但是礼部随后也上奏现在要将倭国降为属地，其国就不能够存在了，总不能叫倭国都统使司吧？这显然是不合适的，所以要改名，不仅仅是革去倭国国王的王爵，更要将倭国国号一体革除，重新命名才是，这点也得到了朱载坖的认同，朱载坖命令翰林院查考典籍，详细具奏上陈。
翰林院在查考了典籍之后向朱载坖上奏，最早倭国的名称是倭奴，在汉书和后汉书中有记载：“乐浪海中有倭人，分为百余国，以岁时来献见云。建武中元二年，倭奴国奉贡朝贺，使人自称大夫，光武赐以印绶。”这是倭国的第一个称呼。
同时唐代张守节在《史记正义》中记载：“武后改倭国为日本国”。对于倭国，还有其他各种称呼，不过朱载坖选择了倭奴，改倭国为倭奴都统使司，毕竟这是人家的本名，其他什么岛夷、东瀛、扶桑等称呼，都是外号罢了，随即朱载坖命令拟定诏书，明发安东都护府。
而在倭国京师，安东都护方逢时和提督倭国水陆军务刘綎正在商量对策，这次的事情对于两位大员来说是极为麻烦的，朱应桢可不是一般的锦衣亲军，那是天子钦差，更是大明国公，这样的身份在安东都护府的地盘上遇刺，不管怎么说方逢时和刘綎就是难辞其咎的，在事发之后，方逢时当即调集重兵赶赴京都，同时动员安东都护府麾下各卫所的兵员，一时之间倭国风声鹤唳了。
刘綎赶紧率兵赶赴京都，在面见朱应桢之后，确定朱应桢没有生命危险之后，刘綎才前来见方逢时，方逢时在确定朱应桢没有生命危险之后才松了一口气，要是朱应桢真的死在倭国的，那方逢时和刘綎的乌纱是肯定不保的，现在朱应桢没有大碍，方逢时才开始准备收拾倭人。
方逢时之前就已经命令官军在京都大规模搜索相关的涉案人员予以抓捕，同时行文倭国朝廷，要求倭国朝廷交出涉案人员，方逢时很清楚，朱应桢之所以遇刺，除了是这些所谓浪人作案之外，更加深层的原因是因为朱应桢在倭国调查到了一些东西，这些人狗急跳墙才纠集浪人刺杀朱应桢的。
倭国朝廷当然也是非常紧张的，这些公卿们当然知道是怎么回事，他们更清楚大明国公是什么身份，倭国朝廷赶紧向安东都护府解释自己于此无关，但是方逢时根本不相信，在和刘綎商量之后，方逢时以安东都护府都护的名义命令安东都护府所辖官军将倭军缴械，看押起来，防止他们作乱，同时调动大军进驻京都等重要的城市，控制倭国港口、要地和朝廷，等待朝廷的命令。
而朱应桢在伤势好转之后，也通过锦衣校尉向方逢时和刘綎传递了一些信息，将朱应桢之前所查探到的一些信息给了方逢时，朱应桢确实是查到了大鱼，就是倭国的所谓八条宫智仁亲王，他是现任倭国的弟弟，是上任倭王之孙、诚仁亲王第六子，智仁亲王幼年先后被称为六宫、胡佐麿等称谓。
在小时候经今出川晴季斡旋成为丰臣秀吉养子，约定继承关白职位，因秀吉亲子鹤丸诞生而被解除养嗣关系，由此创设八条宫家。在丰臣秀吉败亡之后，丰臣秀吉被官军灭族，他麾下的武士都被打散成为浪人，而由于他曾是丰臣秀吉 养子的关系，很多丰臣秀吉的余部奉他为主，秘密进行反抗大明的活动，而这些事情被驻倭国的锦衣亲军所侦知，朱应桢正准备和方逢时等人商量，调动兵力将其剿灭，不料被其麾下浪人所刺。
既然有目标那就好说了，方逢时才不能他是什么背景呢，现在他必须马上给朝廷和朱应桢一个交代，否则的话，他方逢时就是交代，这点道理他还是明白的，所以方逢时叫来了安东都护府右参议丹羽长秀，命令率领官军和锦衣校尉，前往缉拿案犯。
当得知方逢时准备抓八条宫智仁的时候，丹羽长秀还是劝说方逢时慎重，因为这厮在倭国还是有些能量的，一来是他现在麾下聚集了丰臣秀吉的一些残部，还是有一定势力的，二来就是他爷爷正亲町还在世，这位是倭国最后一位有天皇称号的倭王，是个有些手腕的人。
他在位期间，与织田信长建立特殊政治同盟，曾称颂其具有大宏量大广智大无欲大慈悲等品质，这种互相利用的关系体现在：王室借助大名的军事和经济实力重建权威，而大名通过获取倭国朝廷官职提升政治合法性，而在大明介入倭国之后，他选择主动退位，成为了现在倭国唯一一位曾经有天皇称号的人，在倭国仍然很有影响力，方逢时当然知道这些事情，之前方逢时也想过收拾他，但是考虑到倭王尚且恭顺，他也没有什么实质性的谋反行为，所以没有动他，但是现在成国公遇刺，方逢时是管不了那么多的。
方逢时对丹羽长秀说道：“本部堂不管谁的子孙，按大明律，谋刺朝廷钦差，即等同于谋反，是要夷三族的，若是先生不愿去，本部堂命令刘军门去也行。”
丹羽长秀赶紧接下来这事，他是很清楚刘綎这人的，要是他去了，那就真的是大开杀戒了，所以还不如自己去尽量控制住局势，而在丹羽长秀走后，刘綎从后面出来问道：“方部堂，非我族类，其心必异，这厮恐不可信啊！”
方逢时说道：“无妨，等朝廷援兵和旨意到了之后再做区处。”
方逢时很清楚，发生了这么大的事情朝廷肯定是要介入此事的，现在先把八条宫智仁抓了，一来是给朱应桢平息怒火，二来也是麻痹这些倭国公卿，以方逢时对朱载坖的了解，一个八条宫智仁是摆平不了此事的，现在需要稳住倭国人，等到朝廷的旨意到了之后再动他们。