现在朝廷的注意力也被其他的事情所牵制了，朱载坖突然命令厂卫缉捕颜山农和何心隐，在朝廷内部引起了很大的波澜，很多人认为这两人不过是一介腐儒，虽然说话行事往往有些狂放，但是也不至于要动用厂卫加以缉捕。
很多人认为这是首辅张居正在朱载坖面前求恳的结果，因为张居正对于这些所谓的山野逸人一向是非常之讨厌的，所以极有可能是张居正在背后为朱载坖出谋划策，所以一时之间很多人上疏，申救这二人，同时不少官员通过私人书信等方式，请求张居正网开一面。
南直隶学政耿定向更是上疏朱载坖认为，何心隐这些人本就是一狂徒罢了，朱载坖不必理会，任其游荡，于国无伤，但是朱载坖现在动用厂卫予以缉捕，反而是他们名声大噪，学说流传更广，这不是和朱载坖的本意相违背吗？所以根本就不应该搭理他们。
朱载坖很明白耿定向的意思，不过是想申救他的心学同门罢了，朱载坖以严旨对于耿定向予以申斥，朱载坖在上谕中说道：“彼等敢倡乱道，惑世诬民，煽惑人心，品题朝政，何言无碍？耿定向是党护也？若再有上疏渎扰者，以奸党论处！”
朱载坖的上谕下达之后，原本喧腾不已的朝廷一下子安静下来了，奸党这个罪名实在是太大了，这是要抄家灭族的大罪啊，这些官员们还没有这么傻，为了两个所谓的山人把自己的身家性命搭上去。
随后朱载坖亲自下达了一份上谕道：“王守仁学术原与宋儒朱熹互相发明，何尝因此废彼？近来朝廷为此喧嚷，朕甚不解，其谓各立门户者，必离经叛圣，如老、佛、庄、列之徒而后可。若守仁，言“致知”出于《大学》，言“良知”本于《孟子》。献章言“主静”，沿于宋儒周敦颐、程颢。皆阐述经训，羽翼圣真，岂其自创一门户耶？事理浩繁，茫无下手，必于其中提示切要以启关钥，在宋儒已然。故其为教，曰“仁”曰“敬”，亦各有主。独守仁、献章为有门户哉！其谓崇王则废朱者，不知道固相成，并行不悖。盖在朱时，朱与陆辩，盛气相攻，两家弟子有如仇敌；今并祀学宫。朱氏之学，昔既不以陆废，今独以王废乎？”
虽然朱载坖在上谕中说道：“比来所谓朱王之争，朕深为不解。尔等托名讲学，实为结党。况清谈之弊，青史可鉴，尔等欲为王衍，使神州陆沉，朕不为晋主也！彼等终日清谈，论之守仁，而气节如守仁，文章如守仁，功业如守仁者，万中无一也！朝廷选官取士，所为经国济世也！若王衍之辈，朕必加以诛戮，不使神州陆沉也！嗣后再有清谈结党，品官主持者，以奸党论之，勿谓言之不预也！”
朱载坖的上谕下达之后，首辅张居正立即上疏表示支持，张居正在奏疏中说道：“圣明烛照，莫过于此，一以明真儒之有用，而不安于拘曲；一以明实学之自得，而不专于见闻。所以正士风，明官体是也！”
明眼人都看得出来，这是首辅和朱载坖两人明着演双簧呢，但是又能怎么办？现在这些所谓的讲学、清谈，确实已经严重影响的大明的行政效率，官员们热衷于讲学，怠惰于政务，这都是朱载坖和张居正所无法容忍的。所以朱载坖才以上谕的形式加以整顿，对于这些人，朱载坖当然不会手软，要严厉予以整顿。
而朱载坖也去信徐阶和李春芳，详细向他们两人说明了朱载坖为什么要这么做的原因，同时请求两位心学大佬以他们在名义号召这些心学门徒，学习王阳明的功业，王阳明之所以能够被入祀孔庙，不仅仅是因为王阳明的学术，更是因为他的功业，朱载坖并不反对心学，但是反对清谈，王阳明所提的事格物致知和知行合一，而现在这帮心学后辈，哪有像王阳明那样的本事呢？
除了清谈心学之外，无一建树，朝廷对王阳明加以旌表，为了就是激励官员们为国立功，办实事的，而不是一天到晚讨论学术的，所以朱载坖请求两位心学大佬出山，重新引领心学回到正轨上来，去空谈而重格物，要学王阳明的功业，而不是坐着清谈。
除了收拾这些清谈的文官之外，朱载坖还对天下的僧道予以清理，这些所谓的僧道，现在也越来越多的想要干涉朝廷，因为王学与禅宗的关系很深厚，很多的所谓讲学也在寺院中举行，朱载坖对于这些僧道，尤其是僧人是极为不满的，他们往往利用这种关系，为自己谋取利益，扩大佛教的影响力。
朱载坖下旨给礼部：“我朝定制，每府僧道，各不过四十名，每州各不过三十名，每县各不过二十名。今天下一百四十七府，二百七十七州，一千一百四十五县，共该额设三万七千九十名。今天下之僧道，远胜此数，该部为何不奏闻？自隆庆十六年起，停发度牒，使僧道人数合制后，方准发给。”
朱载坖在上谕中严厉斥责道：“此非天地别生一种之人，不过出于军民匠籍之家，即今天下军卫有司工役衙门，军多缺伍，匠多缺役，里甲籍册日见凋耗，皆由此等之徒，躲重投轻，舍此入彼，若不早为限量，将恐天下之人，皆流而为僧道之类，其为贻患，不可胜言。各该关津把截去处，严加盘诘阻当，仍行锦衣卫五城廵视监察御史严督各兵马司僧道录司，逐一挨查，各处寺观，不许容留在外僧道行童在内潜住，取具住持人员，不致扶同容隐结状缴报，违者坐赃问罪。无度牒之人发回原籍当差，京城内外官员军民之家，亦不许容留僧俗混杂，有坏风俗，事发一体究治，其有内外衙门及僧道人员或假救荒等项为由，妄行奏扰者，仍听科道官指实参劾问罪。”
对于这些假和尚，朱载坖是毫不客气的，直接要求予以严厉打击。