在朱载坖的支持下，朱翊釴很快就拿出了一套说的过去的方案，首先由地方官府按照这些土地的肥瘠程度，评定出一个公允的价格，然后在将这些土地予以分割成小块，确定价格之后出售给百姓。
按照他们所制定的规则，现在耕种这片土地的佃户有优先购买权，同时对于军户、军属可以按照市价的七成给予优惠，按照家庭的人丁数确定可以购买的土地面积，三五口之家，可以购买二十亩土地，三代同堂的大家庭，可以购买五十亩土地，百姓最少可以只支付土地价格的三成，剩余的七成，由少府监低息贷款给这些百姓，分十年还清，而对于军户和军属，则不收利息。
同时地方官府要严厉审核这些参与购买的人的资格，凡是家中有田产的，不准参与购买，要数家联保，保证没有弄虚作假的情况之后才能够参与买卖，这次朝廷发卖这些土地，主要就是用于安置这些无地的佃户和优待军属。
朱载坖和张居正正在就太子的这个方案商量，张居正认为已经不错了，朱载坖也认为可以施行了，现在朱载坖和张居正所推动的改革，远远要比原本的万历新政要深入的多，原本的万历新政，主要是为了保证朝廷的收入，同时实现朝廷的白银收入化，以方便开支为主要的目的。
但是现在朱载坖和张居正所推动的改革，是要重塑整个大明的形态，朱载坖就此事和张居正也多次探讨过，朱载坖认为，要想长治久安，最重要的就是要保护自耕农这个团体，他们是为朝廷纳税的主力，也是最容易变成流民和佃户的群体，一旦土地兼并过于激烈，大明就必然不稳，这点无论是朱载坖还是张居正都是很清楚的。
所以现在的改革要点主要是缓解国内的土地兼并，一方面是发展各种手工业，吸纳城市的流民，使他们能够糊口，另一方面就是严厉的打击土地兼并，保护并扩大自耕农阶层，同时积极向海外扩张，把大明多余的人口将河套、辽东、大宁、哈密、缅甸、夷洲等地方迁移，缓解土地兼并的情况。
同时提升大明的国力和对于地方的控制能力 ，为大明进一步的扩张提供基础，这也是朱载坖之前为什么要答应张居正两三年不言兵事的原因，大明需要将已经吃下去消化掉，同时也要对国内的一些问题予以解决，朱载坖清楚，不仅仅是要发展大明的国力，还是加强朝廷对于地方的控制，加强朝廷调度能力，使得朝廷能够将大明庞大的国力转化为在战场上的实力，这是朱载坖支持张居正进行改革的原因。
在这方面，朱载坖和张居正是很有默契的，张居正负责对于大明现有的赋役制度进行改革，在这点上，朱载坖对于张居正以充分的支持，支持张居正的赋役改革，而对于朱载坖来说，主要是要对这些豪强进行打击，然后在这点上张居正也要充分支持朱载坖，帮助朱载坖压制朝廷中的反对意见，他们君臣二人在很大程度是互相配合的。
张居正以废除粮长作为他对于大明赋役制度改革的起点，张居正认为，首先是要将征收赋役的权力全部收归官府，然后才好进行下一步的改革，现在粮长制已经废除的情况下，张居正奏请的事省并科则、条目，减少赋役征收的科目，方便官府征收，百姓缴纳。
张居正也提出具体的方案，就是将各种杂泛徭役全部省并为一条，与朝廷的正项钱粮一道折算到土地上，以土地作为征收的依据，而放弃之前以人丁为征收依据的办法。
在张居正的一条鞭法和省并科则的基础上，朱载坖进一步提出摊丁入亩，将丁银也直接摊入田亩之中，把固定下来的丁税平均摊入田赋中，征收统一的地丁银，不再以人为对象征收丁税。按地亩之多少，定纳税之数目。地多者多纳，地少者少纳，无地者不纳。
不过这需要朝廷掌握详细的户籍资料，在已经完成清丈田亩和人口核查的东南等地区，是具备实行一条鞭法和摊丁入亩的，张居正奏请在浙直两省试行，得到了朱载坖的支持，张居正条陈上疏，建议资隆庆十五年开始，对于浙直两省的各种徭役统一编派折银，对于正项田赋和加耗，也要统一确定，不允许再额外加征，同时根据需要转运到京通仓的粮秣数量，还有各地组织仓储的情况，对于田赋和加耗也开始允许折银征收。
由户部、司农寺、少府监与东南的地方官府共同确定折色比价，同时司农寺以最低价格在粮食收获时收储粮食，保障粮食价格的稳定，使得百姓们不会受到奸商和豪强地主的盘剥，对于在粮食收获时故意压低粮价，借百姓需要卖粮完税的时机予以盘剥的奸商和豪强们，张居正规定百姓可以立即上告官府，地方官府必须将这种奸商予以缉拿，依照大明律中凡用计诈伪欺瞒官私以取财物者，并计诈欺之赃，准窃盗论的法条予以惩处。
司农寺收储粮食的价格就是朝廷规定的最低价格，同时司农寺和地方官府还要负责对于这些商人收粮的量具等进行检验，朱载坖命令工部制造标准衡器，发给各地方官府和朝廷各衙门，凡是与朝廷衡器相差达十分之一者，以诈伪论处，严厉打击不法奸商，保障百姓的利益，绝对不允许出现谷贱伤农的事情。
而且朱载坖始终不允许全部折银，这点是朱载坖和张居正最大的分歧，张居正认为要尽可能的全部折银，才能够使得朝廷征收赋税简明方便，同时也方便调拨发给，建立以银钱、制钱为本位的财政体制，这点朱载坖并不反对，但是朱载坖始终反对全部折色，要求保证部分本色征收。