现在朝廷收复了交河与庭州，对于大明来说当然是在西域取得了极为辉煌的胜利，这些都是汉唐故地，对于大明来说，重新收复汉唐故地，是极为振奋人心的事情，尤其是在今年这个年份，正好是北庭都护府沦陷八百年整，大明官军沿着当年汉唐的道路，再度开始经略西域了，但是难度也是颇大的，首先是各种物资的转运。
旁的不说，从哈密到交河再到庭州，一千一百里的路程，路上的消耗就是极为庞大的，同时车师古道也还需要修整，这些都需要朝廷大量的投入，这点都是摆在大明君臣面前的问题，朱载坖之前已经命令向西域前线发运各种物资，以保证西域官军过冬的问题，同时要坚守交河和庭州，赶在大雪封路之前，向庭州再派遣一批援军和物资，保证庭州守军能够挺过今年的冬季，对于朝廷来说，只要李成梁能够在庭州坚持到明年开春，朝廷就能够在明年调遣援军和各种物资，增援西域。
李成梁显然也是很清楚这个道理的，所以在给朱载坖的奏疏之中，他详细阐述自己的方略，李成梁亲率官军夺取并且驻守庭州，就是为了威慑瓦剌、叶尔羌等西域势力，使得他们不敢轻动，毕竟李成梁大明公爵，征西大将军的身份使得这些势力必须要思量一下动李成梁所要付出的代价。
李成梁现在麾下的士卒确实不多，而且物资也不充分，庭州旧城的城防也确实不是很坚固，但是李成梁现在坐镇在此，一旦动了李成梁，就肯定是要面对大明的报复，这点是他们不得不考虑的事情，所以李成梁用自己作为筹码，兵行险着，驻守在庭州，以保证庭州不会得而复失。
朱载坖当然明白李成梁的意图，庭州是大明经略西域的要地，也是大明实施先北后南的经略西域战术的重要节点，大明是必须保住庭州的，这点在大明君臣中是肯定的，朱载坖在和相关的重臣们商量了之后，对于西域作出了一系列的调整。
首先就是对于西域行政、兵防体系的调整，将哈密、交河等州县和卫所统一起来，设立安西布政使司和按察使司，还有安西都指挥使司，而以庭州为首府，设立北庭布政使司、按察使司和都指挥使司，同时配置相应的卫所和州县，加强朝廷对于西域的控制，大规模的从陕甘等地将军余子弟、无地百姓和流民等迁移往西域，分给土地，加以开垦。
然后就是驰援庭州，朱载坖命令速调武功都指挥使司的工程兵两卫，星夜兼程赶赴交河，等待来年积雪融化之后，就要迅速的修整车师古道，方便朝廷调遣援兵和运输物资，同时抽调西北各镇的援兵和物资，准备驰援庭州，朝廷要密切控制车师古道，在此处设兵守卫，保障交河和庭州的联系。
最重要的不是增兵和转运物资，而是要在在此屯垦，这点是最重要的，西域广大，要是依靠朝廷转运物资的话，朝廷根本难以长期保证西域诸军的物资供应，这点不光是朱载坖，大明的这些重臣们也都是清楚的，所以要大兴屯垦，由于西域的情况特殊，卫所就成为了最好的办法，朱载坖命令从山西、陕西、宁夏、甘肃还有直隶等卫所军余子弟中挑选有家有口的，还有就是没有从朝廷那里获得土地的军户，也要征召起来迁往西域，组建屯田卫所，在西域屯垦实边，用他们缴纳的籽粒，养活西域的驻军。
朱载坖命令以哈密、交河、庭州等大明现在已经控制的地方为主，组建屯田卫所，由朝廷提供工具、种子、口粮、衣物等，每军授田五十亩，在西域屯垦，五年起科，与内地田赋一样。
除此之外就是西域的宗教问题，原本西域是信仰佛教的，但是随着喀喇汗王朝的崛起。此后，经历了四百多年复杂的政治和军事较量后，最终在元朝时期，随着东察合台汗国在西域地区占据统治地位，蒙古汗王加速了伊斯兰教在新疆的传播。 可以说，于阗佛教是新疆佛教史的缩影。龟兹、高昌、疏勒等地的佛教，在盛极而衰之后，又遭遇整个中亚地区的伊斯兰化大背景，最终退出历史舞台。
现在回教在西域是很盛行的，但是大明并非蒙古人，对于回教是一直很警惕了，尤其是在蒲寿庚叛宋之后，大明对于回教群体是极不信任的，蒲寿庚亦官亦商，官商合一，可以凭借权力更大规模地开展香料贸易，并可通过各种合法手段攫取利益，增加财富，蒲寿庚于宋末垄断泉州香料海外贸易近30年，以善贾往来海上，致产巨万，家僮数千。蒲寿庚拥有大量海舶，南宋朝廷也厚待于他。
南宋朝廷授蒲寿庚福建安抚使兼沿海都置制使，合称福建安抚沿海都置制使，安抚一路之兵事民政，执掌福建兵事民政要职。 统领海防，权力很大。结果蒲寿庚尽屠城内之宋宗室，守泉州三月。这对于大明来说是极为惨痛的教训，大明官员们一直以来的看法就是非我族类，其心必异。
而且回教有政教合流的趋势，在前元，这些回教徒干涉朝政，左右政局，使得大明君臣对于回教的态度并不是很好，而现在在西域，回教盛行，朝廷肯定是谨慎对待的，朱载坖认为，首先就是要斩断回教和政治的联系，任何宗教，都绝对不允许干涉政治，与朝廷分庭抗礼，要晓谕李成梁等将领，对于那些敢于对抗朝廷的所谓回教头目，要予以严厉诛杀，绝其种类，决不能给朝廷带来隐患。
同时军中决不允许回教传播，支持佛、道在西域的传播，尤其是佛教，虽然现在西域信仰佛教人已经不多了，但是佛教毕竟是在西域盛行过的，还是有一定基础的。