京操的每个月，士卒们增加五钱一月，参战的士卒，军饷翻倍，还有就是入伍时间的长短，每三年增加两钱一月，士卒服役满十年，就可以提出退伍，到地方的巡检司去，满十五年没有提升的士卒无特殊情况一律复员，从军籍中勾除，到地方巡检司任职。
这样话能够保证班操京军的士卒都是各卫所的精壮之士，同时调动班操京军训练的积极性，朱载坖不惜增饷百万，自然是要训练出一支能征惯战的劲旅的，和现在官军数日一操不同，朱载坖明令班操京军、京营、亲军诸卫，只要没有宿卫宫禁等任务，就要进行军事训练，朱载坖认为五操一休才是正常的，也就是操练五日，休息一日。
你以为朱载坖的粮饷是这么好吃好拿的？吃了陛下的粮，拿了陛下的饷，就得严格训练才行，朱载坖很清楚，只有严格训练，才能够保证军队的战斗力，尤其是未来大明的军中火器越来越多，士卒们必须熟悉这些火器的操作，步炮骑之间的配合也必须通过大量的训练才能够磨合起来。
通过对京操京军的改革，朱载坖力图在京师掌握一支强大的机动兵力，朱载坖在诏书中明确说明了自己的意图，就是：无事足以壮国威，有警足以御外侮，又深得居重御轻之宜矣。
要重新加强朝廷对于军队的控制，平衡京师和九边的军事力量。