朱载坖的想法是对卫所逐步进行改革，最终将卫所取消，军户变为百姓，才是目的，只是现在军户数量十分庞大，骤然予以改革，显然不是一个好办法，朱载坖准备以山东都司作为试点，将脱产军队和军户分开，脱产的班操京军属于朝廷的经制之兵，而普通军户和所谓的世袭军官则是逐步的平民化。
同时经过改革之后，朝廷军官的主要来源是武举和国子武学的军官，而不再是卫所的世袭军官的。
练兵军务处很快就拟定山东都司的改革方案，主要是对山东的军屯予以清理，减轻军屯的科则，将军屯土地的赋税都地方统一收取，取消都司的财政权力，同时解放这些军户们，避免卫所军官役使这些军户。
京操班军减为两万人，其余的所有正军，不管是守城、还是运粮军士，全部脱产，按月发给军饷、月粮，屯田军士放归家中分给土地，照民田起科就行了。
按照练兵军务处的规划，经过改革的山东都司，军事和财政职能都被大大弱化，主要负责从军户中征募合格的士卒，更多的成为一个兵役机关，同时他们正军、军余子弟 、舍人的户籍，负责在农闲时组织军余子弟、舍人等进行军事训练，负责官军的预备役。
而实际负责作战的则是地方的镇守总兵官，将作战部队和预备役、军户分开，是这次对卫所制度的一个重大改进，现在其实朝野都很清楚，卫所兵不能上阵作战，真正能够上阵作战的，也都是九边和京营的脱产军人，朱载坖和练兵军务处的参赞军务大臣们商量之后，认为要降低大明军队的总员额，提高战斗力。
原本大明官军总员额极为惊人，高达二百多万，但是实际上有战斗力的并没有多少，大明军队纯粹是虚胖，所以朱载坖要练兵军务处，接下来就是汰虚精实，将官军的总员额减少，提高官军的战斗，保留全脱产的军士。
除了对卫所进行改革之外，朱载坖还提出将水师单独升格为一个军种，设立专门的衙门管理水师，现在水师的地位仍然不够高，在朝廷重臣们眼中，水师还是不如精骑重要，从各地提督军务总兵官的选择上就可以说明此事，陆路总兵升任提督是正常的，但是水师总兵则基本不可能升任提督。
在兵部和朝廷的眼中，水师还是给陆军打下手的，但是朱载坖显然不是这么看的，对于朱载坖来说，他很清楚水师在日后的作用，绝不仅仅是从暹罗、占城将粮食运输到大明这么简单，水师要承担起为大明拱卫海疆，御敌于国门之外的重任。
但是朱载坖将自己的想法说了之后，不管是内阁还是参赞军务大臣都认为水师单独成军似有不妥，但是现在水师的指挥方式确实是有问题的，水师在海上作战，应该以海域作为水师的信地，但是现在大明水师的防区还是以大明的行政区划作为防区划分的依据，这点不仅是朱载坖，俞大猷等人也认为这样不若。
水师应当横行于海上，而不是缩在港口搞什么避战保船，朝廷制造战船、训练水师，就是为了决胜负于海上的，朱载坖和俞大猷等人商量之后，认为水师的指挥体系应该予以理顺。
朱载坖召集所有的参赞军务大臣们，商量水师的指挥问题，水师的主要任务包括两个，第一是保卫大明的沿海不受侵犯，第二就是远出重洋，在大洋上击败敌国的水师，进而控制海域，切断敌国的海上交通，甚至攻击其港口。
所以水师不可避免的要分为近岸水师和远洋水师，近岸水师主要装备中小型的战舰，还有沿岸的各处炮台，都归属于近岸水师管辖，近岸水师和陆师的联系是很深的，朱载坖和参赞军务大臣们商量之后认为，这部分水师仍旧由各提督军务总兵官指挥是合适的，他们的作战目的主要是防御性质的，保卫大明的海岸线和近海防御。
但是远洋水师则不同了，远洋水师本就是进攻性的，将他们束缚在陆地是不合适的，朱载坖认为应当组建三支远洋水师舰队，北洋水师，负责山东、北直隶、辽东远海的防御，提督驻节天津，于大连、登州设置南北两协，主要的作战对象是倭国。
东海水师，负责南直隶、浙江、福建三省的远海防御，提督驻节宁波，于松江、厦门设置南北两协，主要的作战任务是遮蔽东南，严防倭国、西夷袭扰大明的东南。
南洋水师，负责广东、广西、缅甸三省的远海防御，提督驻节广州，于仰光、琼州设置南北两协，主要是防备西夷对大明的窥视，同时经略南洋。
远洋水师装备的战船，最少也要一千料以上，主要装备各种大型战舰，是真正争雄于海上的劲旅，朱载坖任命俞咨皋为南洋水师提督，汤克宽为东洋水师提督，陈璘为北洋水师提督，三部远洋水师，直接受练兵军务处的指挥，有战事直接向练兵军务处汇报，至于员额、军器、船只等，仍然由兵部负责。
朱载坖对于军务的种种调整措施，经由练兵军务处向大明发出，昭示了这个刚刚成立的部门在军务上的话语权，明眼人都看得出来，内阁已经失去了在军务上的权力，原本由内阁负责处理的军务，已经转移到了练兵军务处。
同时五军都督府传令下辖的各都司卫所，要求有班操京军任务的都司卫所，要按时足额的将班操京军调动到京师来，如果仍旧像之前那样敷衍塞责，五军都督府到时候肯定会具本题参的。
户部也提前准备相应的粮秣，在沿途囤积，以供士卒们食用，工部在京师城外修建营房，以供班操京军住宿，朱载坖还命令户部，先给班操军士预发一月饷银，鼓励军士上京班操。