朱载坖的要求是很简单的，就是朝廷必须加强在西南的统治，有步骤的削弱这些土司的实力，使得他们的不能对朝廷构成威胁，围绕此事，大明朝廷各部院展开了讨论。
首先上疏的是左都御史海瑞，海瑞是有着丰富的地方行政经验的，他在奏疏中认为：“募耕垦以资粒食，悬赏格以广招徕，戮讹匿以定烦嚣，差遣以绝需索，清邮递以节虚费。”就是要对人口、赋税、钱粮予以清查，同时要对于贵州的土司进行甄别，对于忠于朝廷的土司和附和杨应龙的土司要予以分门别类的处理。
海瑞在奏疏中说道：“环黔皆苗，安能尽杀？御以威信，总是良民。况六卫腴土尽多，全赖此辈耕垦，土司忠义亦尽有人。”
尤其是要约束官军，不能大开杀戒，官军在战场掌握绝对主动权后，还有将领不分顺逆，随意杀害百姓，杀良冒功。这种杀戮进一步恶化了贵州民族团结与地方稳定，严重掣肘了人口的发展和社会经济的恢复。
户部尚书鄢懋卿也上疏认为：“驭蛮夷之道 ，惟当安近以来远，不可因恶以累善，非实在左验，不宜捕戮。”对于这些土司，要予以甄别，一方面维护了忠顺土司的利益，拉拢在态度上犹豫、摇摆的土司；一方面打击和削弱反叛势力和，以儆效尤。
同时推行分土世官的制度，将这些土司的力量予以分散，分土世官由分土世守和分官世职两部分组成。分土世守即是将宣慰司土地抵作军饷和赏银，分给有功官兵世代耕种；归顺的夷目汉把所拥有的私土，仍由其自行耕种。分官世职则是对有功将士，根据军功授与官职，归顺的夷目汉把，在量土授职的基础上，结合其在地方上的影响力，以及在朝廷平叛期间的表现，授与相应的流官职位，可世代承袭。
这样一方面将大土司的力量予以削弱，另外将部分将士就地安置，增加朝廷的贵州的力量，团结大部分的中小土司，先将大土司变成中小土司，降低朝廷改土归流的难度，就是将分土世官作为朝廷改土归流的前置程序，这样可以降低改土归流的难度。
对于仍旧不恭顺的土司，那就只有采取军事打击的手段了，兵部尚书汪道昆上疏到：“各夷致起叛目之衅，穴斗不休。一旦夭亡，天实绝之，当夷运告终，机会可乘之日，即迅发一旅犂庭扫穴，以除积恶而快公忿，似亦机势之可乘。”对于那些敢于造反作乱的土司，朝廷就要坚决予以打击，将其剿灭，然后设置州县，予以镇压。朝廷的目的就是始终团结大多数的中小土司，打击大土司，一步步的削弱这些土司的力量，最终实现改土归流。
对于土司，要采取不同的处理办法，对于作乱的播州，自然是要毫不留情的予以打击，坚决实施改土归流，以变夷俗，同时大置卫所，添设兵备，以期实现俟二三年间，田均食足，兵治民安，政教修举，远近怀柔的局面。
而对于贵州的其他土司，则要根据他们的势力强大与否，对朝廷的态度，和在这次剿除杨应龙中的表现，作为朝廷处置的依据。
除此之外，朝廷要做的就是加强在贵州的实力，只要朝廷的实力强大了，这些土司才会心甘情愿的归附于朝廷，不敢作乱，从而为朝廷推动改土归流创造条件。
兵部具折上疏称：“边鄙虽安，不可忘战。制夷之法，必先内固。有兵无城，则防御不固；建城不广，则授应无资。黔中地瘠无粮，不难于无险可据，而难于鲜戍守之卒。然事屯筑，据肥饶，而又以威信抚御，诚治荒服之要策也。”
朝廷要在贵州大修城堡，以控制贵州，同时官军控制交通要道，将这些土司割裂开来，使得他们互相不能呼应，即便是作乱，也很难做大，经过练兵军务处、五军都督府和兵部的会商之后，认为在平播之后，建城36座，改建城楼1座，展拓城楼2座，完固城楼3座；新建石堡4座，以达到“分之则棋布星罗，成犄角之势；合之则声势相倚，为指臂之用。或扼要建城，以通卫路往来；又或距险多建城垣，以制贼苗出没。”
同时，为了实施分土世官政策，还要将将众夷目纳入贵州布政司的直管范围内，加强朝廷对于他们的控制，同时广布卫所，在贵州都司下增设卫所，加强朝廷对于贵州的控制，从三岔起至乌江，在鸭池、敷勇各设一卫，在铁王旗、息烽各设一直隶守御千户所。在敷勇卫内设六广、虎场、九庄、乌粟四千户所隶之，另设扎佐、小索桥、凹绞三哨以隶之。
鸭池卫内设大索桥、簸箕陇、乾沟、乐平四所隶之，另设七百房、安家桥、麦城三哨以隶之。铁王旗直隶守御千户所内设山京、下窝、化处、蒋义、架底五哨隶之。息烽直隶守御千户所内设乌江、明家渡、落邦、开科四哨以隶之。总的说来，新设的卫所不仅包括播州，还有很多水西土司的地盘，从三岔起至乌江，沿六广河岸共设 2个卫指挥使司、2个直隶千户所、8 个卫属千户所、15个哨。
同时修复驿站，加强毕节、赤水两卫，通过大建卫所哨，以期达到联滇蜀、驭夷、通商的三重目的，保障贵州的长治久安。
朱载坖批准了相关的奏疏，同时向平播大军再次下达上谕，第一，严明军纪，朝廷只剿杨应龙，附逆者只要能够归顺大明，官军就不予征缴，严禁杀良冒功；第二，要求贵州各土司表明态度，是从贼附逆还是心向朝廷，必须明确表示；第三，对杨应龙等一干首逆，发布赏格，鼓励播州的百姓和土司杀杨应龙以献城，朝廷一样给予赏赐。
同时严令赵锦、沐昌祚，对于杨氏，务必要诛戮阖族，任何敢于藏匿杨氏子孙的，都视同附逆，予以剿灭。