朱载坖一方面命令吏部和相关的部院衙门清理核实大明现在所有的文官和职务，同时和内阁，还有部院堂官还有地方督抚商量，朱载坖要厘清大明的中央和地方官制，各衙门，还有省道府州县的各级官员，内设机构也都要予以编定，既要保证朝廷对于地方的严格控制，又要控制官员的数量，厘清各部门的权责。
首先当然是大明的一县之地，作为朝廷最基层的衙门，县是很重要的，州县官员都是亲民官，其职能涵盖地方行政、司法及教化，通过分田里、令贡赋等方式行使治理权 。州县官需体恤民隐、亲自处理实务，建立官民间的拟制血亲关系与情感联结 。亲民官的施政行为直接影响民生，如革除弊政、调整税赋，成为朝廷政策的实际执行者。
历朝历代对于这些州县亲民官都是极为重视的，朱载坖也同样重视这些州县官员，以大明之前的一县之地来说，设知县一员，掌管全县政令；县丞一员，掌管粮司、征税；主簿一员，掌管户籍、巡捕；典史一员，掌管缉盗、盘诘、监察、狱囚；税课大使一员，掌管商税；教谕、训导一员，掌管教育、选举；驿丞一员，掌管邮递；另有阴阳训术、医学训科、僧会司、道会司、急递铺等职能部门，各执其事。
后来朱载坖又增加了县尉一员，专司刑狱，将主簿的刑狱、安定地方的权力交给了县尉，由县尉负责地方的兵防、刑狱之事，但是这个县衙的配置也并不是一定，朱载坖和内阁、吏部等相关衙门还有地方督抚也要一道商量，对于一些地位重要，赋税众多，还有处于交通要道的县，要根据实际情况配置官员。
如东南等赋税、诉讼繁杂的州县，要设置专员来管理这些事情，要根据实际情况，配置管粮主簿，专门负责赋税的征收，协助县令、县丞征收赋税，保证朝廷的赋税地方的诉讼能够得到有效的处理，同时为了加强对于地方的控制，还要将乡里的事务直接交由主簿等佐贰官处理，增加典史，直接管理乡一级的政务，将朝廷的行政机构直接下放到乡里，加强朝廷对于地方的控制，结束皇权不下县的传统，剥夺这些地方士绅们干预县政的权力。
除了官之外，对于县衙来说，还有数量庞大的吏员和书算、杂役等人员，吏员是由朝廷任用、在吏部注册、地位低于官的公职人员，大致相当于现在的公务员。
书算包括书手、算手，书手又有主文、贴书等多种称呼，是从百姓中佥雇，辅助吏员办理文书、会计事务的人员，大致相当于现在的事业编。杂役多从事跑腿、缉捕盗贼、收税等苦力工作，大致相当于现在的辅警。
对于一县之地的行政来说，吏员是十分重要的，官主决策，吏负责具体执行。大量的刑名、钱谷、行移文书等工作是依靠吏员来完成的。基本上具体的行政事务都是有这些吏员包办的，所以这些吏员在基层的行政中也是极为重要的，根据吏部的统计，现在大明一共的经制吏员是六万八千余人，大部分都供职于地方州县衙门。
吏主要在县衙的各房科中办事，处理案牍文移事务。县衙大堂两侧一般设有吏、户、礼、兵、刑、工六房，政务较为冗杂的县还从中分出粮科、马科等。
县衙中的承发房、架阁库也设有吏。此外县中的儒学、巡检司、税课局、递运所、水马驿、河泊所、仓库、闸坝等机构均设有吏。
在县级机构中设置的吏的名目有司吏、典吏、承发、驿吏、攒典等。看似吏员的数量远远多于官员，但是实际上对于很多县衙来说，吏员的数量是远远不够的，这是因为朝廷在之前有过明确的旨意：正统元年奏准，天下裁减衙门，每房止存司吏一名，典吏二名。
而实际上，最大的县也不会有超过30名经制吏。分摊到全国一千多个县，则每县平均设吏十余名，与制度规定大致相符。但是偌大一个县，仅仅依靠数名官员的十数名最多不过三十名的经制吏员，显然是无法管理的，所以地方衙门大量招募所谓的书算手，来协助官府处理政务，而这些被雇佣而来的书算往往鱼龙混杂。
左都御史海瑞是有着丰富的地方州县经验的，他就痛陈书算之弊道：“所在守土等官辄便奏开生员、吏典人等纳粮草、纳银两等项事例，遂为长策一切小民，不分能书与不能书，不分市民与农民，一概听缺充吏，不惟官司不得伊书办文案，且有违旧例。更其三考役满，又免考验，一概照依资格出身，所以多不称职。”
乡里间的书手负责编制册籍，会计都图、里甲钱粮，作弊更无忌惮。东阁大学士申时行也对此深有体会，他在给朱载坖的奏疏中称：“大率钱粮之事，最为难明，惟老书宿猾，深知弊源来历。”
这些书算手往往和吏员们一道，把持县政，架空官员，因为他们本身就不在大明的官僚体系之中，所以做起事来就更加的肆无忌惮，丧心病狂了，朱载坖这次就要解决这个问题，用朝廷的经制吏员取代这些书算手。
朱载坖命令朝廷会同吏部及地方相关衙门，根据所在地方的赋税、人口和事务的繁杂情况，确定州县的官员和吏员的数量，增加州县的吏员编制，尽可能的减少书算的数量，因为现在朝廷对于吏员毕竟也实行考选，吏员的素质相对提高，严格限制地方随意招募书算手，地方招募书算，必须要报请布政使司上呈吏部同意之后才行，对于书算手也要登记造册，控制地方衙门的规模。
除了州县亲民官之外，地方府道、布按二司也是一个重点清查整顿的对象。朱载坖与阁部重臣们也要详细商量此事。