在大明臣子们眼中，打仗是一件浪费银钱的事情，不管是士卒的军饷赏赐，各种军器的损耗，还有战后的军功，大明每打一场仗下来，总是要消耗不少的钱粮，但是能够收回的钱粮成本是很少的，这和大明之前进行的主要是反击蒙古入寇的战争还是有很大的关系。
这些蒙古人本就穷困，再加上大明往往是反击蒙古人入侵，即便是战胜蒙古人，能够缴获的东西也非常有限，无非是些牛马羊之类的牲畜，对于朝廷来说，肯定是入不敷出的。
但是和佛郎机交战就不同了，佛郎机拥有海量的金银矿，肯定是不缺银子的，而且吕宋对于佛郎机来说十分重要，吕宋的位置首先就是佛郎机不能放弃的，这是佛郎机在东方的一个重要的桥头堡，佛郎机商人可以在此停泊，休整，然后前往大明交易。
控制了吕宋，对于佛郎机来说就等于控制欧洲到大明航路上的关键节点，对于佛郎机来说，是保障佛郎机贸易优势的重要保障，同时吕宋本身对于佛郎机也是有极为重要的意义，对于佛郎机来说，吕宋及附近所出产的香料对于佛郎机乃至于整个欧洲都是十分重要的，欧洲需要大量的香料，而这些香料主要就产自于南洋，所以朱载坖很清楚，佛郎机不会轻易放弃吕宋的，因为吕宋所出产的大量香料，使得佛郎机挣够了银子，他们才不舍得放弃吕宋呢。
只要大明水师能够完全压制住佛郎机人，在谈判桌上就可以占据主动权，朱载坖认为，要在谈判桌上向佛郎机狮子大开口，要佛郎机向大明支付大笔赔款才行，这个事情在之前也并不是没有发生过，两宋向辽、西夏、金所支付的岁币、岁赐，也都是这个意思。
朱载坖显然就是要向佛郎机要这个银子，对于大明臣子们来说，似乎有些不太好开口，但是朱载坖已经有人选了，朱载坖只是命令户部把账记好就好。
朱载坖专门给水师官兵下达旨意，所有缴获的佛郎机船只、货物都由水师各级官兵分润一半，剩余的物资上缴国库。但是朱载坖有一个要求，就是不准滥杀，还有就是这些船只都要完完整整的带回来，这些都是谈判的筹码。
在朱载坖的命令之后，从隆庆十六年开始，大明海关总署就中断了和佛郎机的贸易，各处大明港口的佛郎机船只、商人当即就被大明海关和缉私水师所扣押，各镇水师则是在近海缉捕佛郎机商船，南洋、缅甸水师则是直接进逼吕宋岛，将吕宋港口予以封锁，不准任何船只出入。
在得知大明水师前来之后，吕宋的佛郎机人当然很清楚为什么大明水师会出现在吕宋海外。但是令他们有些惊慌的事，不仅仅是大明水师，还有就是尼德兰的水师也与大明水师联手了，佛郎机驻吕宋岛的总督连忙派人和大明水师沟通，想要谈判。
但是俞咨皋和邓子龙已经提前得到了朱载坖的密旨，先打了再说，给佛郎机人长长记性，所以俞咨皋、邓子龙在和尼德兰人汇合之后，随即指挥官军水师战舰炮击佛郎机在吕宋的总督府所在地马尼拉，作为佛郎机在吕宋岛上的统治中心，佛郎机人在马尼拉的巴石河南岸建立了城堡和炮台，同时马尼拉港口也是佛郎机舰队的锚地。
面对大明官军的强势，佛郎机驻吕宋的水师也还以颜色，但是由于官军的船只和火炮都远远多于佛郎机，同时这些船只被官军堵在港口之内，射界不佳，俞咨皋、邓子龙用小船满载引火物以火船撞击这些佛郎机船只，试图使用火攻，官军将佛郎机人堵死在城堡中。
然后派出小船和士卒上岸，搜寻大明百姓，很快就找到了当地的华侨，从当地华侨口中，俞咨皋、邓子龙得知了吕宋岛上的惨状，原本吕宋岛上有华侨三万余人，在岛上开垦土地，从事工商贸易，大到富商巨贾，小到走街串巷的游商，大多都是大明百姓。
虽然朝廷在南洋的军事实力逐渐增加，佛郎机人担心吕宋岛上这些华侨日后为大明所用，同时这些佛郎机人垂涎于华侨的财富，故而和当地的土着联合起来屠杀华侨，佛郎机驻吕宋的总督命令佛郎机军队头目丧心病狂地命令士兵“不要放过任何人，遇到即杀”，“在路上、在别处，都毫不迟疑地遇到即杀，尽量多多地砍杀”。
还有这些当地的土着也参与进来，趁火打劫，抢掠、屠杀华侨。
得知此事的俞咨皋和邓子龙大怒，一面安排船只将这些百姓送往缅甸，一面将吕宋岛上所发生的事情奏闻中南总督殷正茂，请殷正茂代奏朱载坖，同时调遣官军上吕宋岛。
除此之外，俞咨皋指挥官军水师中抽调部分水手，在水师火力支援下将佛郎机的马尼拉要塞予以包围，水师的重炮轮番炮击马尼拉要塞，不准接受佛郎机人的投降，同时派遣船只去寻找逃散到吕宋岛上各处的华侨，尽可能多的营救这些华侨，路上遇到的土着，一概杀之，这些人也是帮凶。
佛郎机总督向俞咨皋请求谈判，被俞咨皋断然拒绝，这会想起来谈判了，你早干什么去了？俞咨皋要求佛郎机人先将杀害大明华侨的凶手交出再说，否则的话，大明和佛郎机没有什么可谈的。
同时，朱载坖给佛郎机国王的诏书也通过尼德兰人送往欧洲去了，朱载坖的诏书措辞极为严厉，在诏书中说道：“大明世守疆土，不欲言兵。然尔国侵我属国，杀我良民，何可胜言？其或听信奸徒煽惑执吝，贪保昏迷，不共恃远．抗拒不听，资还当断绝海舶，不得西行。仍听诸吏兵同其家．愿报仇者，一风张帆千艘并出，乡音难辨．玉石俱焚。或复听各贡市诸国二百年忠顺者．许其部落驱兵合剿，即以吕宋赐为市舶。提举有司再请天讨，则如播州之白骨在望也。”