对于按察使司和大理寺分司的关系，这个也是这次官制大调整的重要问题之一，因为在地方，实际上有三个承担的司法职能的机关，首先当然是按察使司，其次是大理寺分司，还有就是巡按御史，他们之间的关系和他们和府州县司法官员的关系都必须要厘清，否则的话就会产生互相推诿塞责的事情。
原本朝廷为了限制地方权力，对于按察使司的司法权力限制的很死，按察使虽然掌管全省的刑名案件，其审理权限仅仅限于徒刑以下(包括徒刑)的案件，徒刑以上的案件必须报到刑部审理。就是怕地方官员滥用刑罚，也是朝廷慎刑思想的体现。
对于这种慎刑思想，朱载坖当然也是予以认同的，但是这样一来，刑部的压力就非常之大了，大明这么大，各种案件最后都要上奏刑部和大理寺复核，显然是不可能的，所以朱载坖认为将部分案件下放给按察使司和大理寺分司，减轻刑部和大理寺的压力，同时提高效率，使得刑部和大理寺能够专注于重大案件和死刑的复核。
朱载坖认为，流刑以下的案件，按察使司审结之后，将人犯及卷宗移送大理寺分司复审，如果大理寺分司复审无误，即可生效，若大理寺分司复审之后仍然认为有疑点的案子，应该将其上奏刑部、大理寺处理。
同时对于死刑的复核，在按察使司上奏刑部之后，大理寺分司也要提审嫌犯，单独制作相关卷宗，与巡按御史一道会审，将大理寺分司复核的情况单独上奏大理寺，以供大理寺在复核的时候参考。
还有一个重要的问题就是要理顺地方官府和按察司的隶属关系、权责划分，朱载坖在和重臣们商量之后认为，县尉作为朝廷的基层司法官员，他们主要负责轻微案件和地方的民事纠纷的处理，如杖刑的判决等，县尉可以立即判决并且执行，徒刑县尉可以判决，但是必须要报请州府推官复审之后，报按察使司复核，但是徒刑以上，就不是县尉能够处理的了。
徒刑以上，县尉无权处理，只能收集证据、口供等，上呈州府，由推官负责审断，尤其是涉及到人命重案，必须由州府一审之后，上报按察使司和大理寺分司二审才行，同时州县推官也主要接受按察使司的管理，而不是正印官的管理，目的就是逐渐剥夺正印官的司法权，将司法权归属于法司而非地方官府，州县正印专注于行政。
而按察使司最重要的职能就是统帅一省的巡检司和管理户帖，统计人口，这是朝廷赋予按察使司的重要权力，朱载坖很清楚，按察使司在地方的重要职能是维护治安，而治安的维护主要就是通过各个巡检司来完成的，对于盗匪的缉捕、剿灭，是按察使司的重要职能，负责巡检司的按察副使要负责对于一省的盗匪剿灭、户帖登记、巡检司的训练，同时和地方官府协调，对于大股的流寇，与地方官府、卫所一道予以扑灭。
对于按察使司下设的各道，也要予以统一，将清军和整饬兵备合二为一，称整饬兵备清军道，负责辖区内部的清军、缉捕逃兵、核实军籍、检查军储、军器等事项。
还有就是驿传道，负责整顿辖区内部的驿站，保障朝廷的文书转递，除此之外，重要的就是总督、巡抚衙署的官吏配置，之前这两个职务都是钦差性质，总督、巡抚衙门都没有一定之规，完全是随心所欲的设置，巡抚衙门未设佐贰官，日常事务由六房书吏及幕友处理，正式编制仅巡抚一人。
之前很多督抚也强调：“官府衙门不能不用吏役，外官衙门不能不兼用幕宾，得其人可收指臂之助，非其人遂成切身之害。”
但是当过多年督抚的右都御史杨继盛直接指出这种情况的弊端，他说道：“陛下，吏役之设，各衙门不能不用，但官用之以任使，百姓畏之如虎狼，且此等人数既多，平日更可倚仗官势朋比为奸，无弊不滋，无恶不作。”
这些部院重臣们大多都有督抚经历，对于总督、巡抚衙门的设置还是有一些经验的，虽然总督、巡抚衙门的架构大多和督抚们的习惯有关，但是还是有一定之规可循的，首先就是人员，督抚衙门中主要有三种人，其一是督抚延聘的幕客，有的充当参谋顾问，有的分管各项具体工作，是衙门中高级办事人员；其二是胥吏，胥吏是衙门中负责办理某项事务或办理文书的书吏；其三是衙役，这是衙门中低级的专司拘提奔走的人员。
其次就是内设部门的设置，这点上各督抚衙门都是大同小异的，督抚衙门的办事机构一般设有吏、户、礼、兵、刑、工六房，分房办事。这样，上可与朝廷的六部相对，下可通过布政使、按察使等机构统辖指挥各府、州、县的各项事务。
吏房负责统辖所属官吏的考课及候选官员等事项；户房统管每年赋税、丁差、杂课等项；礼房经管春秋二季祭祀、考试、学校、庆贺等项事务；兵房经管门房、民壮、驿递、夫马等事；刑房统管人命、盗逃、词讼、保甲等重大司法工作；工房管修造和置办各种军需等。各房均雇佣胥吏若干名，负责办理日常各项事务。
还有督抚的中军副将一员，负责统帅抚标营和督标营，文武巡捕各一人。文巡捕负责充当高级文职官员谒见总督的礼宾员；武巡捕负责充当高级武官谒见总督的礼宾员，并负责维护衙署内部之正常秩序。设监印委员一人，专管典守钤盖总督关防。设收呈委员一人，负责收受所属文武官员及民人百姓的呈词。
这些基本上就是督抚衙门的架构了，朱载坖认为，要予以正规化，就是用朝廷的官吏来替代这些所谓的幕宾、胥吏、书办等，使得督抚衙门成为一个正常的大明衙门。