朱载坖在御座上，对于这些臣子们的互相攻讦，充耳不闻，等他们说完之后，朱载坖表示自己会考虑他们所说的，随后就回到文华殿，召集阁部重臣和太子朱翊釴一道商量漕运的事情，现在漕运积弊已深，已经到了必须要改革的地步了，对于漕运的改革方案，要尽快拿出来。
对于现在漕运，朱载坖是下定决心要予以大规模的改革了，对于具体的改革方案，朱载坖认为以河海兼济作为总的方针，河运、海运不可偏废，海运是主力，对于朝廷来说，运河的作用要从朝廷运输的主力变成朝廷的备用运输路径，只有在海路出现问题的时候，才会启用运河漕运。
但是运河仍然是大明重要的运输通道，朝廷也会对其进行修整，同时保障朝廷的运输，还有沿岸百姓的灌溉之用，要削弱运河的运输功能，以防范水害为治水的方针。
不过眼下的重要是问题是运河上的运军还有很多漕帮应该怎么处理，是一个很严峻的问题，事实上，刑部已经收到了各地方官府的奏报，漕帮、运军因为朝廷在考虑改革漕运的问题，已经渐渐有不稳的迹象了，这一月以来，已经多次发生恶性案件。
刑部向朱载坖奏报：庐州漕帮劫匪案，王七在桃源丁家集持刀强奸孀妇张沈氏,砍伤张沈氏之子张玉良,抢走衣服钱文。九月十三日,王七与黄有志、刘二皮、刘三 皮各带凶器,在桃源县丁家嘴抢劫沈宽与胡士全银钱、茶叶。九月十五日，王七与戚大棍子、冷玉、 丁大本、丁小本、于二、彭兆芝,将黄贵殴死。其后，王七仍赴镇海帮管驾船只,因与所雇水手王 维林、小李三、小刘三饮酒吵闹,王七即用木棍将王维林等手足殴伤。王七还制备抬枪、鸟枪、竹标,以备斗殴。
运军与漕帮之间的斗殴也更加频繁，地方官府奏报：“粮船水手,犷悍性成,往往寻仇斗殴,甚至戕害人命。虽屡经严加惩创,而积习相沿,悍不畏法。”
朱载坖冷笑着说道：“这是想要挟于朕吗？”
不仅仅如此，这些漕帮成员公然群殴，甚至于伤害官军士卒，山东按察使司奏报：“镇江后帮漕船行抵济宁枣林闸时,与本帮前所水手群殴,原派分驻河干官弁兵单,弹压不住,以致戕杀多命。”
后经山东都司调动官军予以弹压，才将这次聚众斗殴镇压下去，漕帮成员杀害官军三人，自相残杀十五人，朱载坖很清楚，这是在向朝廷示威，这些漕帮和运军人数众多，而且在百余年的行漕过程中，已经形成了各种大小团体，如同跗骨之蛆一样在运河上疯狂吸血，如果大明要对漕运予以改革的话，他们是肯定会跳出来阻挠大明的改革，甚至于不惜以民变、军变来威胁朝廷，好保住他们的富贵。
对于这点，朱载坖是很清楚，并且朱载坖也并不怕这些，朱载坖直接说道：“彼辈凶徒，惟有严拿惩办,庶可敛戢凶顽！”
对于这些人，朱载坖一向的态度就是很明确的，敢闹事，就要严厉打击，严惩不贷，对于运军和漕帮，要分开处理，运军毕竟也是朝廷的军户，不轨地方官府管理，按照朝廷规定，应该是由卫尉寺才处理此事，朱载坖担心的是漕帮，这些漕帮沿运河分布于南北，要想处理还真是比较麻烦的事情。
这事，需要一个酷吏来办，必须要下狠手、出重拳才行，朱载坖直接问道：“彼辈如此猖狂，当遣重臣出镇漕运，以弹压彼辈！诸卿可有人选推荐？”
张居正推荐右副都御史巡抚山东劳堪，这位确实是个酷吏，心狠手辣，作风强硬，而且在山东已经担任了两任巡抚，熟悉漕运，能够有效的处理漕帮的问题。
朱载坖当即命令升劳堪为右都御史、兵部左侍郎兼刑部左侍郎，总督漕运，与卫尉寺卿张学颜一道，巡察漕运，严惩不法，同时下诏要求漕帮限期解散，违者以逆党论处，同时从亲军诸卫和锦衣亲军中调给劳堪、张学颜士卒，充作中军，自通州巡视，对于所查缉到的凶徒还有所谓漕帮的好老等，不必经过三审六问，由劳堪审断之后，直接从刑部、大理寺复核，然后斩立决。
对于这些试图挟制朝廷的，朱载坖绝对不会客气，对他们肯定是要采取严厉的打击措施，同时对于运军也要采取相应的措施，朱载坖和内阁还有兵部尚书汪道昆、总理海军衙门俞大猷等人商量之后，决定对于运军予以调整，将这些运军调入各水师中服役。
他们毕竟精通水性，训练起来也比一般的军余子弟要容易一些，同时也可以改善现在大明水师中南方人过多的这一情况，现在大明水师中从士卒到军官，都是福建、广东人多，朱载坖认为不能这样下去，所以在组建北洋水师的时候特地在山东等地招募兵员，这次将这些运军也分批补充到东海、北洋两水师中去。
同时指令工部尚书严世蕃，压缩漕船的制造数量，同时大批量制造远洋大型战舰和大型商船，改河运为海运，增加海运的数量，朱载坖认为，将漕运从目前的四百万石增加到八百万石，而河运数量降低到一百五十到二百万石，剩余的都由海运完成，以减少百姓的负担。
同时对于漕帮，要严厉打击，不仅仅要将其中的头目，也就是所谓的好老，严惩不贷，同时要将这些漕帮中的所谓打手等一律充军发配，大明现在到处都缺人，倭国的金银矿、哈密、大宁、万全、河套、缅甸，这些风景如画的地方不都可以流放充军嘛，不要拘泥于地方，广阔天地，大有作为嘛，好好去帮大明开矿才是真的。
朱载坖以上谕的形式正式下达诏书，实施河海兼运，缩减漕运数量，提升海运数量，同时分流运军，打击漕帮，从隆庆十四年开始实施。