对于这些事情，大明并非毫不知情，只有有些时候迫于各种情况，选择暂时稳定下来罢了。如足利义满时期，当时大明刚刚靖难，需要这些番邦的承认来彰显成祖的合法性，所以成祖在明明知道足利义满并非倭国国王的情况下，还是将其册封为倭国国王。
但是倭国的这一态度使得他对于大明的政策可以相对比较灵活，足利义满死后，其子就不承认和大明的宗藩关系了，其给大明解释则是“本国开辟以来，百事皆听诸神”、“灵神托人谓曰：我国自古不向外国称臣”，并且声称要改变义满的外交政策，“今后无受外国使命，因垂戒子孙，固守勿坠”。
可见倭人之阴险狡诈，所以这次朱载坖趁倭国处于内乱之中和徐渭已经在倭国稳定下来，向倭国派遣使臣，就是想要将倭国和大明的宗藩、君臣关系确定下来，不是和倭国的什么将军、关白，而是要和倭国的朝廷、天皇，不仅仅是倭国要向大明称臣，倭国所谓的伪天皇必须自去僭号，向大明称臣，这才是朱载坖所要。
只有这样，才能够把宗藩、君臣关系给稳定的固定下来，使倭国成为大明的家犬而不是到处乱跑的野狗。
在得到倭国朝廷的回复之后，徐渭赶紧连同自己请求调集军户充实安东卫、安东前卫的奏疏一道呈递的京师去了。
在大明京师，历经了近两个月的转运之后，从倭国回来的第一批金银已经抵达天津港，朱载坖立马派出锦衣亲军前往护送，直接解运到内承运库去，白银送少府监铸造银钱，黄金在内廷铸造成金条，送内承运库作为压库之用。
户部尚书鄢懋卿随即上疏，称现在户部老库压库银钱仅有二百万元，请求朱载坖从内承运库向太仓银库调拨压库的银钱和黄金，最好达到五百万元比较好，朱载坖认为鄢懋卿要的太多了，五百万实在是太多了，经过和鄢懋卿以及内阁的一番拉扯，朱载坖决定，从内承运库发银钱一百万元，充实太仓老库，同时这次从倭国运回来的白银在铸造银钱之后，也直接调拨给太仓支用。
有了这些金银，朱载坖的底气当然是足了不少，在和户部商量之后，增加朝廷在水利工程和仓储建设上的投资，加快建设各级常平仓和备荒仓，以提高大明抵御灾荒的能力，同时在河南、陕西、宁夏、山西等地增加水利的投资，兴建各种灌溉水渠，提高宁夏的粮食产量。
收储大量的粮食，保证粮食价格相对稳定，军储充足，同时推广大明的医疗体系，在京师和南京的医院基础上，扩大两京太医院招收医学生员的规模，在南直隶的苏松常镇四府，北直隶的河间、保定、天津、真定四府也开设医院，以优惠的价格保障百姓的身体，进行防疫研究。
为了体现朱载坖对于医学的重视，朱载坖下诏，仿前宋之制，升太医院为翰林医官院，太医院使也升为翰林医官使，秩正三品，与军器监平级。
而倭国朝廷的回复奏疏和徐渭的奏疏也抵达了京师，对于倭国朝廷的回复奏疏，朱载坖御批了四个字，避重就轻，倭国朝廷的这份奏疏，看似态度温顺，向盗卖那个低头认错，但是对于大明所关心的问题，实则是避而不谈，他虽然在极力解释倭国伪天皇名号的来源，声称是倭国一直以来相沿承袭的称号，但是对于应该怎么解决这个问题，倭国朝廷是采取了避而不谈的态度，这就令朱载坖极为愤怒了。
朱载坖将倭国的奏疏和徐渭的奏疏都下部议，同时要求翰林院批驳倭国朝廷的奏疏，尤其是其有关僭越的事情，一定要坐实其僭越。
很快翰林院就回奏朱载坖，翰林院经过详细的考证之后，证明了倭国所谓最早出现天皇称谓的天武天皇制定的《飞鸟净御原令》实际是是在唐高宗天皇大圣大弘孝皇帝咸亨四年所发布了，可见倭国分明就是僭越，绝不是所谓倭国自古以来的称号，而是其有意僭越唐高宗的称号。
朱载坖将翰林院的结论也下部议，同时召集部院大臣、参赞军务大臣等一道商量有关倭国的事情，对于徐渭的奏疏，大臣们都表示要尽快安排，毕竟佐渡岛上有数以千万两计的金银，必须要迅速予以开发，以解大明朝廷的财政问题。
但是要迁移大量的百姓，还有保障他们的生产，同时还要增调援军，转运粮秣、军械等事，对于大明现在的海运能力来说，实在是太过于困难了，虽然朝廷已经紧急命令各个船厂为朝廷生产大型运输船，但是现在朝廷的运力仍然是非常紧张的，大量的官军还在朝鲜等待运往倭国呢。
还有组建倭国新军所需的军械，驻倭官军的粮秣后勤等等，肯定都是最优先的事情，所以总理海军衙门大臣顺宁侯俞大猷上奏，现在官军运力不足，在保证援军和所需的各种物资转运之后，今年能够完成将一千五百户的军户转运到佐渡岛上去，剩余的准备来年再转运。
朱载坖要求再次雇佣民间船只，加大转运安东卫和安东前卫的军户们，加强对于佐渡岛的控制，尽快大规模的开发佐渡岛的金银矿。
而对于倭国朝廷的奏疏，朱载坖直接说道：“朕闻天子之职莫大于礼，礼莫大于分，分莫大于名。何谓礼？纪纲是也。何谓分？君、臣是也。何谓名？公、侯、卿、大夫是也。倭王僭越，实不可忍，是使大明无动于衷，纲纪何在？法度何在？”
对于朱载坖的愤怒，大将们都表示要增加援兵，讨伐不臣，倭国都敢僭越天子名号了，形同谋逆，不能坐视不管。
而内阁和部院则是建议朱载坖还是先采取外交手段，不要急于动兵 ，毕竟现在朝廷在倭国的兵力不足，要先控制甲斐、越后，把这些地方的金银矿先拿到手，然后再对倭国用兵不迟。