对于大明的边防策略，朱载坖决意恢复洪武时的策略，即“北虏乘时入寇，宜坚壁清野以待之，慎勿与战，使其进无所得，退有后虑，伏兵阻险，扼其归路，虏必可坐致矣。”
对于北虏，要以消灭北虏的有生力量为主，只要北虏没有足够的人力，对于大明是无法造成威胁。对于今后的北部边防，朱载坖认为，要在稳固防守基础上的主动进攻，以主动进攻所获取的成果进一步巩固防守。
在朱载坖命令练兵军务处处理这些事情的时候，戚继光的战报和派往云川卫的翰林医官的奏疏也已经抵达了京师，对于大明再次战胜蒙古人，京师的官员百姓反倒没有之前那么兴奋，有些习以为常了，不过真正令朱载坖感到担忧的，是翰林医官从云川卫发回的奏疏。
根据翰林医官的诊断，马芳已经是到了油尽灯枯，回天无术的境地了，尽管派去的翰林医官想尽办法，但是仍旧只是拖延时间罢了，所以翰林医官们向朱载坖汇报此事，请求朱载坖和朝廷早做准备，朱载坖于是叫来了陈矩，命令他立刻准备和马芳的次子马林一道赶赴云川卫，朱载坖让陈矩作为钦差，询问马芳还有什么心愿。
同时朱载坖发布上谕，令征虏副将军蓬莱侯戚继光护征虏大将军印，统率大军班师，同时马芳在太医的护送下从云川卫返回大明。
而由于戚继光和马芳在土默特歼灭了鄂尔多斯部的主力，李成梁在河套清剿蒙古部落的行动就相对比较顺利，现在李成梁已经基本将鄂尔多斯部的残部驱逐出河套，同时开始沿黄河修筑边堡，与东胜卫连接到一起，先形成一道边防线，再逐步构建纵深的防御。
之前朱载坖命令对黄台吉加以招抚之后，黄台吉向大明表示臣服，请求大明予以调停，朱载坖随即命令礼部和理藩院，向顺义王不他失礼下达命令，以大明的名义调停此事，大明明面上的理由是不忍见不他失礼、黄台吉兄弟阋墙，但是其实大家都很清楚，就是不愿不他失礼在土默特内部一家独大。
大明朝廷亲自下场调停，尽管三娘子有很多不满意的，但是她也不敢说和大明直接对抗，她只能以顺义王的名义向大明上疏，请求朝廷在划分住牧地的时候能够尽可能的倾向于土默特部，对于三娘子的上疏，朱载坖当即予以御批，表示肯定会优先满足三娘子的要求。
同时朱载坖以大明皇帝的名义赐予顺义王冠服、经书、茶叶等物品，李皇后以皇后名义赐予三娘子服饰、锦缎等物品，朱载坖还特地发布诏书，册封三娘子为忠顺夫人，权同处分土默特部事务，赐予印信，以朝廷的名义承认在不他失礼成年前由三娘子行使顺义王的权力，代为管理土默特部。
朱载坖命令兵部、礼部、理藩院和三娘子、把汉那吉、黄台吉的使者一道坐下来商量，在大明的调停之下重新划分自己的住牧地，朱载坖对于这次大明的调停还是很重视，亲自召见了相关部院的堂官，朱载坖的要求很简单，首先就是要保证大明的利益，所谓大明的利益，就是大明之前放弃的一些卫所、据点等，这次要予以全部恢复，这点是不能动摇的，如果蒙古人不答应，就打到他们答应为止。
第二就是赏罚要分明，这次把汉那吉和三娘子是和大明朝廷站在一起的，所以大明必须要予以奖励，不管大明要怎么制衡土默特内部的各种势力，但是对于这次的事情来说，大明肯定是要先做到赏罚分明的，对于三娘子和把汉那吉的利益，肯定是要优先保证的。
朱载坖认为，要从黄台吉的住牧地中割除一大部分，分给三娘子和把汉那吉，第一是作为大明恢复塞外卫所的补偿，第二是作为对于三娘子和把汉那吉投效大明的奖励。
而对于黄台吉，剥夺他现有的住牧地当然是一种惩罚，惩罚他对于大明的不恭顺，同时还要利用黄台吉，在剥夺了他现有的住牧地之后，大明将原本大宁边外朵颜三卫的住牧地赐予了黄台吉，让黄台吉东迁到大宁那边去，一来是通过黄台吉继续挤压朵颜三卫的空间，使得黄台吉成为大明边外的藩篱，二来用大宁、辽东两镇看住黄台吉，不使他再有作乱的机会。
同时把汉那吉依旧负责蒙古和大明的贸易，将沿边的住牧地赐予把汉那吉部，在大宁、蓟镇也要新开马市，全面放开和蒙古的贸易，同时将和蒙古的贸易重心从山西向蓟镇、宣府、大宁转移，对晋商的势力予以抑制。
在朱载坖上谕的命令之外，兵部尚书汪道昆支持这次对于土默特部的住牧地划分，汪道昆首先将大明的立场阐述清楚了，云川、云内、东胜、镇虏、玉林、开平还有河套等地，这些都是大明故地，自古以来就是大明的领土，大明是尺寸不可以让人的，要是谁不同意，那也就不必再谈了。
同时按照朱载坖之前设定的原则，在大明朝廷的调停之下，为三娘子、把汉那吉、黄台吉重新划分了住牧地，黄台吉部东迁，三娘子和把汉那吉都获得了大量的草场和土地，同时由于今年草原的战乱，三部都向大明请求增加马市的交易量，交易粮食，以保证三部牧民能够渡过今年的冬天。
朱载坖命令从京通仓调拨粮食四十万石，给三娘子部二十万石，把汉那吉和黄台吉部各十万石，用以交换三部的马匹牛羊等物，而为了增加不他失礼的合法性，在大明朝廷的支持下，索南加措被朝廷请到土默特，主持俺答的葬礼，并且为不他失礼背书。
现在的不他失礼，不仅仅有大明的支持，还有索南加措这个活佛的背书，在土默特部算是真正被认可的大汗了。