这次的交锋对于张居正来说可谓是亏大了，洪朝选一个刑部尚书换掉了张瀚一个吏部尚书，对于张居正来说无疑是亏麻了，使得张居正能够有效的掌握吏部，现在已经成了一个问题，自己倒真是小看了申时行，虽然申时行一向低眉顺眼的，但是每想到动起手来是一点都不客气，出手就是杀招。
既然申时行已经出招了，张居正自然也不会客气了，在张居正的授意下，大批官员们上疏弹劾礼部尚书徐学谟，弹劾徐学谟的原因也很简单，就是徐学谟不当担任礼部尚书，因为自从正统以来，礼部尚书非翰林不授，惟席书以言“大礼”故，由他曹迁；万士和不由翰林，然先历其部侍郎。学谟径拜尚书，有违国朝定例，应当予以罢免。
而且言官们认为，徐学谟之所以能够超拜礼部尚书，是因为他和大学士申时行的姻亲关系，他们不仅是苏州乡党，还是姻亲，理应将徐学谟的礼部尚书予以罢黜，不得不说张居正的反击是非常之凌厉的，张瀚刚刚被罢黜，张居正就立即准备将徐学谟拉下马，而且徐学谟是现在申时行在部堂中唯一的坚定盟友，要是将徐学谟撵出朝廷的话，对于申时行来说是极为不利的。
但是御史弹劾的理由使得申时行不得不避嫌，毕竟徐学谟和他确实是乡党，而且是姻亲关系，申时行也遭到了弹劾，不得不闭门待参，眼见事情闹得越来越大，朱载坖也不想因为此事搞得整个朝廷不安宁，于是召见了首辅张居正，朱载坖说道：“眼下朝局不稳，首辅还要多尽心啊。”
张居正赶紧答应下来同时请求朱载坖下旨让申时行回内阁视事，但是对于徐学谟的事情，张居正绝口不提，朱载坖明白张居正的意思，就是要将徐学谟拉下马来，好剪除申时行在六部的势力，对于这些大臣之争，朱载坖是不愿介入的，但是朱载坖的底线是不能因此影响朝廷的稳定，在交代了此事之后，朱载坖命令东阁大学士申时行回阁理事。
而徐学谟也确实是顶不住这么多官员的上疏，主动请辞，朱载坖也予以批准，调徐学谟担任操江提督，眼下六部尚书去位一半，朱载坖很清楚，不能因为此事影响到了朝廷想行政，必须从速决断，免得事情迁延。
朱载坖于是不等臣子们上疏，直接下达上谕，调太常寺卿杨时乔升任礼部左侍郎署部事，杨时乔是嘉靖四十四年的进士，颇有治绩，朱载坖对他有印象是因为在朱载坖即位之初，杨时乔就向朱载坖上疏，陈述大明现在的弊端，杨时乔在奏疏中称：“几之当慎者三，以日勤朝讲为修德之几，亲裁章奏为出令之几，听言能断为图事之几。弊之最重者九：曰治体怠弛，曰法令数易，曰赏罚无章，曰用度太繁，曰鬻官太滥，曰庄田扰民，曰习俗侈靡，曰士气卑弱，曰议论虚浮。势之偏重者三：宦寺难制也，宗禄难继也，边备难振也。”
后来朱载坖将他外放地方，在地方上杨时乔推行新政也颇为得力，而且杨时乔是从湛若水弟子吕怀，对于现在大明好谈玄的风气极为不满，杨时乔曾经上疏给朱载坖称：“佛氏之学，初不溷于儒。乃汝芳假圣贤仁义心性之言，倡为见性成佛之教，谓吾学直捷，不假修为。于是以传注为支离，以经书为糟粕，以躬行实践为迂腐，以纲纪法度为桎梏。逾闲荡检，反道乱德，莫此为甚。望敕所司明禁，用彰风教。”
朱载坖用他署礼部事，就是要整顿官风士风，扭转这种好空谈的风气，除了礼部之外，最重要的自然是吏部了，朱载坖很快就有旨意传出来，而且是令很多人想不到的旨意，朱载坖任命左副都御史温纯为吏部左侍郎，这大大出乎了所有人的意料，他们怎么都没想到是温纯担任吏部左侍郎。
温纯是陕西三原人，嘉靖四十四年进士，虽然看起来资历不深，但是从知县、御史、巡按御史、巡抚、都御史都曾经担任过，入仕之后主要就是在都察院工作，是言官中的佼佼者，温纯确实是个不错的官员，在担任左副都御史的时候，从自身做起，一切从简垂范下属。惩恶吏、奖忠义、褒廉孝、劝耕读，力扼佛堂寺庙建造之风。得到左都御史海瑞的赞许。
更加重要的是，温纯的老师是原吏部尚书王用宾，虽然王用宾已经故去，但是他可是在嘉靖朝为朱载坖有保驾之功的，朱载坖即位之后，曾经请王用宾出山，但是被王用宾以老病为由所拒绝了，王用宾向朱载坖举荐了一人，就是温纯，王用宾认为温纯正直，必能毅然自立，不负君国。
所以朱载坖对于温纯在暗地里是很关注的，对于温纯也很满意，这次果断决定启用温纯为吏部左侍郎，除了王用宾当年的推荐之外，还有一个很重要的原因，就是温纯在朝廷无党无群，让在吏部，充当朱载坖的眼睛是很重要的。
见朱载坖已经任命了礼部尚书和吏部左侍郎，仅剩吏部尚书的人选没有确定，张居正果断上疏向朱载坖推荐方逢时，希望朱载坖能够任命方逢时为吏部尚书，而申时行也向朱载坖上疏，力推王锡爵。
朱载坖一时之间有些拿不定主意，方逢时也算是有能力的重臣了，而且朱载坖很清楚，张居正作为首辅，如果不能控制吏部的话，威望将大为降低，朱载坖还需要张居正帮他推动新政，而且现在吏部已经有温纯了，调方逢时来似乎也不错。
但是另一方面来说，申时行在六部中的唯一支持者徐学谟已经被赶走了，现在申时行的实力确实不济，朱载坖应当予以扶持，而且王锡爵也算是朱载坖所看好的臣子，这其中的取舍，确实是让朱载坖有点无法决定。