在丰臣秀吉撤离之后，将留守京都的部队也全部撤走了，而李如松所统帅的官军却没有第一时间前往接受京都，要知道京都再怎么说这些倭国的首都，还是有很多富商豪门居住在此的，在丰臣秀吉撤军之后，京都就陷入了混乱之中，各种浪人、流氓就都出来来，这使得京都的这些富户有些担忧了，虽然他们也豢养了一些浪人，但是一旦京都大乱的话，对于他们来说绝非好事，所以他们赶紧派人请求李如松的大明官军迅速进驻京都，维持治安。
但是李如松表示，官军在之前和倭军的交战中损失过大，需要休整，暂时不便进驻京都，这些富户们当然明白了李如松的意思，赶紧凑了十万两银子犒赏官军，李如松收了银子之后将银子散给了官军士卒，然后拔营起寨，向京都进发，但是伏见城原本距离京都很近，官军行军却极为缓慢。
而原本在城内小打小闹的浪人、土匪，听说官军大军开拔之后更是加紧机会在京都城内打家劫舍，甚至开始放火焚烧这些富户的房屋，越来越多的人开始加入劫掠的行为，官军的尖哨将李如松汇报京都城内起火了之后，李如松当即命令官军立刻开始行动，官军以骑兵封锁京都各门，然后步卒入城，以维持京都秩序，打击暴徒劫匪为由在京都大肆清剿，当然清剿的主要对象就是这些劫匪和倭国的富户，不从他们手中弄出些银子来，官军士卒们怎么肯罢休。
而在京师，大明朝廷也在讨论今后的经略之策，从徐渭的奏疏来看，官军在倭国是连战连捷，很快就能够将德川家康和丰臣秀吉予以消灭，大明控制倭国已经是时间问题了，朱载坖这个时候才将徐渭之前的倭国善后疏拿出来交阁部重臣讨论，商讨倭国的善后事宜和大明的下一步行动。
徐渭对于倭国善后事宜，提出了一整套完整的方案，主要是消弭倭国的抵抗力量，对于倭国进行无害化处理，使得倭国不再能够对大明造成威胁，对于徐渭的这个奏疏，朱载坖和重臣们是赞同的，按照徐渭的的这个方法，能够将倭国控制住，而且要利用倭国的金银、铜料、硫磺等资源为大明所用，将倭国逐步予以同化，为最后的郡县化提供条件。
而对于大明今后的经略方向，则是朝臣们所激烈辩论的，不少官员们认为，大明从开海以来，海上的贸易为大明带来了巨大的好处，不仅缓解了朝廷的财政危机，而且从南洋来的粮食等各种物资对于大明来说也是极为重要的的，所以很多少壮派的官员们认为朝廷应该将经略的重点放到南方和海上，因为海上可以给朝廷带来更加丰厚的利益。
而也有相当一部分官员认为，九边依然是大明要重点关注的地方，尽管大明和土默特部已经达成了和议，现在大明和土默特部之间的关系是比较和谐的，但是土蛮仍旧不恭顺，西番和瓦剌也盘踞在西域，这些都会对于大明的国土安全构成威胁，所以朝廷还是要维持太祖、成祖皇帝所定下的国策，以东南之钱粮，养北地之士卒，在九边和京营维持一支庞大的军队。
对于这两种意见，官员们互相争论，吵的不可开交，朱载坖也召集阁部重臣们一道商量此事，对于朝廷下一步经略的对象，朱载坖认为当然是要转向南方，转向海洋，对于大明来说才是攫取利益的最好方向，大明要成为一个海上强国。
兵部尚书王崇古则认为现在北部边防形势虽然比之嘉靖年间有了很大的改善，但是北部边防仍然要予以重视，王崇古认为，土蛮部仍旧是大明在东北的严重边患，如果朝廷对于土蛮不加重视的话得，假以时日，土蛮部必然成为朝廷在东北方向的重要威胁。
除了东北的土蛮部之外，还有西域也是要重视的地方，虽然朱载坖出兵收复了哈密和关西七卫，但是西域的局势仍旧是非常混乱的，海虏被官军驱逐到西域去了之后，使得瓦剌在西域的力量得到了增强，现在瓦剌部在西域大肆兼并这些小国家，一旦瓦剌部做大，对于大明绝对会构成极大的威胁。
还有之前被官军逐出河套的鄂尔多斯部，也在休养生息之后试图重新夺回河套，和官军的摩擦也是越来越多了，这些都是要值得重视的问题，虽然王崇古也承认南方和水师的重要性，但是王崇古认为，必须要在京师和京师附近维持一支强大的水陆两军，不仅仅是充当战略预备队的作用，更是朝廷赖以震慑地方，控制天下的重要工具。
王崇古认为内外必须要均衡，才能够保证大明的稳定，南方对于大明来说有些过于遥远了，如果长期屯驻重兵，必须要采取相应的措施，以保证不出现藩镇的可能，否则的话就是取祸之道。
这点当然是重臣们同意的，不过南北边防问题也确实是大明现在要重视的问题，东北、西北自然是要重视的，这是关系到大明安危的大事，但是南方也不能够掉以轻心，对于大明来说，南方是朝廷财赋所重，尤其是现在的关税，更是在朝廷财政中占据极为重要的地位，朝廷不可能对掉以轻心。
朱载坖认为，应该是南北、水陆并重，对于大明北部边防的隐患要加以重视，但是对于大明南方尤其是海上的问题同样要加以重视，同时要加强对于两广等地的控制，由于路途遥远，朝廷往往不能及时的了解两广的消息，之前的直道修筑，也没有波及到两广，朝廷必须重视对于两广和海上的经略，而对于朝廷来说，要加强对于地方的控制，首先就是道路的兴建，现在从京师到两广，路途不便，消息阻塞，实在是极为不方便，所以朱载坖认为接下来的重点就是大规模道路的兴建。