隆庆二十一年的春节，朱载坖以广西叛乱为由，停罢了很多的不必要的庆祝活动，一应的庆祝活动的相应的缩减，也基本上由太子代劳，朱载坖每日向杜太后问安，杜太后年事以高，往来舟车劳顿，朱载坖担心老人吃不消，故而并没有奉请皇太后往南京去。
对于广西的战事，朱载坖并没有和朝廷多解释，以军机要事为由，将一应奏疏保密，除了内阁辅臣和兵部、五军都督府、练兵军务处、户部等相关衙门的官员之外，其他人也仅能从巡按御史的奏报之中得到一些消息，现在官军还是已经稳定住了局面，等到援军抵达之后，就可以进剿了。
朱载坖也积极的准备南巡的各种工作，朱载坖和安东都护府大都护王锡爵也在密疏沟通，朱载坖之前就已经谕令安东都护府招募倭国的武士，同时谕令倭国国王组织倭国军队协助官军征讨安南，朱载坖很清楚，安南不好对付，搞得不好就容易付出巨大的伤亡，对于朱载坖来说，当然是要避免官军的重大伤亡的，打仗总归是要死人了，与其死官军士卒，不如死倭人。
而且这些倭人武士，在倭国就是不安定因素，从之前徐渭在倭国颁布废刀令和刀狩令之后，这些原本高高在上的武士老爷们就遭老罪了，由于大明和倭国的条约限制，不管是倭国朝廷还是倭国的各个地方大名，所能够拥有的军队数量都是有严格限制的，官军和安东都护府随时都在检查，同时由于大量的赋税要进贡倭国朝廷和大明安东都护府，这些大名们也无力供养大量的武士，大量武士就此下岗。
而且大明安东都护府还下令取消了武士们的一切特权，要他们和普通百姓一道交税，接受管理，这使得很多武士大为不满，之前多次掀起反叛，但是都被官军也坚决镇压下去的，这些武士们也不得不老老实实当农民耕田去，但是现在大明安东都护府发布告示，招募倭国武士帮助大明天兵征讨不臣，大明朝廷给饷银，所有的缴获都是自己的。
这还是吸引了不少的倭国武士，他们学了一身的武艺，总归是不愿安安分分当农夫的，现在大明朝廷愿意招募他们作战，还给饷银，他们自然是愿意去的，王锡爵除了招募这些浪人武士之外，还命令倭国朝廷和各大名都要按照自己的实力出兵助战，帮助大明朝廷，官军协助军嘛。
王锡爵向朱载坖奏报，倭军五万，可以渡海前往安南，朱载坖命令王锡爵将这些倭军集结起来，等候朱载坖的命令。
隆庆二十一年二月初二日，朱载坖祭告太庙之后，在随扈大臣和护卫官军的扈从之下，朱载坖起驾南巡，这次朱载坖走的两京直道，走陆路奔赴南京，速度相对要慢一些。
虽然已经开春，但是天气仍旧寒冷，朱载坖特地命令随行翰林医官巡视诸军，为这些护驾军事诊视，发给药品，这次还是两位公主第一次出宫远行，所以相对比较活泼，李皇后再次给朱载坖提起此事，李皇后说道：“陛下，江南文物风流，可否在此地则驸马。”
朱载坖予以拒绝，他说道：“岂不闻仗义每多屠狗辈，负心多是读书人乎？这满朝朱紫，有哪一个比得上当年严阁老呢？”
这倒不是朱载坖苛责，张居正好色，小妾多已经不是什么朝廷新闻了，对于此事朱载坖也从未多说过什么，毕竟现在官员们姬妾众多的，并不止张居正一人，反倒是严嵩这样的一夫一妻终老一生的人极为罕见，不过毕竟是自己的女儿，朱载坖并不希望太早出嫁，朱载坖只是推说再等等。
朱载坖在南巡途中特意前往中都凤阳查看中都的屯垦和中都留守司的情况，朱载坖抵达凤阳之后，召见了南直总督劳堪和中都留守戚金，询问相应的情况，劳堪向朱载坖奏报，现在中都收拢南直、河南、山东三省流民十余万，现在已经分配土地，编定户籍，在中都附近屯垦了，按照朝廷的规定，五年免征，同时优先满足卫所军籍的补充，现在中都留守司八卫一所，齐装满员，不过由于现在人丁不足，并没有将所有的军户都抽调参加营操，而是按照中军都督府的命令，三分营操，七分屯田。
朱载坖对此表示理解，现在要优先恢复生产，等到凤阳的生产恢复之后，在抽调士卒参加营操。朱载坖在视察了中都留守司之后，命令给中都屯垦的流民发米一石，留守司营操军事给银一元，屯垦军士给钱五百，朱载坖命令总理盐政庞尚鹏巡视两淮盐政去了。
朱载坖然后直驱南京，督师南京大学士沈鲤率领南京群臣前来迎接，朱载坖在接受了南京群臣的迎接之后，进驻南京大内，然后召见了督师大学士沈鲤，朱载坖询问沈鲤东南的情况，从开海之后，东南对于大明的财政来说地位更加重要，苏松等地的经济已经超越了南京，松江海关和市舶司每年给朝廷上缴的赋税，都是极为不菲的。
东南也相对平稳，沈鲤继续推动田亩清丈等朝廷新政，同时加强对于海关关税的控制，保证朝廷的赋税不流失，同时钞关等赋税的征缴也有了提高，在东南，工商业赋税已经远远超过了田赋，同时对于南直的工场等创造财富的地方，沈鲤也在思考赋税的征缴，使得朝廷的财政能够更加充裕了。
对于沈鲤在南京的行政，朱载坖还是很满意，不过对于南京和南直隶的兵防，沈鲤就所知的不多了，朱载坖也没有就此苛责沈鲤，这确实不是他的长处，朱载坖召见了南京守备丰城侯李儒和南京兵部尚书参赞机务梁梦龙，询问南京以及南直隶兵防的情况。
不过南直隶的兵防，确实相对比较糜烂，尽管朱载坖有了准备，但是仍旧不敢相信。