除了司农寺之外，大明另外的一个重要的仓储就是京通仓和各地的军储，之前各地的军储虽然有户部派出的管粮郎中主事，但是毕竟是天高皇帝远，户部能够怎么管他们？地方督抚又不敢管这些京官，所以放任他们和这些仓储小吏勾结，盗卖朝廷的军储。
朱载坖现在将所有的军储仓库划归总督仓场管理，同时将这些仓库的账目整理出账册，所在总督和提督各一册，总督仓场衙门、户部、内阁各一册，同时从都察院抽调巡仓御史，对于所有的军储仓库予以检查，同时每年总督、提督也要巡视军储仓库，核对储粮的数量。
根据新的规定，地方的常平、备荒仓归司农寺管理，而京通仓、军储仓则归总督仓场管理，而户部作为总管财政的部门，不实际管理司农寺和总督仓场衙门，而是备份账册，对于司农寺和总督仓场衙门行使监察权，与都察院巡仓御史一道对这些仓库予以监察。
隆庆十一年看似是风平浪静，实则是暗流涌动，不管是大明、蒙古、倭国、还是西夷南洋，都是在积蓄这风云，看来是要出大事的。
首先是在南洋，隆庆五年，吕宋亡国，其国王逃奔大明，被朱载坖安置在南京，但是佛郎机并没有将吕宋彻底征服，到了隆庆十年，吕宋被佛郎机彻底的征服，今年大量的佛郎机战船和军队从佛郎机赶来，佛郎机人在吕宋兴修港口，增兵加船，使得大明感受到了压力。
虽然佛郎机暂时没有和大明发生冲突，但是佛郎机增加兵力的行为还是使得大明感受到了压力，中南总督殷正茂、南洋水师提督俞咨皋、缅甸水师总兵邓子龙等交章上疏，陈述佛郎机阴图不轨，请求朝廷给南洋水师、缅甸水师增兵加船，尤其是增加大型战舰，以震慑佛郎机人。
而从隆庆十一年六月起，俺答就很少在出现在土默特部的大小活动中，听说是卧病在床，一应大小事务都是三娘子在处理，俺答的病危更是使得大明和蒙古的关系更加微妙，土默特部方面严密封锁消息，使得大明对于俺答的健康情况无从知晓，虽然朱载坖严令锦衣亲军查探俺答的现状，但是土默特部的保密很严，除了知道俺答尚活着之外，大明对于俺答的情况所知甚少。
这使得朱载坖有些担心，俺答身死，大明和土默特部的关系将会发生巨大的变化，而大明必须要取得蒙古部落内的第一手情况，朱载坖命令宣大总督郑洛向土默特派遣使者，以朱载坖的名义向土默特部和俺答赐予药品，借机查探俺答的情况。
而在土默特部，俺答在自己的汗帐中已经数月不能出来的，毕竟七十多岁的人的，在草原上能够活到七十是十分少见的，俺答今年夏天大病一场，一直没能缓过来，直到九月份俺答才再次召见活佛索南加措为自己祈福。
现在俺答最信任的人除了三娘子之外就是索南加措了，俺答问道：“大师，本汗死之后，土默特和大明还能够保持和平吗？”
索南加措思考了一下说道：“大汗，大明和土默特终究会和平的。”
俺答闻言，只是笑笑，索南加措的意思已经是很明确的，大明和土默特，终究会和平，那就是不会立即和平，以索南加措的见识，当然能够看得出来，现在土默特部内部的斗争已经是十分厉害了，这点无论是俺答还是索南加措都清楚，现在之所以没有乱起来，那是因为俺答还活着。
可是一旦俺答去世，土默特部内部乱起来了，大明肯定会借此机会介入的，这么好的机会，就算是俺答也不会放过的，何况大明现在这位皇帝本就是雄心勃勃的人，自然不会放过这个机会的。
俺答有些无奈的说道：“本汗早生了二十年，要是本汗年轻二十岁，倒真想和这位大明皇帝过过招。大师在蒙古待的也够久了啊！”
索南加措说道：“是啊，大汗。”
俺答很清楚，一旦自己去世，土默特肯定会出现纷争，而在这个时候，在土默特部中很有威望的索南加措就很危险了，大家都会打他的主意，在这种情况下，俺答的意思是很明显的，就是将索南加措送回去为好，不想让索南加措卷入此事之中，索南加措自然也是不傻的，现在还留在土默特部那就是傻子了，这会也该走了。
不过怎么离开还是是重要的问题，索南加措是格鲁派哲蚌寺的活佛，哲蚌寺在拉萨西郊约二十里的根培乌孜山南坡的坳里，僧众超过一万，拥有141个庄园与540多个牧场，是藏传佛教最大的寺庙。从土默特部回到雪域高原上去，有两条路，一是从土默特部经河套、青海，要么就从土默特部经大明的四川回到雪域高原上去。
俺答认为还是走青海的比较好，这样的经过大明的控制区时间短，不容易被发现，沿途的风险也小，俺答可以派遣兵马护送，保障索南加措的安全，毕竟索南加措在土默特部地位崇高，这点不仅是蒙古人知道，大明也很清楚，在现在这个节骨眼上，万一大明将索南加措给扣下来就麻烦了。
而郑洛派遣的官员俺答则是让三娘子打发了，不给大明官员直接接触自己，查探情况的机会，大明除了俺答还活着之外，其他的信心并没有得到，但是索南加措和锡热图召寺大张旗鼓收拾行装准备返回青海的消息还是被大明使者得知了，郑洛得知这个消息之后，深感兹事体大，索南加措在蒙古威望甚高，于是上奏朝廷请求朱载坖圣裁。
朱载坖收到了郑洛的奏报之后，也深感兹事体大，当即召集兵部尚书汪道昆、玄菟侯李成梁等人商量此事，朱载坖也知道索南加措在土默特部影响力极大，要是能够让他为大明所用的话，对于大明的战略有极大的好处的。