朱载坖在收到了土默特部的上疏之后，召集群臣商量此事，大臣们都认为，朱载坖即位以来，四夷宾服，海内安乐，天威所至，无不恭顺，土默特部谨具至诚，恭上尊号，前代所美，不可遽辞。群臣们奏请朱载坖接受土默特部所上尊号。
朱载坖遣官祭告列祖列宗之后，亲告于太庙，随后才下旨，接受土默特部给朱载坖所上尊号，然后对顺义王和整个土默特部予以加赏，同时援引太祖皇帝的诏书，对于土默特部下旨道：“如蒙古、色目，虽非华夏族类，然同生天地之间，有能知礼义，愿为臣民者，与中夏之人抚养无异。故兹告谕，想宜知悉。朕为太祖之子孙，亦当谨守太祖之圣训，不敢有所违逆，故尔等虽居草原大漠，能倾心向化者，朕亦当善抚之，待之与大明百姓无异。”
不过朱载坖虽然接受了土默特部所上的尊号，但是朱载坖并不打算以所上的尊号来统御蒙古人，朱载坖在给顺义王和土默特部的上谕中也说明了此事，朱载坖在上谕中说道：“夫人君者斯民之宗主，朝廷者天下之根本，礼仪者御世之大防，列圣所言，朕不敢或忘，朕居天下之中，统九州万方，御四海生民，所赖者，大明列圣之垂怜也。总理山河，朕之职分也，至于卿等，出于至诚，恭上尊号，朕不忍使卿等失望，故勉从所请。卿等为大明之臣，朕为大明之君，望与卿等共享太平，朕有所望焉！”
朱载坖将土默特和大明的关系定性为君臣关系，以上谕的形式明确了土默特和大明的关系，从属夷变成了君臣，实际上是大明逐渐加强了对于蒙古的控制，至于之前和三娘子商量的各种事情，朱载坖命令相关的衙门与土默特部商量，迅速落实此事，只有储备了足够数量的防寒被服，大明才好在东北、西北大展拳脚。
而除了蒙古之外，现在朝廷之上的一件大事就是倭国的事情，经过官军一年多的征战，徐渭督率安东都护府麾下十五万大军，讨平了倭国境内如德川家康、丰臣秀吉、毛利辉元等强势大名，现在石见银山等倭国的重要矿产，已经被大明官军所控制了。
徐渭和倭国朝廷达成了一系列的条约，首先，对于倭国的京都附近的平原，不分封大名，由倭国朝廷和倭国国王直接管理，大明安东都护府也迁到京都，倭国在京都附近的平原上按照每人五十亩给官军的卫所士卒划拨一定的土地。
其次就是颁布废刀令和刀狩令，废除所谓的武士阶层，收缴倭国民间的军器，在倭国一样实施大明律例集解，由大明安东都护府在倭国境内开办学堂，教授倭国人儒学，同时要求倭国朝廷按照大明制度开科取士，考试内容与大明科举一致，用这些熟读大明经史的人担任倭国朝廷的各级官员。
第三就是将倭国的大型金银铜矿由大明直接予以开采，其余的金银铜矿，由安东都护府予以课税。
第四就是倭国海关由大明代管，江户、大阪等港口由大明安东都护府直接予以管理，所的关税由大明和倭国朝廷分配。
第五就是倭国要限制军队规模，倭国朝廷可以保留三万军队，地方的各大名藩主，按照领地的大小，可以保留三千以下的军队，但是不准装备火器等违禁装备，倭军的船只也不能超过四百料，也不准制造由远洋能力的船只。
第六就是由于官军帮助倭国朝廷震慑整个倭国，还有整个倭国的藩主都要向倭国国王上贡其领地赋税的二分之一，倭国朝廷还拥有了比原来多得多的领土，倭国要向大明岁贡米五十万石，银一百万两，金十万两。
徐渭再和倭国朝廷商定了条约文本之后，上奏朝廷，请求御批，按照徐渭的估算，大明现在所控制的倭国金银铜矿加上倭国的朝廷的进贡，每年可以向大明提供白银四百万灵，黄金二十五万两，铜料三百五十万斤，可以为大明的货币铸造提供坚实的基础。
朱载坖召集廷议之后，同意了徐渭和倭国朝廷所拟定的草约，下旨给徐渭签订京都条约，同时经过练兵军务处、兵部、五军都督府等衙门商量之后决定，在安东都护府设立十卫，即安东五卫和安东五屯卫，主要部署在倭国的京都附近的平原地方还有石见银山等重要的地点。
除了卫所之外，还要暂时在倭国保留十万官军，负责守卫京都、奈良、江户、大阪、长崎等倭国的重要地点，同时帮助倭国朝廷训练军队，剿灭不服从废刀令的藩主和武士团体，保证大明对于倭国的控制，除了陆师之外，官军水师也要驻扎在倭国各个港口，负责打击走私，保护倭国领海。
通过大明的种种手段，对于倭国的控制已经是非常之强了，不夸张的说，安东都护府在倭国远远比倭国朝廷在倭国境内的作用他，但是朱载坖认为，现在倭国还存在着很大的地方势力，贸然加以吞并，容易引起激烈的反抗，尤其是在大明现在准备将目光转向海上的时候，就更加没有必要如此了。
朱载坖命令徐渭等人在倭国大力推动文教，使得倭国朝廷说汉语，写汉字，认同大明文化，假以时日，再将倭国予以郡县，现在大明要做的就是大力开发倭国的各种矿产资源，为大明所用。
随着大明各种基础建设的扩大，大明对于钢铁的需求进一步扩大，虽然朝廷在遵化的铁厂规模已经是相当之巨大了，但是仍然不够使用，朱载坖决定加大对于辽东煤铁资源的开发，同时鼓励各种新技术的发明，之前在朱载坖的鼓励下，大明已经实现了坩埚钢的量产，使得朝廷的各种工具能够大规模的生产，但是现在朱载坖要大兴道路，这就需要大量的钢铁、水泥等建材，这就需要朝廷大兴实业。