朱载坖认为要将力学予以发展，有了坚实的力学基础，才能够推动机械的发展，大明现在需要的各种机械等都需要这些理论的发明，所以朱载坖对于他们是很重视的，朱载坖特旨给伽利略六品俸禄，给冠带，赏赐丝绸、瓷器、茶叶等物，并且安排房屋等，资助他的各种研究，现在最现实的问题就是将蒸汽机予以实用化，气压计等相关设备，还有温度等计量单位的测定等，都是格物院的要紧工作，朱载坖要求格物院要尽快完善力学体系，为文思院设计各种机械提供理论支撑。
而在隆庆二十五年的十一月初五日，从西域传来的塘报终于抵达了京师，李成梁向朝廷报捷，克服轮台，和硕特部已经北迁，沦于腥膻八百余年的轮台回到了大明的手中，朱载坖命令再次赏赐西征士卒，同时命令在轮台故城的基础上设立轮台府，在乌鲁木齐地区屯垦戍卫，为官军提供粮秣。
李成梁收复了轮台，使得朝廷在天山北路打开了缺口，接下来就是实施对于整个天山北路的控制，同时大型屯田，以保障官军的后勤，对此，经略西域吴兑也专门上疏陈述有关的西域屯田的事情，能够在西域种植的粮食作物品种是很多的，吴兑在奏疏中说道：“凡黍、稷、稻、粱、大麦、小麦、青稞、包谷、胡麻、脂麻、荞麦、山芋、大豆、黄豆、黑豆、绿豆、蚕豆、豌豆、扁豆、蛾眉豆、豇豆、刀豆之属，皆有种植。”
但是除了要满足官军士卒的口粮之外，还有更加重要的就是这些牲畜的豆料，吴兑在奏疏中说道：“治军之道，士不饱则兵气不扬。师不贞，则戎行无律。粮饷者，群策之先务也。畜任重远行，若非料豆喂养，不过数站之后，即便疲乏难支，如若内地转运，站远路长，究不如出产于地，到处存贮，乃可用之不匮。”
而且大明之前所常用的牲畜饲料是大豆、玉米和黑豆，但是在新疆豌豆显然是更加适合的作物，朱载坖也认为吴兑的建议是很正确的，在新疆推广玉米和豌豆的种植，首先解决官军牲畜的饲料问题，这样的话能够极大的减轻朝廷的负担，朱载坖在吴兑的奏疏上批道：“该员经历军务年久，且曾亲统大兵出塞征讨，凡行兵机务，靡不周知，朕惟今欲用兵，兵非不敷，但虑路远，运饷殊难。多收一石粮食，即省一石挽输，庶兵与食俱足，而于国帑亦不至糜费。惟安西以西，自白墩子至橙槽沟，塘递差马岁需料豆，或因设处郭壁，或因无可采买，仍须运支本色豆石，其间途长站远，需费浩繁。本处可产，则惟大善也！安西以西塘递差马所需料豆，即可由安西就近运供，以省内地采买挽运之烦，此不为善政也！”
朱载坖同时还向司农寺咨询了相关的问题，在内地，对于豌豆的种植确实不多，但是豌豆生长周期短、耐寒性较强的生长习性，确实是能够适应西域的气候，这点是非常重要的事情。同时朝廷还要统筹整个西北地区的安全，大力推广豌豆在安西一带的种植，从而密切新疆与内地的联动，使之贯通一线。所以朱载坖命令户部和司农寺立即筹措种子，等到明年开春之后，就送到西域，开始种植。
豌豆的种植使得西部边疆与内地的军粮供应连成一体，切实保障了驿站传递和运输线路的安全，是朝廷保障中央与西域、内地与内地地区交通畅通的重要措施，对于大明西部边疆的稳定和政权的巩固都起到了十分重要的作用。朱载坖批示内阁，要在政治上设官分职；军事上驻扎大军；经济上屯垦开发、以边养边，将西域牢牢控制在大明的手中。
同时为了加强西域的地位和彰显朝廷对于西域的态度，朱载坖命令设立西域总督，由兵部尚书经略西域兼安西都护府大都护吴兑兼任，西域总督府驻节轮台府，同时控扼天山，统辖整个西域的行政中心，同时设立西域提督，由征西大将军、襄国公李成梁兼任，西域提督下辖庭州镇、交河镇、哈密镇、伊犁镇、沙陀镇等数镇，负责分守西域的各处要害，守卫大明的西部边疆。
同时明确下诏，大举增兵西域，支持吴兑和李成梁在西域的军事行动，朱载坖的口号仍旧是之前的念旧民涂炭之苦，复中国往昔之疆，恢复汉唐故地，维护大明的国威，这也是朱载坖一直以来所做的事情。
朱载坖命令吴兑负责保障后勤，而具体的战术方略的制定，则由李成梁负责，明年开春之后，详细规划，先安定北疆，收服卫拉特四部，然后再顺势南下，同时军事打击固然重要，外交努力也是很重要的。
朱载坖敕令蒙古办事大臣、礼部尚书张学颜继续和土默特部沟通，希望土默特部能够和大明一道，在西域上施加自己的影响力，之前张学颜也已经向朱载坖奏报了土默特部方面的诉求，三娘子是很希望促成此事的，因为他本身就是出身于卫拉特部的，和西域诸部关系紧密，如果能够收服卫拉特部，对于三娘子和顺义王在土默特部的地位是很有好处的。
因为现在不他失礼能够坐稳顺义王的位置，更多的是依靠大明的扶持，而黄台吉之子扯力克、俺答之孙把汉那吉等人，都在土默特部中拥有强大的力量，如果能够使得卫拉特部也纳入土默特部管理之中，会使得不他失礼一系的地位更加稳固，基于这个考量，三娘子是愿意在这个问题上和大明合作的。
同时她也很清楚，现在大明官军今非昔比了，如果卫拉特部强行抵抗，李成梁是不会嫌弃军功少，朱载坖更不是会轻易妥协的，大明现在的国力不是卫拉特部能够抵挡的。