在朱载坖的严令之下，不管是厂卫还是三法司都加快了处理案件的处理速度，而且三法司也开始根据这些官员们所揭发的材料拿捕相应的官员和商人的代理人，这些豪商们一般都是通过在京师的掌柜等向这些官员们行贿的，所以拿捕这些代理人也是一个很重要的事情，他们不可能只向一个官员行贿的，通过他们可以掌握更多官员受贿的线索。
除此之外，还要迅速填补这些官员们所产生的官缺，朱载坖也命令吏部尚书王国光要迅速考选官员，填补空缺，同时通过邸抄的形式向大明全国通报这些官员们的供述和朝廷的处理决定，朱载坖特旨，对于第一批主动自首并且有坚决揭发的官员，经过查证属实的，予以宽大处理，情节轻微的，予以降级、外调，情节重的，予以罢官等处理，即便是情节特别严重的，也不论死，罪只遣戍，对于这些官员予以宽大处理。
而对于一些拒不交代，甚至希望蒙蔽朝廷的，予以加重处理，达到论死标准的，一律予以腰斩，抄没家产，妻子俱发极边卫所充军，遇赦不赦，朱载坖就是要通过这种行为，向这些官员们传递一个明确的信息，就是再想抱着所谓同党，来对抗朝廷，是绝不可能的，不将事情交代清楚，朱载坖就要让他们身败名裂，家破人亡，只有这样才能够对这些人予以震慑。
不光如此，朱载坖还命令对于一些重要衙门予以从上到下的清理整顿，保证这些衙门的干净，其中朱载坖最关心的就是海关总署衙门，朱载坖命令提督海关总署曾省吾对于海关总署衙门予以整顿，同时任命蔡国熙、沈炼加右都御史衔，分别对于各海关分司和市舶司予以巡察，将其中和商贾勾结，使得朝廷关税流失的官吏揪出来予以严惩，都察院审计署也要派出相关官吏配合巡视。
同时各驻地的锦衣千户所也要予以配合，对于相关衙门的信息，要及时向朝廷予以反应，在朱载坖的命令之下，对于这些豪商和官员们相勾结的事情，朝廷予以严厉打击，尤其是对于豪商行贿，朱载坖严旨要求三法司予以严厉处罚，尤其是对于其家产的抄没，责成地方官府和锦衣亲军负责，不准有遗漏等。
其实现在朝廷上下也看清楚的，朱载坖要打击的，绝对不仅仅是这些官员们，或者说这些反对开征工商赋税的官员们远远不是朱载坖所要打击的主要对象，朱载坖所要打击的，主要是这些和官员们向勾结，意图染指朝廷决策的豪商们，他们才是朱载坖所要打击的重点。
平心而论，朱载坖不算一个暴虐之主，对于一般的犯罪，朱载坖一般并不会大开杀戒，甚至很多时候予以减刑，将其流放极边卫所，因为现在大明扩张的大块，一些极边之所，缺乏人力，所以朱载坖一向不轻易杀人，但是对于这些把手伸进朝廷决策，妄图通过自己庞大的经济力量来影响朝廷决策的豪商，朱载坖是绝对不会放过，朱载坖的态度是很明确的，就是严查重办，这次朱载坖所打击的主要对象就是这些豪商，他们膨胀的太厉害了，已经对朝廷构成了严重的威胁，朱载坖不能够再容忍这些事情的发生了。
而在严厉打击这些豪商之后，首辅张四维向朱载坖上了请苏商禁疏，张四维认为，现在商人所缴纳的赋税在朝廷的赋税总额的比重是越来越高，朝廷还准备开征工商赋税，在这种情况之下，朝廷还沿袭之前的对商人的歧视性政策，显然是不合适。
张四维认为，之前朝廷秉持着农本商末的观点，对于商人采取歧视性的政策，士农工商的社会秩序被视为理所当然，百姓普遍珍视土地，崇尚那些辛勤耕耘、汗流浃背的农夫，因此，他们对商人的逐利行为往往持反感态度。在本朝，商人的地位是极低的，从太祖朝开始，对于商人就采取歧视性的政策。
太祖本人对于商人就极为反感，在太祖皇帝当政时，商人的地位降至最低，几乎沦为社会最底层的群体。严禁商人穿着华丽，如绫罗绸缎和绸纱，他们只能穿着最简单的布衣。同时，商人的住宅大门也不能涂漆，鞋靴穿着也有严格规定。
张四维认为，在太祖朝实施这些政策是为了尽快的恢复大明的生产，但是到了现在，很多政策已经并不适合了，张四维以前代很多官员们的看法加以佐证，王守仁对商贾的社会价值予以承认。士志于道，修身齐家治国平天下是其理想与职责；农民从事农业生产，为国家提供赋税，供养官僚、军队等；手工业者生产各种手工产品；商人从事商品买卖和货物流通。工商与土农，都是人们社会生活当中不可或缺的，他们都为这个社会做出自己的贡献，没有高低贵贱之分，所谓异业而同道。
张四维在奏疏中说道：“商贾负贩之不可缺也，民非是无以通有无而瞻生理，虽过徼民利，而民亦待命焉。夫圣王先贤所抑之末，是不切于民用的为佛而货、为巫而货、为优娼而货、为奇技淫巧而货，而非百姓之货，此诚可虑者也。”
张四维的奏疏被朱载坖下廷议，要求朝廷官员们商量此事，其实很多官员们都已经意识到了对商人再采取歧视性的措施已经是没有道理了，而且很多太祖时期所规定的政策到了如今也是名存实亡了。
次辅申时行就上疏指出：太祖当年现在对商人采取歧视性的政策，是因为大明当时刚刚建立，国家需要休养生息，一旦轻本从末，国家就容易陷入动荡，但是现在的情况和太祖朝已经是不一样了，而且商人的财富，是自己通过艰辛的努力而获得，没有什么可以鄙视的地方，商人获得财富，是顺应天意和自身努力的必然结果。只要商人能够遵照国法，缴纳赋税，就不应该再歧视商人了。