朱载坖不但对科道弹劾殷正茂、刘显等人予以袒护，同时还加大了对于缅甸的支持，对于殷正茂和刘显的要求，朱载坖立即指示军器监，予以满足，要生产符合在缅甸等潮湿环境下使用的军器。
除此之外，为了应对这些缅甸土司对于大明屯垦百姓的袭扰，朱载坖命令兵部和五军都督府、军器监将各处官军撤装的火绳枪的火器、刀矛弓箭等运往缅甸，将缅甸的百姓、军户等都武装起来，由官军派遣教官加以训练，负责教授这些百姓以一些武艺，对抗这些缅甸土人。
同时之前朱载坖所颁布的悬赏终于有了效果，在尼德兰人的帮助下，大明终于获得了金鸡纳树的种子，朱载坖随即命令在仰光府、琼州府等适合种植的州县大规模种植，以保证朝廷的药物需求，同时从吕宋采购大量的金鸡纳霜，以备朝廷之用。
除此之外，对于这些和朝廷作对的土司，朱载坖命令对他们实施封锁，不允许和他们进行任何贸易，尤其是食盐、粮食、药品、铁器等物，不准流入其中，官军也要在进出大山的交通要道上设卡封锁，将他们困死在山中。
同时指令中南总督殷正茂，颁布赏格，大明百姓能够斩首缅甸土司一级，给银三元或钱三贯，激励百姓动手杀贼，保护自己的土地。
因为缅甸和云南的铜矿对于大明来说是至关重要的，还有中南半岛上的粮食，这些对于大明都是极为重要的，所以朱载坖无论付出多少代价，都要将缅甸稳稳的守住。
除此之外，就是各种工场的建立，现在大明无论南北方经济的发展都需要大量的机械，朝廷除了在京师要兴建大量的工场以供朝廷的使用之外，也要满足地方和百姓的需求。
朱载坖开始认真考虑起来此事，在和重臣们商量之后，朝廷决定在广州再设立一座铸币厂，利用广州海关所收的白银，就近铸成银钱，还有从缅甸、云南海运来的铜料，就近铸造制钱，以供两广、岭南地区使用，这样可以增加朝廷的货币铸造量，以保证市场上货币充足。
同时对于四川、陕西等地，要由少府监等衙门组织推行银钱、制钱的使用，贯彻朝廷废两改元的命令。
对于矿禁，朱载坖认为可以有限度开放，对于铜矿、金银矿等干系到国计民生的重要矿产，朝廷是绝对不会放给个人经营的，对于煤铁等一般的矿产，民间在向官军缴纳一笔费用，按照产量予以榷税之后，可以由民间经营，人数不得超过二百人，不得与朝廷经营的矿产争夺矿产，也不得超过朝廷所划定的区域开采，不准超限开采，违者立即予以关停。
为了满足朝廷水师和官军的需求，在朱载坖的命令下，朝廷在南京、广州设立铸炮厂，解决朝廷水师所需要的火炮，以保证朝廷的需求。
除了对于矿禁的有限解除之外，朱载坖还解除了民间的船只建造限制，允许民间开办造船厂，但是不能建造二千料以上的大海船，朝廷按照船只造价向船厂征收营业税，按照船只吨位向船主征收车船税，对于这些船只，朝廷也要加强管理，征收赋税。
但是在大明领海之内，也要肃清海盗，在朱载坖的命令下，无论是沿海各省的近岸水师各镇还是大明的三支远洋水师，都出动对于海商的海盗、倭寇予以严厉打击，肃清海盗，同时朱载坖也命令水师要详细打探这些海盗的情况，尤其是这些海盗的构成，因为现在倭寇应该是不多了，现在还活跃在海上的，恐怕主要是大明和西洋海盗，朱载坖当然不会放过他们。
朱载坖发布诏书要求这些海盗限期向官府投降，否则朝廷就会出动水师将他们予以剿灭。
除了这些事情之外，就是要求吏部、户部重新对于大明的府州县予以划分，现在大明的府州县，都是大明初年所设立的，现在人口滋生，经济情况也有所变化，在这种情况之下，原有的府州县可能并不能够适应朝廷的管理，尤其是些内地卫所，在大明初年也许人口并不多，但是经过这么多年的发展，人口繁盛，就如同之前的天津三卫一样，卫所已经不再能够适应当地的情况了，所以朱载坖命令吏部和户部查照情况，设立相应的府州县，加强对于地方的控制。
然后就是巡检司的设立，之前朱载坖在北直隶广设巡检司，将没有户帖路引的流民强制向辽东等地迁移，现在朱载坖要推行这一办法，不仅仅实在京师、北直隶等处，在大明各地的交通要道，州县农村，都要设立巡检司，一来是维护地方的治安，处理在地方的为非作歹的这些流氓等人，同时对于那些到处流窜的流民，也要予以强制收容，将他们遣送到需要屯垦的地方去，为大明屯垦戍边。
对于城市里的打行等流氓团体，朱载坖也要求予以严惩，南北两京有五城兵马司和锦衣亲军负责，各地有各府州县衙门负责，将这些无业游民该遣送的遣送，涉案的依律审断之后交各处朝廷开设的矿场帮朝廷开矿，在朱载坖的严厉打击之下，京师等地的治安情况为之一变。
除了城市中的这些流氓之外，在北方还有大量的所谓绿林豪杰，这些人啸聚山林，打家劫舍，往往仗着自己所谓的山寨地势险要，朝廷不愿意出动大量官军去剿灭他们，地方官府仅凭手头的衙役又不能够剿灭他们，所以他们的日子过得很逍遥，但是朱载坖不会让他们这么逍遥下去了。
朱载坖命令出动京营、亲军诸卫和班操京军，对于整个北方的土匪流寇予以全面的肃清，将其中的匪首予以严惩，其余的人充作苦力，用于朝廷的筑路工程。
而南方各省则是出动本镇官军，清剿这些土匪，保障商路的通畅。