朱翊釴和朱载坖不同，他没有超前的意思，朱载坖要引导他去意识到什么是大明现在要做的，作为一个皇帝，要怎么把眼光放长远，这些事情，都不是一时半会能够说明白的，索性朱载坖还有时间，现在还不晚。
朱载坖让太子参与仓储衙门的建立，同时先让太子去查阅相关的档案，要求太子先熟悉历代的仓储制度，然后再与内阁、吏部、户部等衙门商量。
朱载坖则是开始处理奏疏，令他感到意外的就是中南总督殷正茂的上疏，以往殷正茂的上疏，不是要钱就要兵，朱载坖也一般都予以准允，朱载坖很清楚，缅甸刚刚归附，此地的土司绝对没有那么恭顺，朝廷不仅要移民充实缅甸，增加在缅甸的官军和百姓人数，也要对于这些土司剿抚并用，增加对这些土司的震慑力。
所以这几年殷正茂无论是请兵还是请饷，朱载坖一般都是能够准允的，朝廷常年在缅甸维持十万以上的驻军，不过每次看到殷正茂的奏疏，朱载坖还是有些头昏的。
不过这次殷正茂不是请兵也不是向朱载坖要钱，而是向朱载坖要医生，李时珍等人率领太医院的医生到缅甸去了之后，不仅仅为当地的官军和百姓诊治，也为当地的土司头人诊治，对于他们医术，这些土司头人是极为佩服甚至是很敬重他们的，朝廷官军没有达到的效果，反而被这些医生达到了。
所以殷正茂请求朱载坖向缅甸再派出一些医生。
随殷正茂奏疏的还有李时珍的奏疏，李时珍向朱载坖奏称，缅甸不但有丰富的物产，还有很多药材，对于大明来说，最重要的就是血竭，血竭的功效是主打伤折损，一切疼痛，补虚及血气搅刺，内伤血聚，并宜酒服，用来配置金疮药，能够极大的提升朝廷现在配发给官军的金疮药效果，减少官军的折损。
还有很多抗疟疾的药物，也可以保障官军在热带环境下作战，不受瘴气、疟疾的影响，这些药材对于大明来说都是极为重要的，在殷正茂的支持下，李时珍在缅甸官军和百姓中大量推广青蒿等抗疟疾的药材，对于朝廷驻军和百姓有不错的疗效，现在从内地迁移到缅甸的百姓和调防的官军，因为疟疾和水土不服死亡的已经大大减少了。
同时殷正茂向朱载坖汇报，大明沿伊洛瓦底江兴建城市，控制了缅甸所有的平原，开垦土地，疏浚河道，现在缅甸出产的粮食不仅可以满足朝廷驻军，还很有盈余，可以沿江运输到仰光，然后从仰光向天津转运。
朱载坖同意了殷正茂的提议，本来朱载坖就准备在天津设立大型仓库，储存从海路运输来的粮食，除了天津之外，朱载坖要要求在大连建设大型仓库，在辽东囤积粮食，以备不时之需。
处理完了殷正茂的事情，朱载坖就要处理一批涉案的官吏了，之前盗窃库银案的官员相关案情其实已经审的差不多了，厂卫将相关的案卷送到朱载坖的案头，请求朱载坖圣裁。
根据厂卫的侦查，这帮官吏内外勾结，从嘉靖年间就盗取、调换官银，数目不可计算，仅仅是厂卫现在审理出来的，就达二百六十万两之巨，其数目之大，涉案人员之多，堪称隆庆一朝的惊天大案了。
朱载坖召集内阁辅臣和三法司官员，商量应该怎么惩处这些官吏。
朱载坖直接问道：“按大明律，应该怎么处置他们啊？”
刑部尚书洪朝选说道：“回陛下，按大明律，监守自盗，40贯绞；枉法赃，80贯绞；不枉法赃，120贯止杖100，流3000里；恐吓取财，准盗论加一等，不得财杖刑；私用民力，1名笞40，罪止杖80。”
朱载坖点点头说道：“那彼辈身为太仓官吏，盗取、调换官银，就是监守自盗了。”
洪朝选说道：“陛下，按法条确实是如此，不过。”
朱载坖当即打断洪朝选的话，说道：“没有什么可是的，大明律法有明文，在朕这里，没有什么法不责众这套，既然大明律有规定，就照大明律执行就是了！”
朱载坖已经看过卷宗了，四十两？他们一次也不止四十两啊，按大明律，是妥妥的绞刑，但是李春芳也提出了自己的看法，他认为贪墨的数额，有多有少，还有要在量刑上有所区别。
朱载坖想了一下也是这个道理，朱载坖认为四十两绞刑，八十两斩立决，一百六十两腰斩，三百二十两剥皮实草，朱载坖的量刑幅度，已经比之大诰要轻了不少，按照重八哥的大诰，六十两就剥皮实草，朱载坖已经通货膨胀了五倍多。
除了按照金额算的，朱载坖还明确各种从轻减轻和从重加重情节，朱载坖规定追赃两倍，也就是贪墨一两银子，要追赃二两，能够主动上缴的减罪一等，并且不株连家人，科道官员、厂卫涉案的，加罪一等，不能够追赃的，抄没家产，不足部分株连三族充军，斩立决以上，三族流放极边充军。检举立功的，也减罪一等。
同时涉案的历任管库郎中、主事等，凌迟，传首两京，以为后来者戒，有些涉案的官吏已经死亡的，开棺戮尸，同样追赃，不能缴纳赃款的，一样株连三族，充军极边，朱载坖还明确了极边的位置，就是缅甸、哈密两处。
考虑到这次要处决的人犯数目众多，肯定不可能一天就执行完毕，朱载坖命令在京官员吏员、举子、国子监生，轮流前往观刑，无故不到者，北镇抚司大酒店有请。
同时，朱载坖效仿世宗皇帝，命令翰林院将厂卫的卷宗整理编撰，编成钦明大狱录续编，将此案的始末，口供和处置的决定，全部编撰成书，与世宗朝的张寅案一道成为钦明大狱录的一部分。朱载坖要求翰林院在编撰此书的时候，务必要详细、完整的将这些人犯的口供保留下来，让后世看看他们的嘴脸。