对于徐渭取得的战果，大明重臣们都有些震惊，在他们的心目中，倭国不过弹丸小国，肯定是穷困不堪，否则也不会这么穷凶极恶的到大明来劫掠了。
没想到倭国虽然偏在一隅，但是富有金银，这点是群臣们没有想到了，大明打了这么多年仗，终于看到回头钱了，对于大明来说，这还真是头一回，以往大明用兵，不管胜败，朝廷都是要穷搜府库以支应大军，没想到征讨倭国还能够挣这么多银子，尤其是黄金，在大明可是十分之贵重的。
面对徐渭的奏请，朝堂上的争论还是存在的，徐渭要求最少增兵一万，对于增兵倭国，其实大明的臣子们还是没有什么意见了，毕竟倭国能够给大明带来这么多的金银，很多臣子们都认为，必须派兵将这些金银矿控制住，这点在大明朝廷还是没有什么意见了，没人和金银过不去，尤其是这么大量的金银。
但是有不少臣子认为，倭国和大明距离遥远，徐渭率兵在外，有控制着这么多的金银矿，必须予以严厉的控制，以防出现藩镇割据的问题，这点得到了很多臣子们的同意，首辅李春芳也上疏，要求控制徐渭，而且李春芳的想法更加具体。
李春芳在密疏中认为，现在看来，大明是要长期在倭国驻军了，而经略并非是一个长期职务，现在既然已经确定朝廷要在倭国长期驻军，那么对于朝廷来说，就应该设立长期的管理机构，还有与之相配套的监管衙门，军镇等机关，加强监察，以保证朝廷对于倭国的控制。
李春芳建议，在倭国设立都护府或者都督府，同时对驻倭官军实施更戍法，加以轮换，防止出现藩镇的可能性，这点还是得到了朱载坖的支持，虽然朱载坖很信任徐渭，但是必须要在制度上形成防范，防止真的出现藩镇。
经过内阁和部院的商量，决定效仿前唐，设立安东都护府，安东都护兼任经略朝鲜、倭国军务事，以兵部尚书兼右都御史领安东都护兼经略朝鲜、倭国军务事，下设两位副都护，分别是提督备倭军务和提督备倭水师军务事，分管水陆两军，还有安东都护府长史，秩正三品，和内地布政使的职权一致。
同时，由都察院专门派出御史，分别负责清军、记功、巡按等事情。
同时安东都护府的后勤保障有朝廷专门派员负责，要设立驻朝大臣，以礼部右侍郎兼户部右侍郎担任，负责从朝鲜、天津等处通过海路补给安东都护府，并且负责和朝鲜交涉。
根据廷议的结果，安东都护府下辖陆军二万五千余，分别屯驻于佐渡岛、越后、信浓、甲斐等处，安东都护府驻节佐渡岛。
同时在安东都护实行更戍法，安东都护的驻军以三年为期，三年轮换一次，防止出现藩镇割据的情形，同时还要派遣锦衣亲军等也驻安东都护府。
至于徐渭要求的援兵，从亲军诸卫中抽调一卫，再从班操京军中挑选五千人，前往倭国，凡是镇守倭国的，军饷翻倍，内承运库加五两赏银，以壮行色。
而对于上杉景虎、武田胜赖等人，大明群臣商量之后认为，可以答应武田胜赖的要求，但是必须控制甲斐和信浓的金矿，同时对于这些倭酋，也要加以防范，要求这些倭酋提供安东都护府的粮秣，减少朝廷转运的压力。
至于徐渭和越后、甲斐签订的条约，要大明帮助甲斐、越后训练军队的事情，大臣们经过商讨之后，认为是可以的，但是甲斐、越后的军队不能对大明造成威胁，这点由练兵军务处的参赞军务大臣们负责解决。
朱载坖于是召开军务会议，商讨对于倭国的军事援助问题，大明是需要武装甲斐和越后，但是倭人都是些豺狼，绝对是要加以防范的，不能养虎为患，这点戚继光、俞大猷等人都是深有体会，经过参赞军务大臣们的会商，认为战马、火铳、火药、火炮等军器和技术是绝对不能交给倭人的。
还有甲胄等，也是不能卖给倭人，倭国军队不能拥有火炮等军器，只能有各种冷兵器，不向倭人传授任何有关骑兵和对抗骑兵的战术，不准倭人组建骑兵，所需要的武器，由大明朝廷统一生产之后转运到倭国，至于价格，由安东都护根据倭国的实际情况予以确定，还有就是人数问题。
经过商量之后，练兵军务处认为，越后准练五千之兵，甲斐由于四面临敌，同时还要控制信浓等地，准练兵一万。
而后朱载坖和驻朝廷的少府少卿王直商讨了一下，向倭国倾销大明的各种商品，同时命令王直和徐渭商量，还要和甲斐、越后签订贸易条约，规定大明货物输往甲斐、越后，关税值百抽五，大明需要的货物要求上杉景虎和武田胜赖禁榷之后专供大明，由大明直接给甲斐、越后银钱或者等值的物资，同时要求在甲斐和越后通行大明银钱和制钱。
而在大明商讨怎么解决甲斐和越后之事时，大明在倭国的举动已经震撼了整个倭国，尤其是现在名义上倭国的强人织田信长，这厮一向以天下布武为志向，没想到这次大明悍然出兵越后，并且以雷霆之势控制了甲斐和越后两国，使得织田信长如鲠在喉，极为不爽。
尤其是武田胜赖，织田信长原本是必欲置之于死地的，正准备和德川家康联手将其除掉，没想到武田胜赖参与越后之事被大明击败之后，转头就投靠了大明，现在大明在甲斐和越后两地驻军，使得织田信长必须慎重了，这个时候一旦再讨伐武田胜赖，就是直接和大明开战了。
据在倭国流传的消息，大明军中装备有威力巨大的国崩，还有比蒙古人还厉害的骑兵，这些都使得织田信长不敢轻举妄动，并且派出自己的亲信丹羽长秀前往越后，面见大明的经略徐渭，查看大明官军的虚实。