不过从老家赶回京师的张居正雷厉风行，第二天就到内阁视事，并且请求召对，朱载坖于是在文华殿召见了张居正，对于张居正的请求召见朱载坖很清楚他的来意。
朱载坖笑着对张居正说道：“张师傅风采更胜往昔啊！”
张居正赶紧逊谢，对于朱载坖此次的召见，张居正也是很重视了，朱载坖也没有啰嗦，直接询问张居正他对于现在朝政的看法。
张居正认为，经过朝廷十多年来的改革，现在朝廷的财政已经相对比较充裕了，之前朝廷所推行的政策也已经见到了成效，所以张居正再次提出全面改革大明的赋役制度，和之前张居正提出的一条鞭法不同，这次张居正提出了一个庞大而完备赋役改革计划。
张居正的核心思想还是赋役折银化，张居正认为，现在大明的银钱和之前已经基本在国内推广使用了，具备了将赋役全面折银的条件了。
张居正主张全面建立白银财政，除了必要的物资之外，将朝廷的的赋税、杂役全部折色缴纳，省并科则，将朝廷的收入和支出都统一用银钱和制钱，同时为了防止谷贱伤农和士绅、商人操纵粮价，张居正认为在粮食收获的季节，由司农寺出面在各产粮区收储粮食，规定最低价格，商人收购粮食的价格不得低于司农寺收储粮食的价格，以此保障百姓的利益，防止他们被盘剥。
除漕粮、军储之外，朝廷对所有的田赋予以折色，而对于各种杂泛差役，张居正认为也要采取折色，由朝廷雇佣人来为朝廷从事各种工作，改征发为募役，对于朝廷的大型工程，虽然也要征发百姓，但是要支付工钱和粮食作为报酬，同时改革优免措施，将官员的优免则例予以修改，严防优免的冒滥。
张居正的主要施政方略就是要在大明建立起一套完整、明晰的财政体制，将原本庞杂的各种收入全部予以省并，以折色代替各种本色收入，方便朝廷的收入和支出，同时防止优免，打击土地兼并，保证朝廷的赋税收入，对于张居正改革的方向，朱载坖当然是赞同的，折色肯定是日后大明的主要赋税缴纳方式，这点是毋庸置疑的，之前朱载坖不同意折色的原因很简单，就是担心朝廷在折色之后使得百姓遭受士绅和商人们的盘剥。
现在朝廷建立了完善的货币制度和仓储制度，有了足够的能力推动大明的赋役制度改革，所以对于张居正的这个想法，朱载坖表示了支持，而张居正要求的重阁权、省议论，朱载坖认为也是可行的，科道作为监察机构，主要是在朝廷的施政过程和结果中予以监察，而非参与朝廷的决策过程。
而且现在的内阁已经被剥夺了军事职能，专注于行政，应该给与内阁足够的权力，以推行改革，这点朱载坖是很清楚的，现在朝廷要大刀阔斧的推行改革，一个强势的首辅是必要的，对于朱载坖来说，现在需要张居正这么一个强势的首辅来帮助朱载坖压制群臣，推动改革。
而张居正要求朱载坖两三年之内不要用兵，也确实是符合朱载坖的想法，经过这一轮的打击，不管是北虏还是倭国，现在都被大明打服了，大明也需要时间消化吃下去的土地，将其变成对大明有利的领土，然后再进行下一步的动作，所以朱载坖同意了张居正的请求，决心以赋役制度为改革对象，变革大明的各项制度。
张居正到任之后，首先要解决的并不是赋役改革，张居正第一个要发难的对象是漕运，张居正向朱载坖上疏，痛陈漕运的成本极高，百姓负担沉重，张居正以首辅之尊开炮，炸鱼的效果是相当明显了，一众东南出身的官员纷纷上疏，要求漕粮改折或者变更方法的呼声是相当之大。
对于张居正拿漕粮说事，朱载坖也是默许了，毕竟漕粮运输确实是损耗极大，朱载坖之前一直没有处理罢了，现在朝廷两三年之内不会用兵了，再加上现在有缅甸、暹罗等处海运的粮食，朱载坖才能够放开手脚整顿彻底整顿漕运。
在张居正的带动之下，很多官员纷纷上疏直言漕运的各种弊端，作为大明的天庾正供，漕运是大明最重要的物资来源之一，也是历代朝廷下大功夫保证的事情之一，在大明，几乎没有什么事情比之漕运更加重要了，但是因为每年向京师运输六百万石的漕粮，给沿岸的百姓带来了沉重的负担。
很多臣子们痛切上疏，极言漕运现在存在的各种弊端，他们认为：“以大势言之,前人之于河运,皆万不得已而后出此者也。 汉、唐都长安,宋都汴梁,舍河运无他策。然屡经险阻,官民交困,卒以中道建仓,伺便转馈,而后疏失 差少。元则专行海运,故终元世无河患。迁都而后,汲汲于河运。遂不得不致力于河防。运甫定章, 河忽改道。河流不时迁徙,漕政与为转移,我朝因之。”
漕运最大的问题就是耗费太大，不仅仅是投入到治河的费用，还有漕船、运军等固定开支，中途的损耗等等，这些都是一笔不菲的费用，朝廷每年要为了保障漕运，投入巨资修整黄河、运河，虽然隆庆以来，在朝廷的大力修整之下，黄河没有发生大规模的水灾，但是每年小的决口、溃堤仍然是无法避免的，即便是潘季驯、朱衡这样以治河见长的能臣，也不能不承认：“河道难治，虽穷其方略，然终不免年年漫溢,岁岁决堤。”
每年因为水旱灾害所造成的损失是极为巨大的，这还是在这几年没有大规模的水灾的情况下，如果出现大规模的水灾的话，对于大明来说将会是极为要命的，所以很多臣子们在见识到海运的方便和便宜之后，转而支持海运，因为海运的成本更低。