朱载坖命令厂卫在两京和重要的城市搜捕这些山人，同时刑部和巡检总署也要严密缉捕，命令各地的巡检司也要对于这些乱晃的山人予以严厉惩处，凡是没有路引、户帖的，一律当作流民处理。
同时命令礼部还有各提督学政，清理各地的生员、举子，对于这些生员，要严厉检查，尤其是那些取得了功名，既不继续参加考试，又没有正当职业的，地方官员和提学官要加以重视，对于这些人，提学官要专门组织考试，对于其中学问不达标的，要予以革除功名。
山人之中，除了一些生员举子之外，还有佛道中人，对于这些人，朱载坖也命令礼部对于这些人加强管束，不要以为有了度牒，就跳出三界外，不在五行中了，要严格控制度牒的发放，凡是想要取得度牒的，都必须经过僧录司、道录司的考试才行。
对于违规剃度出家的，要严厉惩处，还有那些把度牒当成通关文牒的用的，也要严厉禁止，命令刑部和巡检总署，对于那些拿着度牒到处流窜的，也要予以缉捕，严审其去向，无法说清的，就照流民处理，发缅甸、哈密、大宁、辽东等处屯垦。
对于晓谕大明文武官吏，不准豢养这些所谓的山人、门客等，一经发现，即以奸党论处，对于之前州县官员所聘请的师爷、幕友等人朝廷也要予以清查。之前大明的州县官员，往往自己聘任师爷或者幕宾，协助自己处理政务，朝廷一般也没有干预。
不过朱载坖很清楚，长此以往下来，朝廷和地方官府的行政能力会下降，之所以出现师爷，主要还是朝廷的州县正印行政能力不足和佐贰官的配置不足所导致的。
最开始的时候，大明也在地方各行政机构配置过幕属官，该官虽能起辅助地方官之用，但官员由朝廷铨选，长官不能自辟，往往还有替朝廷“安插眼线”之嫌，地方官员对之并不信任，影响双方之间关系。由此导致自正统之后，幕属官虽有幕职，但常被地方官弃之不用，转而自聘人员。此外，新任的总督、巡抚或提学道等官巡历地方时，因不熟地方事务，且未配人员佐治，多自行聘请人员。自行延聘之人普遍，幕宾应运而生。
现在大明的各级衙门中，上自督师，下至州县，甚至军镇，均有聘幕情形。一般的州县官员，聘两三个师爷是很正常的事情，县官最少是要聘请两房师爷，也就是钱谷和刑名师爷，钱谷师爷负责办理财税等事项。因地方征收、解送期限严格，逾期后果严重，轻则处分，重则被贬，所以正印官对于钱谷师爷一般都比较重视。
除了钱谷之外，就是刑名师爷了，刑名师爷要佐官审案，精通律例、成例、法令、办案程序及公文程式等。实际上，对于大部分的科甲出身的官员来说，刑名对于他们是很陌生的，他们大多都会将刑名交给师爷办理，在整个案件中，基本上都是师爷们在办理。
刑名师爷要负责拟批呈词，即审查诉状形式及控告人是否具备诉讼条件；酌定审期，传集两造和人证，为官员听审之前做好准备工作；幕后听审，即在庭审大堂后垂帘听审并出具庭审意见；制作司法公文，即发挥专业特长制作判词、详文等公文；审核驳诘案件，即复核下级上报的刑案、复审解送的人犯、查核案卷等。
而官员们一般只会象征性的升堂问案，一应事情都是由师爷包办。
而除了刑名、钱谷师爷之外，一些事务繁杂的地方，或者说州县正印的能力不济的情况下的，就不仅仅只需要钱谷和刑名师爷，还需要书启、挂号、征比等师爷负责协助州县正印办理各种的各种事务。
如书启师爷负责为正印官处理文书工作，草拟公私函件（包括呈文、信件、公告等）及其他应酬文字。书启师爷除文采较好，长于四六骈文之外，书法圆润干净，无错无漏，快而且好，方为能手。
挂号师爷主要负责管理公文、稽催公事。催办刑钱之事是其日常工作，在衙门中所起作用类似督办部门，需选力余于事之人担任。催督的具体方法是设立“号簿”，将待办公事编号记载，简要列出内容、期限及办理情况，如若期限将至需及时提醒刑、钱师爷，方能使办公事务得以及时处理、不违时限，衙门公文运转顺畅。有点类似于朝廷负责考成御史。
而征比师爷的考核征收钱粮，其原本辅助钱谷师爷办公，后因部分州县钱谷事务繁杂独立出来。实际上就是钱谷师爷中的一个特殊品种。
一县之地，正印官就是百事不通，依靠这些师爷也能够将一县之事打理的井井有条的。但是这样做的弊端是很明显的，师爷们与吏员把持官府，捞取好处的事情屡见不鲜，因为这些师爷们又不是朝廷的官吏，他们只不过是官员们聘请来的幕僚罢了，他们当然是有机会就捞钱。
归根到底，还是大明的这些科甲出身的官员行政能力太弱，无法承担起来罢了，还有就是州县官吏的人数太少，难以处理州县政务，唐代上州衙门品官二十一人，经制吏一百三十五人，按照唐制，县诸曹有录事、司功、司仓、司户、司法、司士、典狱、市令，两宋也基本上沿袭了唐制，两宋的官吏数量更多，而本朝一县之地，品官只有县令、县丞、主簿、典史和朱载坖后面设立的县尉。
至于经制吏，也比唐宋少的多了，县衙通常设有六房：吏、户、礼、兵、刑、工，每房配司吏一人，典吏两人。小县的吏员只有几名，大县则能达到数十人，还有一些河泊所等不太重要的衙门，可以说本朝的衙门在配置上是最寒酸的了。