对于册封朱翊钧，朝廷的反应就很平淡了，毕竟只是藩王，和太子不能比，内阁和礼部正在拟定相关的仪注。
现在朱载坖关心的是京操班军的情况，在练兵军务处的严令之下，各都司的京操班军按照朝廷的命令抵达了指定的地点，朱载坖命令都察院、卫尉寺派出清军御史和镇抚官，对南北两京和镇南府的班军予以清查，除了在京师的京操班军由总督京营戎政临淮侯李庭竹、协办军务大臣顺宁侯俞大猷、萝川侯马芳、哈密伯李成梁寓意考核之外。
在南京由督师南京大学士殷士儋和南京守备恭顺侯吴继爵，在缅甸由总督中南南京兵部尚书殷正茂和提督中南军务刘显、镇守云南总兵官平蛮将军黔国公沐昌祚等人负责考核。
这次至少赴京师的京操班军数量是是足够的，按照后来练兵军务处拟定的调遣计划，山东、直隶、河南向京师每班征调班操京军一万人，湖广五千人，辽东、大宁五千人，宣大山西五千人，一共四万五千人，其中辽东大宁和宣大山西的一万人是骑兵，其余都是步卒。
李庭竹、俞大猷等人检查了这些京操班军之后，向朱载坖上奏，从数量上来说，人数现在确实是足够了，老弱也不多，但是除了辽东大宁和宣大山西调来的班军尚算精锐之外，山东、河南、湖广等地的京操班军都是缺乏训练的新兵，没有什么战斗力，不仅是疏于训练，基本上都是空着手来的，军器甲胄都很少。
幸好现在朝廷府库尚算充裕，朱载坖当即命令动用府库储藏的各种物资，拨给这些京操的军士们，至少看起来像军士而不是叫花子。
朱载坖再次召集军务会议，讨论的主题主要是京操班军应该怎么训练的问题。
高拱认为，国朝京营之制主训练在京官军，京营本来最主要的任务就是训练班操官军的，现在朝廷既然恢复了班操制度，那么就应该由京营来训练，具体的做法是京营通过操练、轮班、 外遣、选补等制度，调发整个北方地区的军士。既源源不断地向边镇提供经过训练的士兵又稳稳维持着足额超过十八万的驻京大军，这样就可以恢复到洪熙、宣德时的旧制了。
但是高拱的这个提议遭到了马芳等人的反对，马芳认为，这样的话，京营过于松散，临战不利，土木之变就是例子，英宗亲征失利，除了自己和王振的骚操作太多之外，京营的松散也是重要的原因，仓促组建的亲征大军在土木堡一触即瀵，暴露了京营训练与作战的脱节所造成的恶果，所以坚决不能重蹈覆辙。
朱载坖也认为，班操京军最重要的就是要具备战斗力，京营最重要的任务就是居京师而威天下，强悍的战斗力才是朝廷尊严的保证，所以朱载坖要求各位参赞军务大臣想办法对班操京军加以整合，不仅要使得京营具备战斗力，班操京军轮班之后，也要在地方担负起保障地方安宁的重任来。
兵部尚书汪道昆则提出以团营之制来训练班操京军，但是内阁坚决反对，因为团营之制，已经在世宗皇帝在位时予以废除了，就不必再提了。
李庭竹、马芳、俞大猷则认为，京操班军既然是以地域而来，由于他们返回地方仍然是要在地方承担镇守重任的，所以就不必像三大营时期打散训练，而是以地域理清指挥关系后予以训练，这点得到了朱载坖的认同，首先就是要理清编制和指挥体系。
大明原有的卫所制度已经不再适用于战争了，所以必须重新进行编制调整，马芳等人都认为采用现在九边军镇中的营一总一哨一队一什一伍的编制方法比较合理，一营以五千人为准，由参将或游击统帅，营下设总，由千户统帅，依次类推。
这样的话，班操一万人，正好是两营，五千就正好是一营，不过骑兵三千为一营就可以了。而在训练的时候，由五军都督府和兵部提请相关的军官予以负责训练，至于如果要调动京营或者班操京军作战，则需要临时命将，统帅官军出征，说白了就是统军不专于一人，练军不专于一人，行军不专于一人，大明基操了。
朱载坖同意了这个办法，命令首先两班操京军编制起来，至于班操京军的军官，兵部会同五军都督府、京营戎政府和协办军务大臣等予以考核，要材勇兼备的，可以留用，不堪用者当即罢去职务，从国子武学或者调用武进士充任班操京军的军官，以加强朝廷对于班操京军的控制。
朱载坖随后发布上谕，以总理京营戎政临淮侯李庭竹负责班操京军的训练，协办军务大臣马芳、俞大猷、李成梁等人具体拟定相关的训练章程。
俞大猷向朱载坖上疏，认为首先要做的就是整顿军纪，这些班操京军，平素没有军纪军法约束，骤然训练，但恐哗变，所以首先要严肃军纪，使其知道军法之威，然后才能开始训练。
再加上他们长途跋涉，需要修整之后才能够进行训练，朱载坖准允了俞大猷的奏请，放权给俞大猷等人，还命令卫尉寺卿赵锦巡视京操班军，重申军纪军法，要这些军士们遵守军纪军法。
但是很明显，赵锦的说教成效不大，这些班操军士很快就开始搞事情了，他们长途跋涉而来，本来是在修整，准备参加训练，朱载坖也命令京通仓照京营、亲军诸卫的给养标准供给后勤，是希望他们吃好一点努力操练，但是有些人吃饱了就开始作奸犯科了。
最开始就是辽东大宁和宣大山西等班操军士，因为他们胆子最大，以精锐自诩，平素有点什么小过失，长官也不跟他们计较，随后各部的班操军士都出现了不同程度的干犯军法的情况，以顺宁侯俞大猷、萝川侯马芳、哈密伯李成梁为首，具本朱载坖，请求严肃军纪，以儆效尤。