对于方孝孺的死，其实实录的记载也是比较明确的，按照实录：“时有执方孝孺来献者，上指宫中烟焰，谓孝孺曰： “此皆汝辈所为，汝罪何逃？”孝孺叩头祈哀。上顾左右曰： “勿令遽死。”遂收之，执奸臣齐泰、黄子澄、方孝孺等至阙下。上数其罪，咸伏辜，遂戮于市。”
对于实录的这个说法，朱载坖认为也是有些掩饰的，方孝孺明知必死，未必会摇尾乞怜，因为他很清楚自己的下场，这么做没有任何意义，应该是实录为了凸显靖难的正义性，有所掩饰，但是大体事实并没有歪曲，所谓诛十族一说，显然是胡扯。
朱载坖命令厂卫和翰林院等将事弄清楚，第一个有关所谓族诛和方孝孺拒草诏一事的版本出现在天顺年间，时任内阁首辅李贤的天顺日记中，按照李贤的记载：“文庙过江之日，初即位，欲诏示天下，问姚广孝举代草者，曰：“必须方孝孺。”召之数次，不来。以势逼之，不得已，孝孺持斩衰而行见。文庙即命草诏，乃举声大哭曰：“将何为辞？”敕左右禁其哭，授以笔，即投之地，曰：“有死而已，诏不可草。”文庙大怒，以凌迟之刑刑之，遂夷其族。”
这里面出现了后面方孝孺形象的两个关键点，第一就是拒草诏，第二就是族诛，在成化、弘治年间的广东按察佥事宋端仪写了一本所谓革除录，在其中他就认为李贤的这个记录“此一段未甚得其实，姑存之。”他之所以这么认为，不是因为李贤编的太夸张，而是认为李贤编的不够夸张。
宋端仪同情建文朝的忠臣事迹遗失，于是搜辑遗事，编写了《革除录》。建文朝忠臣有史书记载，自宋端仪开始。宋端仪还为方孝孺编了一段绝命词：“天降乱离兮，孰知其由。三纲易位兮，四维不修。骨肉相残兮，至亲为仇。奸臣得计兮，谋国用犹。忠臣发愤兮，血泪交流。以此徇君兮，抑又何求。呜呼哀哉兮，庶不我尤！”
同时将李贤所说的夷其族具体化，记载了方孝孺殉难株连的人数：“今按南京锦衣卫镇抚司监簿，除前编缺坏外，所存簿籍载正学宗族抄扎人口有八百四十七人。”这就非常之扯了，你宋端仪一个按察佥事，说个不好听的，虽然是四品大员，但是锦衣卫又不是你家开的，怎么，你宋端仪把锦衣卫阁架库搬你家书房了，再说了，就算成祖要大规模诛戮方孝孺的家人，这种他妈的事情，怎么能公开呢？还记得清清楚楚，有零有整的，对政敌族人进行株连是很常见的，禁毁书籍、捉拿门人也是常有之事，但是至少在宋端仪的时候，所谓诛十族这个事情是不存在。
谁第一个提出这个事情？经过翰林院和厂卫的调查，第一个提出所谓诛十族这个说法的，是祝枝山，他在自己的野史中记录道：“ 文皇既即位，问广孝谁可草诏。广孝以方对，遂召之。数往返，方竟不行，乃强持之入，方被斩衰行哭。既至，令视草，大号詈，不从。强使搦管，掷去，语益厉，曰：“不过夷我九族耳！”上怒曰：“吾夷尔十族！”左右问何一族，上曰：“朋友亦族也。”于是尽其九族之命，而大搜天下为方友者杀之。”
在李贤和宋端仪的基础上，祝枝山又编出所谓诛十族的说法，基本上后世所流传的有关方孝孺的形象，大体上就是从这里出来的，这本书的成书年代大概是正德六年。
而在正德十五年，革除遗事中则是记载道：“先是，燕邸南下，姚广孝请曰：‘殿下至京，须全方孝孺，杀此人则天下读书种子绝矣。’上纳之。既至，建文帝亡去，遂召孝孺问曰：‘我以周公匡成王而来，成王不在，当议所立。’对曰：‘殿下既以匡王室而来，成王不在，当立成王之子。’忤旨，因有灭十族等语。上大怒，即收捕其族党，尽诛之。”
基本上到了正德年间，方孝孺的相关形象已经是非常完美了，一个忠君爱国，为了自己的君主慷慨就义的重臣形象，和成祖嗜杀暴虐的形象互相映衬，这就非常之完美了。
而到了嘉靖年间的郑晓所编撰的文学博士方孝孺一书之中，则是博采众长，描绘了一个为君死忠的义士形象：“建文君逊去，文皇以姚广孝言召用孝孺。不肯屈，系狱。一日遣人谕再三，终不从。又召孝孺草诏，及见，悲恸彻殿陛。文皇降榻劳曰：‘先生无劳苦，余欲法周公辅成王耳。’孝孺曰：‘成王今安在？’文皇曰：‘渠自焚死。’孝孺曰：‘成王即不存，何不立成王之子？’文皇曰：‘国赖长君。’孝孺曰：‘何不立成王之弟？’文皇又曰：‘先生无过劳苦。’置左右授笔札，又曰：‘诏天下，非先生草不可。’孝孺大批数字云云，投笔于地，又大哭。且骂且哭曰：‘死即死，诏不可草！’文皇大怒，命磔诸市。孝孺慨然就戮，为绝命词曰：‘天降乱离兮，孰知其由。奸臣得计兮，谋国用犹。忠臣发愤兮，血泪交流。以此徇君兮，抑又何求。呜呼哀哉兮，庶不我尤！’时年四十六。复诏收其妻郑，郑先已经死。宗族坐死者八百七十三人。”
现在所流传的各种有关方孝孺的形象之中，郑晓的说法已经被大规模的采用了，朱载坖之前严惩了郑晓，但是朱载坖也很清楚，仅仅这么做并不能够使得这些流言消失，所以朱载坖要用刊刻国史和实录的方式，去伪存真，以以正试听，不仅仅要如此，朱载坖还特地命令翰林院，将这些所谓的流言予以消灭，去芜取精。
除了这些问题之外，最重要的就是所谓方孝孺拒草诏一事，也要予以驳斥。