顺义王不他失礼很快就回复朝廷，愿意配合朝廷稳住蒙古诸部的局势，其实三娘子和不他失礼很清楚，朝廷收回活佛继承的权力，对于像顺义王这样的世系蒙古王公来说是很好的，这样可以有效的抑制宗教势力的过度膨胀，使得这些王公们的权力更加稳固，这点他们还是很清楚的，所以他们当即上疏朝廷，表示愿意配合朝廷。
这点朱载坖也是很清楚的，在稳住了蒙古之后，朱载坖的重心就在青藏的这些土司和活佛身上了，尤其是哲蚌寺这样在藏区有很大影响力的寺院，都是朱载坖非常重视的，朱载坖首先以上谕的形式明确了大明和西藏的关系，朱载坖在上谕中明确说道：“番人也是朕之赤子，番人地方都是祖宗开拓的封疆。”
也就是肯定乌斯藏乃是大明的领土这个不容辩驳的事实，对于这点，朱载坖是极为重视的，这点是大明经略乌斯藏的核心，虽然现在大明可以以羁縻的方式承认乌斯藏地方政权的合法性，但是在涉及到朝廷根本利益的问题上，大明是不容挑衅的，这点朱载坖希望乌斯藏的头人、活佛要清楚。
同时朱载坖也明白，乌斯藏的这些活佛和大明皇室的关系其实也是很亲近的，格鲁派创始人宗喀巴大师曾上书成祖皇帝一封书信，在书信中将明朝皇权置于其教权之上，称颂成祖皇帝“政令严明，为各邦所悦服”。他所意指的各邦就是乌斯藏内部各政教势力，显然身居雪域中土的格鲁派也属其中一支，并欣然接受大明管辖。
武宗皇帝还曾经召集了很多的番僧，这些都说明了大明和这些乌斯藏地方势力的关系，同时在经济上的往来也是很重要的，同时朱载坖还和重臣们一道回顾了大明对于乌斯藏的治理方式，其实这个治理方式是从太祖时就确定下来的，就是多封众建，罗万化就说道：“陛下，太祖以西番地广，人犷悍，欲分其势而杀其力，使不为边患，故来者辄授官。”
成祖也继承了太祖皇帝的这个措施并加以调整，成祖主要是建立了僧官制度，诸卫僧戒行精勤者，多授喇嘛、禅师、灌顶国师之号，有加至大国师、西天佛子者，悉给以印诰，许之世袭。可以说现在在乌斯藏有头有脸的所谓法王、活佛，基本上都是太祖、成祖、武宗三朝所册封的，这样的大规模册封，使得乌斯藏的各种势力极多，无法形成对中原有威胁的力量，同时在各方政教势力的斗争中，不可避免的的要与外来的势力相勾结才能够使得自己的教派得以发展。
这点在格鲁派身上就很明显，原本格鲁派并不是乌斯藏的大教派，格鲁派的第一代活佛宗喀巴大师规定僧人必须断绝与世俗社会的联系，严守戒律，不可逾矩，需在寺院中清净修行。这些举措得到了乌斯藏地方政权的支持，格鲁派才得以壮大，但是面对其他教派的打压，格鲁派也必须寻找盟友。
索南加措等人最开始是希望取得蒙古人的支持，俺答汗也确实对于青藏颇为想法，试图染指青海，进而向乌斯藏发展，但是朱载坖显然比之俺答更加强势，在俺答死后，朱载坖果断出兵剿除了海虏，消灭了蒙古在青海的残余势力，同时将蒙古和青海隔断，使得蒙古虽然信奉格鲁派，但是却无法对雪域高原产生影响。
而真正能够直接影响到雪域高原的，很明显是大明，所索南加措晚年，他就认识到了这点，大明控制了青海之后，对于乌斯藏肯定是要加强控制的，这点索南加措是很清楚的，只不过由于雪域高原的地理特性，使得大明还一时无法直接控制乌斯藏，但是朱载坖也需要通过其他方式对乌斯藏加强控制。
支持格鲁派对于朱载坖来说是一个不错的选择，格鲁派也希望顺应时势成为大明在乌斯藏的代理人，以保全他们在乌斯藏的权力和地位。同时和格鲁派的政治盟友帕竹政权也愿意和大明合作，因为现在帕木竹巴政权在乌斯藏的统治已经是岌岌可危的，帕木竹巴家族内部分裂，属下贵族之间相互强取豪夺的斗争也愈演愈烈，拥有土地和农奴的各派寺院，自然也要牵扯这样一个斗争的巨大漩涡之中。于是就形成了僧俗结合的几个集团，相互之间明争暗斗，兵戎相见。
为了维护自己的教派利益，消灭和自己不同的教派，格鲁派必须要和大明合作才行，现在噶举派势大，噶玛噶举和止贡噶举直接使用暴力等手段胁迫格鲁派寺院和僧人改宗，规定格鲁派僧人必须向他们所遇到的任何噶玛派僧人致敬，并强取豪夺哲蚌、色拉两寺的部分土地、牲畜等财产。在噶玛噶举红帽系第四世活佛曲扎益西怂恿下，仁蚌巴联合雅郊等地的地方头人进军拉萨地区，率万人大军驱逐格鲁派的靠山内邬宗宗本，并占领拉萨地区。大有推翻帕木竹巴政权之势，在这种情况下，格鲁派是需要大明的。
所以朱载坖在索南加措去世之后，果断采取措施，要干涉活佛的选任，就是因为现在格鲁派对大明有所求，大明能够通过各种方式影响到乌斯藏的政局，不管是直接册封还是经济上的支持，这些对于大明来说都是很容易的，所以朱载坖命令郑洛和格鲁派的长老们商量活佛的选拔仪式。
活佛的择立必须在大明的控制之下完成，同时也要经过大明皇帝的册封才能够行使活佛的权力，教权只能在皇权之下，这点是毋庸置疑的，普天之下莫非王土，率土之滨莫非王臣，在格鲁派答应这些条件的情况之下，大明可以在政治承认格鲁派和帕木竹巴政权的合法性，经济上给予特殊支持，让其垄断和大明和朝贡贸易，甚至可以直接派兵予以支持。